# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.006 0.007 0.082 0.047 0.072 0.003 0.112 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.087 0.054 0.137 0.044 0.116 0.208 0.002 2 K 0.006 0.007 0.053 0.043 0.128 0.002 0.061 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.013 0.133 0.063 0.093 0.106 0.124 0.150 0.004 3 C 0.006 0.005 0.064 0.049 0.059 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.053 0.055 0.046 0.019 0.147 0.461 0.002 4 P 0.009 0.011 0.060 0.038 0.135 0.003 0.028 0.010 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.027 0.123 0.065 0.201 0.035 0.098 0.134 0.005 5 I 0.011 0.008 0.077 0.082 0.086 0.008 0.089 0.014 0.002 0.001 0.011 0.008 0.022 0.033 0.097 0.071 0.125 0.044 0.106 0.101 0.005 6 C 0.007 0.009 0.033 0.032 0.063 0.001 0.163 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.018 0.122 0.064 0.192 0.048 0.075 0.151 0.003 7 G 0.005 0.005 0.028 0.041 0.083 0.002 0.073 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.012 0.091 0.105 0.100 0.127 0.139 0.172 0.001 8 S 0.004 0.003 0.074 0.049 0.022 0.003 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.032 0.012 0.160 0.022 0.115 0.476 0.001 9 P 0.002 0.003 0.007 0.007 0.157 0.003 0.119 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.070 0.263 0.124 0.085 0.099 0.001 10 L 0.003 0.002 0.057 0.035 0.011 0.007 0.094 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.105 0.026 0.208 0.056 0.113 0.184 0.001 11 K 0.001 0.002 0.008 0.005 0.054 0.001 0.027 0.189 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.077 0.036 0.122 0.430 0.001 12 W 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.020 0.251 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.661 0.011 0.010 0.012 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.950 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.034 0.919 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 19 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.031 0.866 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.022 0.006 0.008 0.001 20 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.049 0.851 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.038 0.010 0.007 0.017 0.001 21 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.006 0.072 0.722 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.072 0.030 0.010 0.023 0.001 22 I 0.001 0.001 0.007 0.008 0.007 0.006 0.117 0.612 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.111 0.021 0.029 0.032 0.001 23 E 0.001 0.001 0.007 0.006 0.010 0.011 0.091 0.418 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.297 0.062 0.033 0.039 0.001 24 N 0.001 0.001 0.005 0.005 0.021 0.011 0.192 0.400 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.098 0.098 0.063 0.067 0.001 25 F 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.002 0.039 0.333 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.428 0.054 0.039 0.055 0.001 26 E 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.015 0.042 0.769 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.135 0.009 0.004 0.010 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.035 0.045 0.863 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.009 0.005 0.003 0.001 28 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.002 0.029 0.749 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.120 0.019 0.012 0.013 0.001 29 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.006 0.071 0.716 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.143 0.009 0.006 0.020 0.001 30 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.024 0.083 0.757 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 0.027 0.004 0.018 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.039 0.806 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.018 0.022 0.036 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.594 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.350 0.012 0.011 0.008 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.939 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 0.002 0.003 0.001 36 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.904 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.003 0.001 0.003 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.023 0.933 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.067 0.823 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.012 0.004 0.006 0.001 39 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.001 0.030 0.716 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.114 0.024 0.025 0.040 0.001 40 E 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.018 0.063 0.600 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.250 0.011 0.004 0.014 0.001 41 E 0.002 0.004 0.002 0.002 0.017 0.040 0.299 0.531 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.020 0.004 0.008 0.001 42 F 0.008 0.016 0.024 0.030 0.055 0.008 0.114 0.436 0.014 0.010 0.003 0.002 0.003 0.007 0.024 0.017 0.070 0.072 0.041 0.044 0.002 43 V 0.025 0.031 0.045 0.042 0.152 0.009 0.077 0.133 0.016 0.009 0.006 0.006 0.014 0.015 0.042 0.037 0.173 0.061 0.058 0.040 0.011 44 F 0.040 0.049 0.126 0.112 0.055 0.017 0.137 0.054 0.018 0.005 0.009 0.010 0.016 0.019 0.062 0.032 0.070 0.032 0.046 0.080 0.011 45 K 0.021 0.021 0.039 0.061 0.272 0.003 0.054 0.006 0.005 0.002 0.006 0.006 0.009 0.013 0.053 0.058 0.119 0.087 0.057 0.103 0.005 46 C 0.007 0.008 0.075 0.083 0.058 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.032 0.022 0.037 0.026 0.182 0.439 0.002 47 P 0.005 0.005 0.035 0.029 0.134 0.002 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.026 0.038 0.271 0.053 0.116 0.243 0.002 48 