# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.098 0.042 0.186 0.256 0.020 0.115 0.031 0.027 0.012 0.009 0.034 0.038 0.082 0.007 0.025 0.018 2 K 0.017 0.309 0.223 0.307 0.004 0.016 0.004 0.013 0.020 0.006 0.011 0.011 0.021 0.001 0.004 0.033 3 C 0.102 0.024 0.078 0.498 0.008 0.186 0.004 0.006 0.015 0.005 0.017 0.014 0.030 0.001 0.002 0.008 4 P 0.027 0.027 0.351 0.183 0.046 0.122 0.006 0.011 0.002 0.002 0.166 0.018 0.031 0.003 0.001 0.004 5 I 0.004 0.049 0.009 0.126 0.488 0.036 0.055 0.012 0.003 0.002 0.039 0.050 0.006 0.117 0.002 0.002 6 C 0.003 0.037 0.030 0.099 0.008 0.045 0.011 0.330 0.007 0.003 0.012 0.031 0.044 0.002 0.334 0.005 7 G 0.008 0.046 0.053 0.075 0.005 0.018 0.004 0.007 0.300 0.093 0.019 0.009 0.028 0.001 0.002 0.330 8 S 0.815 0.009 0.015 0.042 0.002 0.025 0.002 0.003 0.004 0.003 0.029 0.029 0.017 0.001 0.002 0.004 9 P 0.018 0.075 0.540 0.085 0.004 0.099 0.006 0.004 0.005 0.001 0.033 0.052 0.052 0.002 0.005 0.020 10 L 0.008 0.107 0.155 0.667 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.017 0.014 0.001 0.002 0.009 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 12 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.005 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.002 0.007 19 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.004 0.002 0.014 20 L 0.001 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.004 0.008 0.016 21 I 0.002 0.004 0.023 0.018 0.002 0.010 0.030 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.826 0.029 0.004 0.045 22 I 0.005 0.008 0.014 0.014 0.008 0.039 0.051 0.004 0.001 0.001 0.023 0.010 0.707 0.084 0.018 0.013 23 E 0.007 0.131 0.056 0.097 0.002 0.012 0.014 0.031 0.004 0.003 0.061 0.071 0.366 0.011 0.085 0.051 24 N 0.013 0.006 0.009 0.008 0.001 0.194 0.009 0.001 0.008 0.010 0.019 0.112 0.568 0.004 0.006 0.031 25 F 0.008 0.002 0.004 0.002 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.511 0.013 0.430 0.012 0.001 0.002 26 E 0.001 0.057 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.617 0.269 0.004 0.017 0.005 27 E 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.887 0.005 0.010 0.048 28 I 0.004 0.001 0.021 0.002 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.891 0.006 0.005 0.030 29 V 0.002 0.008 0.012 0.006 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.861 0.024 0.010 0.015 30 K 0.004 0.022 0.037 0.034 0.001 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.017 0.014 0.738 0.010 0.018 0.083 31 D 0.006 0.003 0.007 0.003 0.001 0.060 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.052 0.825 0.003 0.003 0.015 32 R 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.023 0.669 0.002 0.002 0.003 33 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.298 0.650 0.004 0.003 0.002 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.964 0.001 0.003 0.002 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.987 0.001 0.001 0.002 36 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.003 0.003 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.968 0.003 0.002 0.017 39 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.978 0.005 0.002 0.002 40 E 0.001 0.032 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.012 0.903 0.009 0.019 0.008 41 E 0.004 0.009 0.018 0.045 0.001 0.003 0.008 0.001 0.003 0.001 0.005 0.008 0.732 0.031 0.011 0.122 42 F 0.035 0.003 0.599 0.020 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.264 0.005 0.018 0.030 43 V 0.012 0.031 0.326 0.243 0.009 0.012 0.050 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.207 0.016 0.006 0.078 44 F 0.007 0.015 0.043 0.510 0.109 0.078 0.062 0.010 0.001 0.001 0.006 0.003 0.098 0.041 0.006 0.009 45 K 0.004 0.210 0.085 0.452 0.006 0.037 0.004 0.080 0.010 0.004 0.012 0.008 0.046 0.002 0.015 0.024 46 C 0.028 0.016 0.019 0.200 0.012 0.471 0.007 0.009 0.044 0.051 0.043 0.031 0.053 0.001 0.002 0.011 47 P 0.048 0.056 0.067 