# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.009 0.002 0.001 0.067 0.038 0.050 0.180 0.001 0.001 0.014 0.638 2 K 0.006 0.002 0.001 0.044 0.037 0.062 0.109 0.001 0.001 0.013 0.725 3 C 0.046 0.003 0.002 0.056 0.101 0.087 0.182 0.006 0.001 0.039 0.477 4 P 0.122 0.004 0.001 0.081 0.042 0.072 0.101 0.004 0.001 0.033 0.542 5 I 0.051 0.001 0.001 0.117 0.026 0.033 0.086 0.001 0.001 0.036 0.648 6 C 0.008 0.003 0.001 0.086 0.018 0.026 0.176 0.001 0.001 0.011 0.672 7 G 0.023 0.022 0.001 0.038 0.016 0.027 0.076 0.004 0.001 0.019 0.774 8 S 0.277 0.061 0.001 0.045 0.049 0.041 0.090 0.015 0.001 0.051 0.371 9 P 0.038 0.160 0.001 0.032 0.017 0.022 0.093 0.003 0.001 0.031 0.604 10 L 0.029 0.386 0.002 0.032 0.016 0.017 0.079 0.005 0.001 0.046 0.387 11 K 0.015 0.908 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.004 0.001 0.007 0.050 12 W 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 13 E 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.016 14 E 0.006 0.936 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.034 0.014 15 L 0.013 0.924 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.022 0.017 16 I 0.035 0.874 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.007 0.025 0.034 17 E 0.037 0.811 0.008 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 0.006 0.039 0.080 18 E 0.030 0.791 0.007 0.002 0.002 0.002 0.015 0.006 0.005 0.041 0.102 19 M 0.040 0.714 0.011 0.004 0.002 0.002 0.025 0.006 0.007 0.065 0.125 20 L 0.052 0.191 0.028 0.012 0.005 0.007 0.081 0.016 0.014 0.260 0.336 21 I 0.092 0.367 0.028 0.013 0.005 0.006 0.059 0.018 0.015 0.084 0.312 22 I 0.279 0.281 0.010 0.017 0.005 0.005 0.043 0.017 0.009 0.055 0.280 23 E 0.057 0.261 0.010 0.017 0.005 0.005 0.067 0.010 0.007 0.041 0.520 24 N 0.043 0.647 0.003 0.004 0.001 0.002 0.029 0.009 0.003 0.015 0.244 25 F 0.123 0.703 0.003 0.002 0.002 0.002 0.016 0.015 0.002 0.024 0.107 26 E 0.064 0.595 0.006 0.006 0.004 0.004 0.042 0.007 0.003 0.070 0.200 27 E 0.058 0.380 0.015 0.013 0.008 0.017 0.047 0.018 0.006 0.118 0.320 28 I 0.123 0.327 0.014 0.015 0.015 0.012 0.037 0.019 0.008 0.066 0.363 29 V 0.108 0.239 0.008 0.025 0.015 0.018 0.066 0.013 0.008 0.069 0.431 30 K 0.017 0.257 0.004 0.008 0.006 0.006 0.067 0.006 0.003 0.042 0.586 31 D 0.032 0.853 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.002 0.017 0.072 32 R 0.056 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.008 0.027 33 E 0.019 0.891 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.021 0.056 34 R 0.049 0.688 0.016 0.002 0.002 0.004 0.017 0.012 0.008 0.109 0.093 35 F 0.070 0.758 0.026 0.002 0.002 0.002 0.013 0.013 0.013 0.031 0.069 36 L 0.183 0.548 0.013 0.003 0.004 0.004 0.016 0.015 0.011 0.043 0.161 37 A 0.053 0.328 0.023 0.007 0.011 0.010 0.054 0.009 0.012 0.075 0.416 38 Q 0.046 0.223 0.036 0.009 0.009 0.014 0.102 0.013 0.014 0.107 0.425 39 V 0.261 0.106 0.032 0.013 0.012 0.018 0.116 0.022 0.012 0.140 0.267 40 E 0.131 0.040 0.011 0.036 0.019 0.026 0.132 0.008 0.004 0.080 0.511 41 E 0.019 0.019 0.006 0.079 0.034 0.047 0.094 0.004 0.002 0.035 0.662 42 F 0.034 0.010 0.003 0.107 0.066 0.154 0.110 0.007 0.001 0.042 0.466 43 V 0.026 0.003 0.001 0.157 0.076 0.109 