V 0.007 0.005 0.079 0.069 0.081 0.007 0.107 0.023 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.035 0.023 0.181 0.041 0.124 0.202 0.001 49 C 0.004 0.005 0.032 0.025 0.111 0.001 0.172 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.024 0.176 0.064 0.093 0.222 0.001 50 G 0.006 0.008 0.050 0.050 0.102 0.004 0.169 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.041 0.020 0.202 0.089 0.071 0.121 0.001 51 E 0.013 0.013 0.082 0.096 0.072 0.024 0.132 0.127 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.018 0.007 0.175 0.052 0.065 0.110 0.001 52 E 0.020 0.029 0.037 0.050 0.270 0.018 0.182 0.113 0.006 0.004 0.003 0.002 0.006 0.001 0.009 0.011 0.093 0.064 0.049 0.032 0.002 53 F 0.024 0.020 0.107 0.138 0.075 0.009 0.112 0.071 0.007 0.004 0.004 0.003 0.007 0.002 0.048 0.009 0.137 0.042 0.096 0.082 0.002 54 Y 0.011 0.022 0.022 0.040 0.199 0.003 0.127 0.032 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.015 0.016 0.246 0.051 0.047 0.157 0.001 55 G 0.008 0.010 0.036 0.045 0.119 0.014 0.266 0.027 0.004 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.035 0.031 0.082 0.107 0.094 0.108 0.001 56 K 0.006 0.007 0.130 0.126 0.067 0.007 0.056 0.016 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.036 0.010 0.168 0.061 0.116 0.180 0.002 57 T 0.004 0.004 0.014 0.014 0.298 0.004 0.115 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.015 0.059 0.090 0.102 0.165 0.098 0.002 58 L 0.002 0.001 0.124 0.077 0.015 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.010 0.045 0.036 0.175 0.430 0.001 59 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.123 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.036 0.017 0.101 0.679 0.001 60 R 0.001 0.001 0.019 0.017 0.006 0.001 0.023 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.006 0.554 0.022 0.064 0.091 0.001 61 R 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.005 0.091 0.362 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.390 0.012 0.022 0.096 0.001 62 E 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.007 0.328 0.462 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.095 0.041 0.016 0.022 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.001 0.058 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.049 0.022 0.008 0.027 0.001 64 E 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.004 0.027 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.004 0.002 0.005 0.001 65 K 0.003 0.004 0.003 0.004 0.008 0.009 0.019 0.918 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.002 0.002 0.001 66 V 0.003 0.007 0.001 0.003 0.047 0.001 0.013 0.874 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.029 0.004 0.002 0.006 0.001 67 F 0.002 0.004 0.002 0.002 0.005 0.002 0.029 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.003 0.001 0.004 0.001 68 E 0.002 0.004 0.002 0.003 0.006 0.021 0.021 0.900 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.002 0.001 69 L 0.005 0.007 0.004 0.008 0.023 0.011 0.066 0.733 0.049 0.020 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.038 0.009 0.008 0.005 0.001 70 L 0.008 0.013 0.017 0.022 0.030 0.005 0.110 0.473 0.022 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.006 0.149 0.032 0.036 0.034 0.001 71 N 0.005 0.007 0.017 0.019 0.036 0.023 0.156 0.145 0.048 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.008 0.345 0.071 0.028 0.063 0.001 72 D 0.003 0.004 0.014 0.016 0.043 0.026 0.306 0.094 0.036 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.009 0.209 0.082 0.048 0.083 0.001 73 F 0.003 0.004 0.026 0.026 0.052 0.006 0.115 0.043 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.010 0.237 0.141 0.133 0.148 0.001 74 K 0.004 0.004 0.031 0.025 0.069 0.007 0.082 0.029 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.031 0.030 0.266 0.068 0.135 0.200 0.002 75 G 0.008 0.012 0.069 0.043 0.083 0.014 0.153 0.030 0.005 0.002 0.003 0.002 0.005 0.008 0.054 0.030 0.171 0.098 0.070 0.137 0.004 76 G 0.016 0.017 0.067 0.060 0.157 0.008 0.089 0.033 0.003 0.001 0.007 0.006 0.010 0.012 0.058 0.085 0.078 0.081 0.110 0.094 0.007 77 I 0.024 0.025 0.153 0.111 0.153 0.002 0.022 0.025 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.010 0.078 0.028 0.064 0.042 0.076 0.159 0.005 78 D 0.021 0.029 0.070 0.084 0.211 0.003 0.013 0.031 0.003 0.001 0.005 0.005 0.006 0.004 0.023 0.031 0.024 0.029 0.181 0.223 0.002 79 W 0.017 0.013 0.069 0.088 0.112 0.003 0.014 0.026 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.069 0.014 0.465 0.015 0.030 0.047 0.001 80 E 0.015 0.024 0.031 0.081 0.077 0.017 0.374 0.110 0.006 0.004 0.002 0.002 0.005 0.001 0.012 0.006 0.147 0.023 0.020 0.042 0.001 81 N 0.018 0.036 0.023 0.040 0.214 0.007 0.380 0.028 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.012 0.046 0.109 0.034 0.032 0.001 82 K 0.051 0.067 0.164 0.124 0.167 0.005 0.112 0.022 0.003 0.002 0.003 0.002 0.007 0.001 0.029 0.020 0.065 0.051 0.048 0.052 0.003 83 R 0.091 0.154 0.081 0.097 0.334 0.003 0.046 0.008 0.001 0.001 0.006 0.004 0.014 0.002 0.020 0.015 0.019 0.037 0.027 0.027 0.011 84 V 0.161 0.180 0.117 0.096 0.240 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.015 0.010 0.024 0.004 0.028 0.029 0.005 0.011 0.030 0.022 0.010 85 K 0.114 0.125 0.203 0.179 0.137 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.020 0.013 0.033 0.010 0.084 0.016 0.007 0.008 0.018 0.014 0.012 86 L 0.090 0.098 0.036 0.069 0.376 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.028 0.028 0.050 0.018 0.033 0.066 0.008 0.009 0.037 0.023 0.019 87 K 0.061 0.066 0.142 0.163 0.084 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.014 0.013 0.032 0.024 0.254 0.031 0.028 0.014 0.026 0.025 0.007