# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.002 0.017 0.626 0.005 0.015 0.006 0.001 0.001 0.032 0.182 0.037 0.056 0.019 2 K 0.002 0.025 0.717 0.005 0.013 0.004 0.001 0.001 0.026 0.113 0.029 0.009 0.052 3 C 0.002 0.021 0.734 0.006 0.019 0.003 0.001 0.001 0.027 0.102 0.009 0.054 0.021 4 P 0.002 0.026 0.554 0.009 0.088 0.020 0.004 0.002 0.045 0.089 0.073 0.015 0.072 5 I 0.005 0.043 0.278 0.010 0.203 0.025 0.007 0.015 0.094 0.103 0.144 0.041 0.035 6 C 0.002 0.025 0.341 0.007 0.056 0.026 0.003 0.003 0.049 0.178 0.270 0.015 0.026 7 G 0.001 0.020 0.318 0.003 0.039 0.011 0.001 0.001 0.009 0.367 0.216 0.008 0.006 8 S 0.001 0.023 0.461 0.001 0.016 0.010 0.001 0.001 0.011 0.392 0.064 0.014 0.008 9 P 0.001 0.049 0.555 0.001 0.025 0.051 0.001 0.001 0.008 0.187 0.092 0.003 0.028 10 L 0.002 0.083 0.459 0.005 0.034 0.110 0.001 0.001 0.012 0.223 0.040 0.025 0.007 11 K 0.001 0.005 0.827 0.001 0.016 0.043 0.001 0.001 0.003 0.064 0.008 0.004 0.030 12 W 0.001 0.001 0.015 0.001 0.044 0.897 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.001 0.002 13 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 19 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.893 0.001 0.001 0.001 0.007 0.070 0.001 0.002 21 I 0.001 0.001 0.032 0.001 0.012 0.866 0.001 0.001 0.002 0.010 0.069 0.001 0.005 22 I 0.001 0.003 0.051 0.001 0.014 0.864 0.001 0.001 0.002 0.022 0.035 0.002 0.005 23 E 0.001 0.004 0.065 0.001 0.019 0.788 0.001 0.001 0.005 0.049 0.059 0.004 0.005 24 N 0.001 0.004 0.177 0.001 0.031 0.583 0.001 0.001 0.009 0.064 0.106 0.004 0.020 25 F 0.001 0.001 0.036 0.001 0.040 0.836 0.001 0.001 0.001 0.012 0.068 0.001 0.004 26 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.084 0.861 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.001 0.002 27 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.198 0.736 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.001 0.007 28 I 0.002 0.005 0.034 0.001 0.065 0.781 0.001 0.001 0.004 0.013 0.076 0.005 0.012 29 V 0.002 0.008 0.090 0.002 0.022 0.703 0.001 0.001 0.006 0.034 0.110 0.008 0.015 30 K 0.002 0.008 0.122 0.001 0.022 0.638 0.001 0.001 0.006 0.081 0.103 0.009 0.007 31 D 0.001 0.003 0.491 0.001 0.014 0.344 0.001 0.001 0.002 0.078 0.050 0.003 0.014 32 R 0.001 0.001 0.015 0.001 0.035 0.915 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 0.935 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.128 0.850 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.022 0.924 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.001 0.002 36 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.017 0.930 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 0.903 0.001 0.001 0.001 0.006 0.059 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.027 0.001 0.020 0.842 0.001 0.001 0.001 0.015 0.086 0.001 0.006 39 V 0.001 0.002 0.050 0.002 0.037 0.824 0.001 0.001 0.001 0.016 0.060 0.001 0.005 40 E 0.001 0.002 0.059 0.005 0.060 0.674 0.001 0.001 0.007 0.044 0.134 0.007 0.007 41 E 0.004 0.006 0.084 0.010 0.154 0.450 0.001 0.003 0.036 0.045 0.164 0.006 0.038 42 F 0.014 0.011 0.182 0.012 0.062 0.352 0.007 0.007 0.048 0.068 0.139 0.061 0.036 43 V 0.058 0.027 0.204 0.018 0.054 0.141 0.031 0.027 0.110 0.052 0.093 0.037 0.147 44 F 0.052 0.018 0.225 0.016 0.026 0.070 0.027 0.026 0.123 0.074 0.065 0.219 0.060 45 K 0.039 0.020 0.439 0.016 0.007 0.019 0.008 0.011 0.101 0.093 0.038 0.038 0.171 46 C 0.003 0.009 0.728 0.006 0.006 0.006 0.001 0.001 0.020 0.125 0.015 0.051 0.029 47 P 0.001 0.010 0.595 0.007 