0.095 0.004 0.001 0.046 0.483 44 F 0.006 0.002 0.001 0.182 0.083 0.095 0.097 0.001 0.001 0.019 0.512 45 K 0.010 0.006 0.001 0.108 0.066 0.067 0.095 0.002 0.001 0.020 0.624 46 C 0.078 0.009 0.004 0.097 0.068 0.085 0.119 0.010 0.002 0.049 0.479 47 P 0.121 0.022 0.001 0.055 0.025 0.033 0.100 0.005 0.001 0.031 0.606 48 V 0.069 0.035 0.002 0.087 0.027 0.037 0.126 0.006 0.001 0.028 0.581 49 C 0.032 0.068 0.002 0.043 0.022 0.044 0.167 0.005 0.001 0.020 0.596 50 G 0.136 0.218 0.004 0.043 0.031 0.056 0.060 0.017 0.001 0.046 0.388 51 E 0.219 0.095 0.007 0.045 0.081 0.073 0.100 0.021 0.002 0.063 0.292 52 E 0.113 0.063 0.003 0.027 0.052 0.080 0.072 0.010 0.001 0.050 0.530 53 F 0.186 0.012 0.003 0.030 0.065 0.077 0.075 0.012 0.001 0.100 0.439 54 Y 0.035 0.014 0.002 0.030 0.090 0.105 0.094 0.004 0.001 0.026 0.599 55 G 0.044 0.007 0.001 0.027 0.093 0.156 0.059 0.004 0.001 0.032 0.578 56 K 0.018 0.007 0.001 0.029 0.147 0.141 0.116 0.003 0.001 0.022 0.516 57 T 0.015 0.029 0.001 0.020 0.044 0.047 0.137 0.002 0.001 0.021 0.684 58 L 0.102 0.074 0.004 0.031 0.055 0.058 0.129 0.009 0.002 0.064 0.472 59 P 0.127 0.249 0.003 0.013 0.017 0.021 0.083 0.007 0.001 0.029 0.449 60 R 0.191 0.483 0.002 0.005 0.006 0.011 0.027 0.008 0.001 0.028 0.238 61 R 0.083 0.530 0.003 0.006 0.010 0.011 0.035 0.006 0.001 0.049 0.267 62 E 0.018 0.785 0.002 0.004 0.004 0.006 0.014 0.003 0.001 0.029 0.133 63 A 0.013 0.868 0.002 0.002 0.005 0.005 0.013 0.003 0.001 0.022 0.065 64 E 0.011 0.815 0.002 0.003 0.012 0.013 0.012 0.003 0.001 0.066 0.062 65 K 0.009 0.838 0.004 0.005 0.011 0.013 0.008 0.003 0.002 0.059 0.049 66 V 0.006 0.896 0.006 0.005 0.011 0.009 0.005 0.002 0.002 0.017 0.040 67 F 0.045 0.315 0.015 0.020 0.029 0.052 0.033 0.012 0.010 0.327 0.141 68 E 0.046 0.355 0.048 0.023 0.026 0.032 0.057 0.012 0.022 0.198 0.181 69 L 0.178 0.291 0.022 0.022 0.022 0.020 0.050 0.019 0.014 0.083 0.280 70 L 0.345 0.079 0.020 0.027 0.013 0.023 0.064 0.025 0.016 0.091 0.297 71 N 0.060 0.034 0.011 0.020 0.007 0.013 0.114 0.007 0.006 0.045 0.684 72 D 0.108 0.024 0.010 0.020 0.010 0.016 0.126 0.012 0.006 0.073 0.594 73 F 0.231 0.023 0.005 0.020 0.011 0.012 0.204 0.015 0.003 0.055 0.422 74 K 0.057 0.012 0.002 0.026 0.011 0.014 0.098 0.006 0.001 0.035 0.739 75 G 0.047 0.015 0.001 0.081 0.033 0.047 0.089 0.004 0.001 0.028 0.654 76 G 0.010 0.015 0.001 0.118 0.048 0.097 0.122 0.002 0.001 0.028 0.560 77 I 0.009 0.014 0.004 0.064 0.074 0.062 0.198 0.004 0.001 0.079 0.493 78 D 0.406 0.066 0.009 0.046 0.060 0.057 0.068 0.018 0.004 0.112 0.154 79 W 0.479 0.023 0.003 0.019 0.023 0.021 0.047 0.007 0.001 0.038 0.339 80 E 0.068 0.018 0.001 0.028 0.030 0.063 0.091 0.002 0.001 0.023 0.675 81 N 0.027 0.006 0.001 0.025 0.051 0.203 0.074 0.002 0.001 0.027 0.585 82 K 0.010 0.002 0.001 0.032 0.207 0.313 0.082 0.001 0.001 0.025 0.327 83 R 0.005 0.001 0.001 0.027 0.218 0.351 0.056 0.001 0.001 0.020 0.321 84 V 0.003 0.001 0.001 0.042 0.341 0.215 0.058 0.001 0.001 0.017 0.322 85 K 0.006 0.002 0.001 0.060 0.209 0.308 0.063 0.001 0.001 0.026 0.326 86 L 0.012 0.004 0.001 0.047 0.154 0.236 0.066 0.001 0.001 0.034 0.447 87 K 0.025 0.007 0.001 0.058 0.123 0.217 0.087 0.001 0.001 0.035 0.445