# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.026 0.125 0.693 2 K 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.025 0.101 0.755 3 C 0.046 0.007 0.005 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.108 0.068 0.123 0.614 4 P 0.076 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.147 0.058 0.102 0.590 5 I 0.094 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.074 0.093 0.590 6 C 0.014 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.026 0.130 0.667 7 G 0.045 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.046 0.111 0.668 8 S 0.044 0.127 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.094 0.096 0.537 9 P 0.041 0.213 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.039 0.098 0.569 10 L 0.016 0.393 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.108 0.061 0.064 0.344 11 K 0.014 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.008 0.040 12 W 0.019 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.010 13 E 0.011 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.003 0.019 14 E 0.011 0.946 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.003 0.017 15 L 0.022 0.894 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 0.015 16 I 0.051 0.835 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.006 0.032 17 E 0.096 0.662 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.016 0.166 18 E 0.038 0.747 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.037 0.134 19 M 0.068 0.528 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.130 0.050 0.187 20 L 0.050 0.157 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.378 0.055 0.296 21 I 0.089 0.279 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.095 0.077 0.409 22 I 0.160 0.209 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.028 0.085 0.494 23 E 0.010 0.177 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.034 0.148 0.553 24 N 0.083 0.654 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 0.047 0.171 25 F 0.108 0.769 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.015 0.057 26 E 0.088 0.632 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.040 0.031 0.193 27 E 0.092 0.505 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.076 0.046 0.222 28 I 0.128 0.356 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.094 0.068 0.310 29 V 0.112 0.440 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.058 0.073 0.269 30 K 0.009 0.276 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.050 0.066 0.570 31 D 0.033 0.870 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.014 0.046 32 R 0.024 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.013 33 E 0.022 0.896 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.007 0.043 34 R 0.036 0.783 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.071 0.014 0.074 35 F 0.063 0.786 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.015 0.050 36 L 0.085 0.721 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.017 0.104 37 A 0.039 0.434 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.049 0.413 38 Q 0.096 0.447 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.058 0.066 0.280 39 V 0.351 0.296 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.087 0.061 0.160 40 E 0.061 0.154 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.049 0.107 0.548 41 E 0.031 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.059 0.117 0.574 42 F 0.042 0.065 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.404 0.105 0.092 0.273 43 V 0.033 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.316 0.073 0.082 0.471 44 F 0.009 0.021 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.421 0.036 0.081 0.404 45 K 0.014 0.024 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.303 0.072 0.095 0.470 46 C 0.124 0.032 0.004 0.001 0.005 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.128 0.105 0.398 47 P 0.069 0.034 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.034 0.121 0.633 48 V 0.059 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.032 0.126 0.636 49 C 0.068 0.117 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.063 0.103 0.583 50 G 0.210 0.167 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.115 0.078 0.366 51 E 0.188 0.087 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.050 0.084 0.095 0.450 52 E 0.106 0.030 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.100 0.047 0.107 0.580 53 F 0.118 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.104 0.107 0.120 0.509 54 Y 0.027 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.141 0.095 0.149 0.552 55 G 0.049 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.042 0.107 0.727 56 K 0.012 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.045 0.123 0.599 57 T 0.016 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.019 0.105 0.773 58 L 0.057 0.159 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.069 0.069 0.099 0.521 59 P 0.094 0.463 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.054 0.050 0.315 60 R 0.129 0.612 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.031 0.186 61 R 0.035 0.680 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 0.036 0.208 62 E 0.039 0.762 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.025 0.132 63 A 0.020 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.007 0.035 64 E 0.013 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.009 0.055 65 K 0.010 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.009 0.039 66 V 0.014 0.908 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 0.007 0.029 67 F 0.049 0.550 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.243 0.017 0.078 68 E 0.066 0.469 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.194 0.036 0.153 69 L 0.170 0.307 0.023 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.110 0.062 0.248 70 L 0.211 0.105 0.029 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.113 0.083 0.405 71 N 0.078 0.022 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.039 0.128 0.663 72 D 0.060 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.049 0.109 0.745 73 F 0.173 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.078 0.132 0.544 74 K 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.040 0.127 0.734 75 G 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.023 0.130 0.724 76 G 0.008 0.021 0.001 0.001 0.007 0.052 0.040 0.006 0.017 0.009 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.131 0.045 0.116 0.532 77 I 0.005 0.008 0.003 0.001 0.007 0.014 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.099 0.044 0.123 0.676 78 D 0.245 0.083 0.024 0.004 0.052 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.004 0.002 0.057 0.218 0.046 0.240 79 W 0.315 0.024 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.065 0.070 0.471 80 E 0.100 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.038 0.077 0.719 81 N 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.033 0.112 0.745 82 K 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.049 0.104 0.464 83 R 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.015 0.044 0.004 0.007 0.001 0.002 0.003 0.268 0.049 0.086 0.479 84 V 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.010 0.017 0.009 0.007 0.484 0.040 0.051 0.363 85 K 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.028 0.024 0.008 0.577 0.065 0.045 0.205 86 L 0.010 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.005 0.269 0.038 0.075 0.573 87 K 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.531 0.050 0.059 0.330