# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.594 0.213 0.103 0.058 0.027 0.006 0.001 2 K 0.573 0.261 0.097 0.046 0.017 0.005 0.001 3 C 0.313 0.210 0.214 0.160 0.080 0.021 0.001 4 P 0.448 0.304 0.156 0.065 0.021 0.006 0.001 5 I 0.290 0.200 0.204 0.174 0.101 0.031 0.002 6 C 0.273 0.235 0.220 0.157 0.085 0.029 0.002 7 G 0.398 0.244 0.183 0.121 0.043 0.010 0.001 8 S 0.629 0.278 0.065 0.021 0.006 0.001 0.001 9 P 0.505 0.343 0.107 0.034 0.008 0.002 0.001 10 L 0.105 0.090 0.237 0.325 0.205 0.036 0.002 11 K 0.246 0.438 0.213 0.078 0.021 0.004 0.001 12 W 0.049 0.087 0.159 0.301 0.261 0.134 0.009 13 E 0.177 0.347 0.246 0.160 0.058 0.012 0.001 14 E 0.213 0.387 0.213 0.131 0.045 0.010 0.001 15 L 0.023 0.050 0.114 0.246 0.346 0.194 0.028 16 I 0.027 0.065 0.127 0.265 0.310 0.183 0.023 17 E 0.166 0.329 0.262 0.145 0.068 0.026 0.003 18 E 0.116 0.229 0.267 0.245 0.105 0.035 0.004 19 M 0.051 0.067 0.096 0.174 0.286 0.283 0.043 20 L 0.079 0.111 0.189 0.259 0.229 0.116 0.018 21 I 0.219 0.283 0.227 0.143 0.083 0.042 0.005 22 I 0.174 0.209 0.227 0.210 0.134 0.043 0.003 23 E 0.462 0.312 0.127 0.064 0.027 0.007 0.001 24 N 0.352 0.284 0.180 0.115 0.051 0.017 0.002 25 F 0.188 0.147 0.212 0.245 0.155 0.049 0.004 26 E 0.486 0.332 0.120 0.045 0.015 0.003 0.001 27 E 0.373 0.422 0.129 0.056 0.016 0.003 0.001 28 I 0.049 0.087 0.156 0.277 0.301 0.124 0.005 29 V 0.049 0.114 0.286 0.321 0.191 0.038 0.001 30 K 0.416 0.417 0.127 0.032 0.008 0.001 0.001 31 D 0.266 0.273 0.230 0.160 0.061 0.009 0.001 32 R 0.244 0.267 0.223 0.183 0.070 0.013 0.001 33 E 0.562 0.348 0.068 0.016 0.005 0.001 0.001 34 R 0.341 0.451 0.149 0.051 0.006 0.001 0.001 35 F 0.033 0.069 0.163 0.269 0.364 0.099 0.003 36 L 0.033 0.108 0.280 0.392 0.160 0.027 0.001 37 A 0.493 0.424 0.067 0.012 0.004 0.001 0.001 38 Q 0.160 0.346 0.286 0.175 0.028 0.004 0.001 39 V 0.043 0.055 0.169 0.326 0.309 0.095 0.004 40 E 0.341 0.431 0.155 0.056 0.015 0.002 0.001 41 E 0.422 0.453 0.095 0.024 0.006 0.001 0.001 42 F 0.029 0.055 0.104 0.298 0.372 0.134 0.009 43 V 0.047 0.185 0.277 0.283 0.153 0.052 0.003 44 F 0.050 0.086 0.187 0.298 0.239 0.126 0.013 45 K 0.239 0.340 0.219 0.121 0.064 0.016 0.001 46 C 0.115 0.137 0.179 0.262 0.210 0.088 0.009 47 P 0.427 0.315 0.136 0.069 0.038 0.012 0.002 48 V 0.422 0.279 0.152 0.095 0.037 0.013 0.002 49 C 0.301 0.186 0.189 0.159 0.107 0.048 0.009 50 G 0.378 0.223 0.143 0.126 0.082 0.040 0.007 51 E 0.430 0.246 0.144 0.094 0.055 0.026 0.005 52 E 0.373 0.278 0.160 0.110 0.053 0.022 0.003 53 F 0.196 0.127 0.166 0.197 0.195 0.102 0.017 54 Y 0.258 0.201 0.183 0.184 0.109 0.056 0.009 55 G 0.475 0.248 0.139 0.079 0.040 0.016 0.002 56 K 0.405 0.266 0.174 0.110 0.032 0.011 0.001 57 T 0.398 0.308 0.160 0.082 0.038 0.014 0.001 58 L 0.167 0.115 0.183 0.282 0.176 0.070 0.007 59 P 0.395 0.248 0.173 0.102 0.059 0.021 0.002 60 R 0.480 0.264 0.139 0.078 0.030 0.009 0.001 61 R 0.655 0.260 0.055 0.020 0.008 0.002 0.001 62 E 0.288 0.257 0.178 0.156 0.085 0.031 0.004 63 A 0.170 0.187 0.199 0.198 0.160 0.074 0.011 64 E 0.205 0.220 0.228 0.184 0.112 0.045 0.006 65 K 0.152 0.227 0.256 0.194 0.113 0.049 0.009 66 V 0.037 0.047 0.074 0.144 0.257 0.346 0.094 67 F 0.041 0.066 0.123 0.229 0.270 0.221 0.050 68 E 0.139 0.229 0.220 0.181 0.137 0.076 0.019 69 L 0.023 0.050 0.085 0.155 0.266 0.316 0.105 70 L 0.038 0.076 0.137 0.231 0.279 0.198 0.041 71 N 0.146 0.273 0.253 0.180 0.101 0.041 0.005 72 D 0.132 0.214 0.232 0.230 0.130 0.053 0.009 73 F 0.053 0.051 0.091 0.207 0.320 0.241 0.037 74 K 0.181 0.266 0.274 0.183 0.067 0.026 0.004 75 G 0.262 0.258 0.193 0.156 0.088 0.039 0.004 76 G 0.237 0.254 0.195 0.179 0.090 0.041 0.006 77 I 0.092 0.085 0.128 0.208 0.267 0.195 0.025 78 D 0.231 0.342 0.219 0.126 0.058 0.022 0.002 79 W 0.128 0.126 0.205 0.256 0.194 0.082 0.009 80 E 0.455 0.335 0.121 0.058 0.024 0.007 0.001 81 N 0.462 0.291 0.147 0.069 0.023 0.007 0.001 82 K 0.361 0.266 0.163 0.132 0.062 0.015 0.001 83 R 0.281 0.369 0.193 0.102 0.040 0.013 0.001 84 V 0.113 0.106 0.192 0.294 0.210 0.079 0.006 85 K 0.338 0.351 0.190 0.079 0.032 0.009 0.001 86 L 0.224 0.146 0.193 0.248 0.134 0.051 0.004 87 K 0.626 0.238 0.083 0.034 0.014 0.004 0.001