0.045 0.021 0.123 0.004 0.014 0.002 0.001 0.485 0.049 0.074 0.002 0.003 0.005 48 V 0.004 0.102 0.015 0.061 0.174 0.027 0.091 0.009 0.005 0.004 0.069 0.232 0.016 0.184 0.003 0.005 49 C 0.006 0.024 0.075 0.030 0.002 0.051 0.017 0.148 0.002 0.002 0.020 0.052 0.107 0.002 0.454 0.007 50 G 0.005 0.011 0.026 0.018 0.002 0.028 0.006 0.002 0.087 0.070 0.160 0.038 0.317 0.003 0.002 0.225 51 E 0.288 0.014 0.010 0.021 0.002 0.016 0.004 0.003 0.002 0.001 0.102 0.203 0.320 0.005 0.008 0.003 52 E 0.002 0.061 0.162 0.049 0.001 0.023 0.013 0.002 0.003 0.001 0.017 0.169 0.452 0.006 0.010 0.030 53 F 0.007 0.006 0.050 0.072 0.044 0.017 0.247 0.003 0.002 0.001 0.013 0.012 0.359 0.145 0.007 0.015 54 Y 0.007 0.035 0.098 0.113 0.003 0.020 0.016 0.073 0.003 0.001 0.018 0.020 0.385 0.009 0.176 0.025 55 G 0.011 0.011 0.028 0.100 0.008 0.066 0.037 0.004 0.084 0.083 0.022 0.017 0.351 0.026 0.006 0.147 56 K 0.224 0.072 0.078 0.126 0.006 0.022 0.006 0.022 0.003 0.002 0.059 0.033 0.274 0.011 0.040 0.020 57 T 0.015 0.153 0.172 0.285 0.005 0.042 0.009 0.004 0.028 0.005 0.011 0.040 0.067 0.006 0.007 0.152 58 L 0.062 0.030 0.530 0.197 0.007 0.032 0.016 0.005 0.002 0.002 0.010 0.010 0.066 0.002 0.007 0.021 59 P 0.006 0.014 0.042 0.030 0.013 0.752 0.009 0.006 0.001 0.003 0.040 0.015 0.061 0.003 0.001 0.005 60 R 0.004 0.029 0.005 0.027 0.002 0.070 0.002 0.009 0.002 0.001 0.721 0.056 0.068 0.001 0.002 0.002 61 R 0.002 0.025 0.005 0.010 0.001 0.023 0.002 0.001 0.002 0.001 0.082 0.782 0.059 0.001 0.002 0.002 62 E 0.002 0.004 0.011 0.003 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.099 0.194 0.649 0.001 0.003 0.008 63 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.092 0.861 0.001 0.001 0.002 64 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.044 0.937 0.001 0.002 0.001 65 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.984 0.001 0.001 0.002 66 V 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 67 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.001 0.002 69 L 0.001 0.005 0.005 0.028 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.884 0.043 0.005 0.009 70 L 0.001 0.006 0.008 0.016 0.002 0.018 0.022 0.003 0.002 0.001 0.007 0.012 0.805 0.039 0.043 0.015 71 N 0.005 0.018 0.021 0.014 0.005 0.011 0.023 0.010 0.002 0.001 0.023 0.006 0.705 0.036 0.042 0.079 72 D 0.046 0.040 0.058 0.037 0.015 0.015 0.046 0.015 0.016 0.003 0.028 0.024 0.254 0.105 0.050 0.247 73 F 0.016 0.005 0.063 0.005 0.044 0.016 0.349 0.004 0.003 0.004 0.011 0.013 0.080 0.339 0.025 0.023 74 K 0.015 0.058 0.118 0.020 0.025 0.018 0.079 0.172 0.004 0.003 0.022 0.011 0.049 0.040 0.333 0.033 75 G 0.047 0.044 0.035 0.152 0.001 0.018 0.007 0.028 0.175 0.120 0.038 0.024 0.045 0.002 0.046 0.218 76 G 0.332 0.041 0.230 0.137 0.006 0.032 0.006 0.002 0.048 0.014 0.015 0.030 0.040 0.002 0.002 0.065 77 I 0.084 0.057 0.316 0.469 0.004 0.016 0.002 0.005 0.001 0.001 0.013 0.012 0.015 0.001 0.001 0.003 78 D 0.003 0.010 0.040 0.078 0.016 0.779 0.005 0.002 0.002 0.002 0.011 0.026 0.023 0.001 0.001 0.002 79 W 0.002 0.010 0.004 0.028 0.040 0.018 0.006 0.007 0.001 0.001 0.840 0.010 0.026 0.007 0.001 0.001 80 E 0.001 0.098 0.005 0.028 0.007 0.016 0.010 0.042 0.009 0.002 0.021 0.686 0.023 0.011 0.036 0.004 81 N 0.010 0.030 0.149 0.040 0.003 0.022 0.044 0.013 0.074 0.008 0.022 0.025 0.214 0.012 0.071 0.262 82 K 0.172 0.089 0.319 0.110 0.001 0.012 0.006 0.008 0.022 0.003 0.016 0.018 0.065 0.002 0.015 0.143 83 R 0.089 0.036 0.622 0.196 0.001 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.035 84 V 0.022 0.006 0.534 0.413 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 85 K 0.001 0.026 0.113 0.808 0.020 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 86 L 0.001 0.005 0.005 0.661 0.202 0.103 0.002 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 87 K 0.001 0.161 0.024 0.438 0.049 0.095 0.002 0.166 0.008 0.005 0.025 0.017 0.003 0.001 0.003 0.001