# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.006 0.004 0.038 0.022 0.040 0.116 0.015 0.760 2 K 0.019 0.005 0.016 0.034 0.042 0.105 0.018 0.761 3 C 0.034 0.005 0.042 0.061 0.041 0.108 0.053 0.657 4 P 0.121 0.011 0.084 0.052 0.055 0.082 0.058 0.538 5 I 0.156 0.005 0.046 0.010 0.023 0.075 0.042 0.643 6 C 0.018 0.006 0.113 0.019 0.017 0.115 0.016 0.696 7 G 0.070 0.010 0.026 0.006 0.013 0.091 0.039 0.745 8 S 0.056 0.096 0.053 0.038 0.023 0.095 0.101 0.538 9 P 0.085 0.075 0.020 0.008 0.015 0.079 0.032 0.685 10 L 0.022 0.226 0.037 0.028 0.023 0.081 0.047 0.536 11 K 0.027 0.837 0.009 0.003 0.007 0.011 0.051 0.054 12 W 0.021 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.010 13 E 0.006 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.013 14 E 0.006 0.939 0.002 0.001 0.001 0.002 0.034 0.015 15 L 0.005 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.024 0.009 16 I 0.012 0.893 0.004 0.001 0.001 0.003 0.081 0.006 17 E 0.022 0.842 0.004 0.002 0.001 0.007 0.076 0.046 18 E 0.040 0.804 0.006 0.002 0.003 0.012 0.050 0.083 19 M 0.056 0.618 0.031 0.004 0.005 0.036 0.132 0.118 20 L 0.031 0.260 0.070 0.007 0.008 0.068 0.378 0.178 21 I 0.057 0.539 0.019 0.005 0.004 0.054 0.071 0.250 22 I 0.208 0.375 0.015 0.004 0.004 0.051 0.085 0.257 23 E 0.032 0.426 0.014 0.005 0.004 0.061 0.045 0.413 24 N 0.059 0.694 0.010 0.001 0.003 0.030 0.042 0.162 25 F 0.071 0.741 0.006 0.004 0.002 0.024 0.060 0.092 26 E 0.059 0.619 0.012 0.007 0.007 0.035 0.065 0.196 27 E 0.063 0.579 0.020 0.006 0.014 0.030 0.079 0.208 28 I 0.096 0.359 0.044 0.014 0.020 0.058 0.127 0.283 29 V 0.041 0.472 0.039 0.019 0.020 0.066 0.065 0.279 30 K 0.031 0.556 0.011 0.003 0.007 0.026 0.020 0.346 31 D 0.021 0.923 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.023 32 R 0.018 0.935 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.019 33 E 0.035 0.878 0.002 0.001 0.001 0.005 0.034 0.043 34 R 0.034 0.805 0.005 0.002 0.003 0.012 0.058 0.082 35 F 0.044 0.847 0.006 0.002 0.002 0.009 0.047 0.042 36 L 0.178 0.528 0.006 0.005 0.004 0.022 0.153 0.104 37 A 0.039 0.455 0.012 0.006 0.006 0.038 0.072 0.371 38 Q 0.094 0.314 0.023 0.007 0.010 0.052 0.066 0.434 39 V 0.464 0.176 0.017 0.011 0.007 0.043 0.109 0.173 40 E 0.079 0.056 0.030 0.013 0.019 0.096 0.069 0.638 41 E 0.027 0.018 0.047 0.016 0.039 0.099 0.043 0.710 42 F 0.062 0.037 0.140 0.076 0.114 0.091 0.099 0.382 43 V 0.023 0.004 0.132 0.039 0.057 0.128 0.035 0.583 44 F 0.010 0.006 0.132 0.053 0.079 0.115 0.032 0.573 45 K 0.021 0.007 0.098 0.037 0.038 0.119 0.034 0.647 46 C 0.051 0.011 0.042 0.027 0.020 0.102 0.067 0.680 47 P 0.063 0.030 0.049 0.027 0.027 0.100 0.090 0.613 48 V 0.131 0.067 0.026 0.012 0.022 0.072 0.050 0.620 49 C 0.070 0.112 0.026 0.021 0.026 0.081 0.034 0.630 50 G 0.210 0.159 0.015 0.028 0.053 0.065 0.066 0.405 51 E 0.081 0.058 0.025 0.086 0.103 0.088 0.129 0.431 52 E 0.181 0.046 0.032 0.045 0.174 0.061 0.033 0.428 53 F 0.156 0.008 0.050 0.059 0.170 0.083 0.175 0.299 54 Y 0.030 0.009 0.065 0.116 0.133 0.124 0.076 0.447 55 G 0.056 0.007 0.036 0.024 0.072 0.120 0.052 0.634 56 K 0.015 0.016 0.048 0.101 0.047 0.149 0.029 0.595 57 T 0.024 0.007 0.006 0.011 0.016 0.114 0.010 0.812 58 L 0.041 0.062 0.029 0.035 0.025 0.141 0.067 0.600 59 P 0.146 0.352 0.013 0.007 0.010 0.056 0.076 0.339 60 R 0.192 0.504 0.005 0.007 0.005 0.037 0.062 0.188 61 R 0.040 0.625 0.006 0.006 0.008 0.036 0.048 0.232 62 E 0.026 0.772 0.005 0.003 0.010 0.017 0.049 0.119 63 A 0.011 0.886 0.003 0.003 0.003 0.007 0.057 0.030 64 E 0.003 0.923 0.004 0.008 0.004 0.005 0.034 0.019 65 K 0.011 0.930 0.004 0.002 0.007 0.002 0.026 0.018 66 V 0.009 0.891 0.012 0.008 0.008 0.005 0.048 0.019 67 F 0.024 0.508 0.070 0.025 0.027 0.017 0.284 0.044 68 E 0.081 0.438 0.049 0.029 0.036 0.033 0.164 0.170 69 L 0.129 0.227 0.069 0.024 0.037 0.055 0.142 0.315 70 L 0.086 0.085 0.100 0.043 0.043 0.111 0.116 0.415 71 N 0.154 0.051 0.054 0.018 0.041 0.092 0.092 0.497 72 D 0.046 0.014 0.056 0.024 0.033 0.117 0.065 0.646 73 F 0.069 0.014 0.084 0.036 0.055 0.123 0.093 0.525 74 K 0.029 0.012 0.059 0.027 0.052 0.121 0.058 0.642 75 G 0.013 0.009 0.084 0.031 0.071 0.128 0.024 0.639 76 G 0.011 0.009 0.041 0.072 0.105 0.156 0.038 0.568 77 I 0.009 0.006 0.087 0.070 0.097 0.135 0.079 0.517 78 D 0.192 0.052 0.051 0.073 0.088 0.075 0.246 0.223 79 W 0.401 0.026 0.024 0.025 0.043 0.067 0.133 0.282 80 E 0.036 0.020 0.038 0.049 0.094 0.130 0.045 0.589 81 N 0.025 0.010 0.018 0.060 0.210 0.112 0.050 0.516 82 K 0.004 0.007 0.036 0.275 0.352 0.064 0.038 0.225 83 R 0.006 0.006 0.076 0.241 0.458 0.035 0.042 0.134 84 V 0.004 0.002 0.051 0.345 0.294 0.041 0.030 0.234 85 K 0.010 0.002 0.078 0.294 0.374 0.044 0.031 0.167 86 L 0.033 0.003 0.056 0.165 0.232 0.062 0.033 0.416 87 K 0.052 0.007 0.055 0.127 0.150 0.082 0.049 0.478