# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.233 0.101 0.096 0.118 0.120 0.113 0.080 0.063 0.032 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 2 K 0.190 0.173 0.124 0.148 0.145 0.083 0.056 0.035 0.022 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 3 C 0.085 0.070 0.093 0.130 0.143 0.144 0.123 0.083 0.054 0.037 0.024 0.010 0.004 0.002 4 P 0.147 0.077 0.096 0.113 0.123 0.134 0.114 0.069 0.055 0.030 0.023 0.012 0.004 0.003 5 I 0.068 0.039 0.050 0.080 0.115 0.134 0.116 0.121 0.100 0.070 0.054 0.030 0.018 0.005 6 C 0.074 0.049 0.052 0.102 0.119 0.136 0.131 0.108 0.084 0.060 0.043 0.027 0.011 0.005 7 G 0.182 0.130 0.130 0.125 0.112 0.095 0.080 0.051 0.043 0.020 0.019 0.008 0.003 0.001 8 S 0.166 0.116 0.127 0.164 0.142 0.109 0.074 0.038 0.027 0.016 0.015 0.004 0.002 0.001 9 P 0.136 0.127 0.147 0.144 0.150 0.122 0.078 0.038 0.038 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 10 L 0.202 0.115 0.105 0.149 0.158 0.120 0.066 0.046 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 11 K 0.293 0.319 0.192 0.105 0.047 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 W 0.023 0.023 0.043 0.110 0.209 0.248 0.132 0.085 0.094 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 13 E 0.183 0.234 0.221 0.178 0.113 0.041 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.560 0.311 0.100 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.027 0.033 0.059 0.168 0.250 0.215 0.131 0.093 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.013 0.023 0.055 0.184 0.255 0.169 0.168 0.071 0.047 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 17 E 0.547 0.313 0.095 0.027 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.286 0.347 0.210 0.086 0.039 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 M 0.051 0.040 0.082 0.148 0.251 0.188 0.126 0.071 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 20 L 0.050 0.067 0.112 0.171 0.266 0.175 0.092 0.040 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 21 I 0.329 0.181 0.130 0.151 0.096 0.059 0.027 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.165 0.136 0.141 0.207 0.162 0.098 0.045 0.020 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 23 E 0.545 0.224 0.124 0.058 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.359 0.217 0.175 0.117 0.073 0.037 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.117 0.078 0.086 0.185 0.208 0.158 0.082 0.039 0.034 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 26 E 0.497 0.286 0.118 0.059 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.565 0.285 0.112 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.074 0.059 0.093 0.150 0.262 0.207 0.086 0.040 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 29 V 0.071 0.096 0.123 0.241 0.248 0.106 0.067 0.028 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 30 K 0.767 0.181 0.040 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.371 0.257 0.187 0.103 0.052 0.021 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.229 0.163 0.150 0.169 0.145 0.085 0.032 0.013 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.628 0.260 0.072 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.594 0.258 0.106 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.088 0.071 0.121 0.152 0.258 0.194 0.069 0.027 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.085 0.107 0.124 0.245 0.248 0.093 0.054 0.024 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 37 A 0.731 0.220 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.394 0.313 0.179 0.059 0.032 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 V 0.049 0.046 0.085 0.174 0.268 0.179 0.107 0.056 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 40 E 0.406 0.280 0.146 0.074 0.046 0.026 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.504 0.237 0.141 0.055 0.035 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.083 0.055 0.102 0.165 0.191 0.179 0.110 0.059 0.028 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 43 V 0.109 0.059 0.085 0.114 0.201 0.143 0.115 0.075 0.058 0.022 0.008 0.008 0.002 0.001 44 F 0.140 0.055 0.041 0.079 0.087 0.118 0.099 0.167 0.078 0.071 0.037 0.017 0.010 0.001 45 K 0.316 0.214 0.137 0.120 0.082 0.054 0.034 0.013 0.013 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 46 C 0.117 0.069 0.111 0.136 