0.019 0.026 0.001 0.001 0.019 0.143 0.132 0.008 0.038 48 V 0.002 0.024 0.289 0.005 0.068 0.046 0.001 0.001 0.012 0.246 0.255 0.034 0.017 49 C 0.003 0.018 0.267 0.009 0.069 0.067 0.001 0.001 0.010 0.153 0.344 0.008 0.052 50 G 0.003 0.016 0.198 0.010 0.075 0.158 0.001 0.001 0.007 0.137 0.335 0.039 0.021 51 E 0.010 0.037 0.211 0.007 0.110 0.339 0.003 0.002 0.016 0.087 0.055 0.023 0.099 52 E 0.032 0.058 0.136 0.013 0.095 0.311 0.006 0.004 0.014 0.063 0.038 0.095 0.136 53 F 0.051 0.034 0.127 0.032 0.081 0.285 0.008 0.004 0.018 0.051 0.116 0.094 0.100 54 Y 0.020 0.011 0.155 0.022 0.097 0.241 0.003 0.002 0.013 0.059 0.302 0.033 0.042 55 G 0.020 0.014 0.202 0.012 0.149 0.103 0.002 0.001 0.007 0.109 0.310 0.027 0.044 56 K 0.011 0.019 0.309 0.006 0.076 0.093 0.002 0.001 0.009 0.167 0.168 0.083 0.054 57 T 0.010 0.047 0.399 0.004 0.035 0.046 0.002 0.001 0.011 0.175 0.136 0.018 0.117 58 L 0.001 0.021 0.698 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.004 0.195 0.016 0.041 0.009 59 P 0.001 0.003 0.902 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.058 0.005 0.002 0.018 60 R 0.001 0.006 0.256 0.002 0.148 0.405 0.001 0.001 0.002 0.075 0.096 0.003 0.007 61 R 0.001 0.002 0.073 0.001 0.260 0.577 0.001 0.001 0.001 0.026 0.057 0.001 0.003 62 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.176 0.774 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.001 0.003 63 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.019 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.003 64 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.002 65 K 0.003 0.001 0.009 0.001 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.004 0.007 66 V 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 67 F 0.004 0.001 0.002 0.001 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.003 68 E 0.005 0.001 0.002 0.001 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.014 69 L 0.006 0.001 0.004 0.003 0.018 0.923 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.005 0.006 70 L 0.010 0.003 0.018 0.010 0.035 0.814 0.001 0.001 0.002 0.010 0.073 0.009 0.014 71 N 0.006 0.003 0.058 0.006 0.048 0.530 0.001 0.001 0.004 0.048 0.264 0.017 0.013 72 D 0.007 0.011 0.188 0.006 0.062 0.243 0.001 0.001 0.006 0.087 0.348 0.011 0.030 73 F 0.005 0.016 0.364 0.008 0.048 0.126 0.001 0.001 0.009 0.175 0.203 0.028 0.016 74 K 0.002 0.009 0.346 0.005 0.058 0.073 0.001 0.001 0.008 0.171 0.302 0.009 0.017 75 G 0.004 0.019 0.331 0.006 0.070 0.057 0.001 0.002 0.016 0.220 0.233 0.016 0.026 76 G 0.008 0.024 0.519 0.005 0.019 0.056 0.002 0.002 0.019 0.174 0.078 0.043 0.050 77 I 0.027 0.091 0.383 0.008 0.027 0.057 0.004 0.004 0.041 0.166 0.037 0.045 0.110 78 D 0.007 0.012 0.682 0.004 0.018 0.017 0.001 0.001 0.012 0.059 0.013 0.073 0.101 79 W 0.004 0.009 0.181 0.024 0.150 0.119 0.001 0.001 0.007 0.048 0.307 0.013 0.139 80 E 0.008 0.007 0.090 0.032 0.209 0.081 0.001 0.001 0.007 0.078 0.380 0.078 0.027 81 N 0.016 0.005 0.136 0.017 0.082 0.034 0.001 0.001 0.008 0.112 0.401 0.016 0.172 82 K 0.026 0.007 0.339 0.039 0.020 0.025 0.002 0.001 0.015 0.150 0.147 0.174 0.055 83 R 0.090 0.014 0.194 0.019 0.011 0.020 0.027 0.002 0.038 0.053 0.040 0.174 0.318 84 V 0.327 0.009 0.060 0.016 0.003 0.006 0.062 0.008 0.031 0.011 0.005 0.113 0.349 85 K 0.268 0.005 0.038 0.017 0.001 0.003 0.049 0.009 0.044 0.005 0.001 0.471 0.089 86 L 0.172 0.008 0.062 0.007 0.002 0.003 0.038 0.014 0.062 0.008 0.002 0.049 0.573 87 K 0.028 0.003 0.512 0.034 0.003 0.005 0.010 0.003 0.045 0.025 0.006 0.233 0.092