# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.264 0.108 0.047 0.084 0.077 0.066 0.101 0.085 0.076 0.054 0.038 2 K 0.307 0.246 0.074 0.176 0.086 0.039 0.031 0.018 0.013 0.007 0.004 3 C 0.033 0.027 0.021 0.049 0.062 0.086 0.156 0.157 0.169 0.134 0.105 4 P 0.173 0.174 0.091 0.222 0.150 0.071 0.050 0.033 0.019 0.010 0.007 5 I 0.049 0.042 0.036 0.067 0.085 0.106 0.166 0.155 0.128 0.102 0.065 6 C 0.058 0.066 0.046 0.141 0.131 0.097 0.141 0.125 0.092 0.065 0.038 7 G 0.232 0.118 0.046 0.109 0.088 0.090 0.118 0.069 0.062 0.048 0.019 8 S 0.186 0.213 0.113 0.218 0.122 0.061 0.043 0.022 0.013 0.006 0.003 9 P 0.245 0.202 0.061 0.154 0.109 0.079 0.078 0.037 0.019 0.011 0.005 10 L 0.074 0.022 0.021 0.047 0.065 0.080 0.167 0.156 0.149 0.111 0.108 11 K 0.161 0.424 0.121 0.179 0.074 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 12 W 0.005 0.007 0.011 0.025 0.049 0.071 0.162 0.163 0.207 0.171 0.130 13 E 0.246 0.103 0.139 0.186 0.139 0.084 0.065 0.022 0.010 0.004 0.002 14 E 0.053 0.082 0.315 0.307 0.135 0.057 0.035 0.010 0.004 0.002 0.001 15 L 0.002 0.004 0.014 0.011 0.020 0.059 0.131 0.129 0.233 0.242 0.156 16 I 0.002 0.005 0.010 0.027 0.054 0.094 0.271 0.187 0.182 0.119 0.049 17 E 0.018 0.047 0.700 0.155 0.049 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 18 E 0.012 0.024 0.206 0.168 0.177 0.180 0.164 0.047 0.014 0.006 0.002 19 M 0.012 0.010 0.032 0.032 0.042 0.058 0.154 0.209 0.188 0.165 0.099 20 L 0.009 0.008 0.031 0.033 0.060 0.124 0.256 0.190 0.140 0.109 0.040 21 I 0.009 0.070 0.547 0.190 0.085 0.044 0.029 0.012 0.008 0.005 0.002 22 I 0.017 0.016 0.079 0.068 0.110 0.162 0.297 0.135 0.064 0.036 0.016 23 E 0.401 0.180 0.204 0.115 0.048 0.023 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 24 N 0.068 0.154 0.113 0.166 0.134 0.111 0.137 0.067 0.028 0.015 0.007 25 F 0.034 0.037 0.042 0.065 0.096 0.121 0.224 0.152 0.111 0.079 0.039 26 E 0.480 0.116 0.211 0.106 0.045 0.020 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 27 E 0.058 0.111 0.350 0.249 0.122 0.061 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 28 I 0.005 0.008 0.015 0.019 0.033 0.055 0.160 0.176 0.222 0.194 0.113 29 V 0.024 0.023 0.052 0.071 0.097 0.166 0.295 0.128 0.080 0.049 0.013 30 K 0.017 0.067 0.725 0.149 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.022 0.086 0.110 0.099 0.124 0.162 0.208 0.112 0.040 0.028 0.009 32 R 0.042 0.055 0.032 0.091 0.116 0.165 0.250 0.134 0.072 0.031 0.010 33 E 0.667 0.059 0.178 0.058 0.019 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 34 R 0.025 0.043 0.388 0.251 0.142 0.093 0.045 0.009 0.003 0.001 0.001 35 F 0.002 0.006 0.020 0.010 0.018 0.031 0.132 0.166 0.237 0.222 0.157 36 L 0.002 0.004 0.031 0.052 0.112 0.204 0.315 0.148 0.075 0.045 0.011 37 A 0.009 0.022 0.890 0.061 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.012 0.062 0.252 0.263 0.196 0.113 0.072 0.023 0.004 0.002 0.001 39 V 0.007 0.005 0.010 0.008 0.017 0.032 0.115 0.179 0.230 0.227 0.170 40 E 0.318 0.129 0.227 0.159 0.085 0.037 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 41 E 0.027 0.057 0.585 0.202 0.081 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 42 F 0.015 0.012 0.030 0.019 0.034 0.093 0.242 0.157 0.178 0.141 0.079 43 V 0.054 0.102 