0.160 0.146 0.099 0.046 0.048 0.033 0.022 0.008 0.002 0.001 47 P 0.221 0.121 0.129 0.122 0.132 0.113 0.073 0.039 0.028 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 48 V 0.200 0.121 0.119 0.136 0.144 0.106 0.066 0.050 0.030 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 49 C 0.196 0.107 0.106 0.149 0.147 0.105 0.071 0.047 0.034 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 50 G 0.373 0.186 0.132 0.111 0.076 0.051 0.031 0.015 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 51 E 0.448 0.206 0.120 0.092 0.056 0.033 0.020 0.011 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 52 E 0.390 0.228 0.151 0.093 0.061 0.035 0.022 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 53 F 0.203 0.097 0.130 0.116 0.150 0.124 0.080 0.050 0.027 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 54 Y 0.192 0.104 0.126 0.154 0.167 0.106 0.069 0.039 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 55 G 0.366 0.147 0.102 0.115 0.098 0.065 0.040 0.026 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 56 K 0.316 0.198 0.136 0.139 0.091 0.051 0.032 0.017 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 57 T 0.441 0.170 0.127 0.086 0.066 0.045 0.030 0.017 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 58 L 0.162 0.101 0.152 0.153 0.169 0.124 0.072 0.034 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 59 P 0.290 0.114 0.121 0.133 0.143 0.091 0.051 0.027 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 60 R 0.301 0.161 0.140 0.156 0.122 0.054 0.031 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 61 R 0.535 0.195 0.103 0.072 0.045 0.024 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.263 0.161 0.175 0.151 0.128 0.061 0.029 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 63 A 0.167 0.090 0.111 0.157 0.175 0.143 0.073 0.043 0.023 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 64 E 0.238 0.147 0.125 0.165 0.160 0.079 0.037 0.023 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 65 K 0.139 0.118 0.123 0.187 0.157 0.108 0.071 0.053 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 66 V 0.042 0.031 0.044 0.097 0.159 0.190 0.155 0.127 0.092 0.037 0.016 0.007 0.003 0.001 67 F 0.061 0.056 0.087 0.143 0.154 0.160 0.144 0.080 0.053 0.030 0.020 0.009 0.004 0.001 68 E 0.284 0.190 0.162 0.113 0.090 0.060 0.040 0.028 0.017 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 69 L 0.050 0.042 0.061 0.117 0.163 0.188 0.140 0.101 0.066 0.038 0.022 0.008 0.004 0.002 70 L 0.036 0.039 0.059 0.134 0.195 0.187 0.143 0.083 0.074 0.035 0.010 0.004 0.001 0.001 71 N 0.249 0.183 0.151 0.148 0.112 0.064 0.043 0.024 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 72 D 0.201 0.164 0.176 0.143 0.118 0.081 0.054 0.030 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 73 F 0.073 0.047 0.069 0.115 0.160 0.180 0.140 0.101 0.054 0.034 0.016 0.005 0.002 0.001 74 K 0.155 0.137 0.156 0.147 0.160 0.096 0.068 0.038 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 75 G 0.244 0.096 0.090 0.131 0.130 0.111 0.072 0.049 0.032 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 76 G 0.197 0.155 0.155 0.151 0.137 0.085 0.056 0.024 0.023 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 77 I 0.127 0.064 0.080 0.144 0.169 0.155 0.097 0.067 0.041 0.032 0.015 0.005 0.003 0.001 78 D 0.353 0.215 0.156 0.119 0.074 0.035 0.025 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 79 W 0.131 0.076 0.110 0.148 0.160 0.152 0.091 0.060 0.035 0.023 0.010 0.002 0.001 0.001 80 E 0.393 0.221 0.140 0.104 0.074 0.032 0.018 0.008 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 81 N 0.347 0.192 0.165 0.116 0.085 0.040 0.023 0.015 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 82 K 0.310 0.141 0.104 0.125 0.124 0.085 0.045 0.031 0.018 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 83 R 0.084 0.083 0.118 0.183 0.214 0.108 0.077 0.057 0.040 0.024 0.007 0.004 0.001 0.001 84 V 0.066 0.023 0.030 0.066 0.097 0.155 0.133 0.185 0.097 0.095 0.028 0.015 0.008 0.002 85 K 0.131 0.110 0.133 0.180 0.179 0.093 0.064 0.040 0.032 0.017 0.009 0.007 0.002 0.001 86 L 0.061 0.021 0.030 0.062 0.086 0.141 0.131 0.125 0.111 0.137 0.053 0.028 0.011 0.003 87 K 0.177 0.142 0.141 0.155 0.149 0.096 0.059 0.031 0.024 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001