0.099 0.191 0.143 0.126 0.131 0.072 0.047 0.024 0.011 44 F 0.045 0.039 0.174 0.088 0.079 0.115 0.148 0.109 0.094 0.074 0.037 45 K 0.073 0.115 0.142 0.245 0.165 0.086 0.084 0.047 0.025 0.013 0.007 46 C 0.024 0.020 0.020 0.034 0.044 0.069 0.172 0.196 0.179 0.147 0.095 47 P 0.175 0.142 0.124 0.196 0.139 0.081 0.061 0.037 0.023 0.013 0.009 48 V 0.157 0.118 0.093 0.125 0.109 0.090 0.127 0.082 0.048 0.032 0.019 49 C 0.077 0.095 0.053 0.120 0.116 0.094 0.137 0.113 0.090 0.066 0.040 50 G 0.489 0.146 0.042 0.094 0.054 0.040 0.050 0.031 0.028 0.017 0.008 51 E 0.183 0.135 0.095 0.192 0.116 0.087 0.083 0.046 0.034 0.019 0.011 52 E 0.076 0.093 0.078 0.185 0.177 0.123 0.121 0.073 0.039 0.021 0.013 53 F 0.033 0.036 0.035 0.050 0.064 0.096 0.156 0.155 0.146 0.139 0.091 54 Y 0.048 0.079 0.070 0.166 0.146 0.121 0.152 0.098 0.065 0.038 0.016 55 G 0.199 0.108 0.067 0.104 0.074 0.081 0.122 0.076 0.080 0.063 0.026 56 K 0.188 0.158 0.105 0.226 0.135 0.073 0.056 0.027 0.018 0.009 0.005 57 T 0.279 0.209 0.082 0.136 0.089 0.068 0.066 0.034 0.019 0.011 0.006 58 L 0.021 0.019 0.016 0.040 0.067 0.077 0.161 0.197 0.164 0.122 0.115 59 P 0.177 0.320 0.131 0.139 0.078 0.050 0.050 0.025 0.016 0.010 0.004 60 R 0.170 0.095 0.133 0.214 0.151 0.093 0.083 0.031 0.018 0.008 0.004 61 R 0.554 0.199 0.105 0.084 0.030 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 62 E 0.068 0.098 0.072 0.185 0.161 0.115 0.147 0.081 0.043 0.021 0.009 63 A 0.113 0.067 0.101 0.108 0.104 0.109 0.161 0.109 0.066 0.045 0.018 64 E 0.035 0.081 0.397 0.235 0.109 0.072 0.041 0.015 0.009 0.005 0.002 65 K 0.015 0.060 0.256 0.182 0.156 0.128 0.105 0.055 0.024 0.014 0.005 66 V 0.012 0.016 0.041 0.055 0.071 0.088 0.182 0.201 0.160 0.122 0.052 67 F 0.013 0.013 0.051 0.062 0.075 0.134 0.228 0.168 0.127 0.094 0.035 68 E 0.022 0.046 0.337 0.203 0.137 0.087 0.077 0.041 0.025 0.016 0.007 69 L 0.003 0.005 0.025 0.022 0.040 0.076 0.200 0.201 0.182 0.162 0.084 70 L 0.005 0.007 0.017 0.024 0.035 0.066 0.146 0.148 0.226 0.203 0.123 71 N 0.066 0.058 0.133 0.152 0.132 0.121 0.166 0.077 0.053 0.029 0.014 72 D 0.040 0.053 0.133 0.178 0.162 0.124 0.136 0.077 0.047 0.030 0.019 73 F 0.014 0.017 0.019 0.023 0.032 0.064 0.160 0.148 0.198 0.195 0.130 74 K 0.103 0.153 0.075 0.194 0.161 0.105 0.088 0.051 0.034 0.022 0.013 75 G 0.177 0.097 0.075 0.109 0.094 0.097 0.134 0.091 0.062 0.042 0.022 76 G 0.152 0.159 0.063 0.205 0.140 0.095 0.089 0.045 0.028 0.016 0.009 77 I 0.028 0.009 0.010 0.015 0.026 0.039 0.109 0.154 0.211 0.191 0.207 78 D 0.052 0.318 0.139 0.239 0.129 0.060 0.034 0.014 0.008 0.004 0.003 79 W 0.027 0.026 0.032 0.060 0.098 0.102 0.191 0.156 0.137 0.091 0.080 80 E 0.682 0.151 0.045 0.069 0.027 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 81 N 0.103 0.101 0.108 0.225 0.145 0.106 0.105 0.047 0.033 0.019 0.008 82 K 0.042 0.078 0.086 0.126 0.133 0.164 0.172 0.094 0.054 0.036 0.015 83 R 0.066 0.140 0.174 0.282 0.156 0.084 0.054 0.025 0.012 0.006 0.002 84 V 0.026 0.014 0.065 0.036 0.046 0.102 0.206 0.173 0.145 0.124 0.061 85 K 0.028 0.110 0.221 0.348 0.165 0.063 0.035 0.016 0.008 0.004 0.002 86 L 0.011 0.010 0.036 0.024 0.040 0.070 0.176 0.183 0.175 0.160 0.113 87 K 0.077 0.147 0.233 0.243 0.157 0.066 0.040 0.019 0.010 0.005 0.003