# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.076 0.025 0.012 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.008 0.054 0.640 2 K 0.035 0.016 0.005 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.164 0.007 0.089 0.666 3 C 0.047 0.013 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.025 0.009 0.003 0.006 0.206 0.007 0.062 0.592 4 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.007 0.973 5 I 0.025 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.137 0.003 0.166 0.625 6 C 0.058 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.004 0.145 0.547 7 G 0.066 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.024 0.087 0.549 8 S 0.216 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.008 0.245 0.463 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 10 L 0.021 0.007 0.002 0.001 0.029 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.003 0.152 0.596 11 K 0.090 0.028 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.005 0.186 0.637 12 W 0.075 0.092 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.005 0.052 0.702 13 E 0.044 0.174 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.005 0.144 0.593 14 E 0.119 0.171 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.191 0.505 15 L 0.057 0.655 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.032 0.246 16 I 0.016 0.846 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.120 17 E 0.018 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.085 18 E 0.027 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.041 19 M 0.058 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.019 20 L 0.029 0.914 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.002 0.030 21 I 0.070 0.797 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.006 0.081 22 I 0.157 0.713 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.022 0.004 0.070 23 E 0.043 0.691 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 0.062 0.154 24 N 0.069 0.362 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.025 0.162 0.353 25 F 0.144 0.393 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.054 0.033 0.305 26 E 0.036 0.432 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.120 0.354 27 E 0.121 0.343 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.213 0.280 28 I 0.137 0.779 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.008 0.063 29 V 0.045 0.877 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.013 0.047 30 K 0.093 0.682 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.071 0.125 31 D 0.139 0.670 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.022 0.116 32 R 0.027 0.690 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.009 0.247 33 E 0.003 0.474 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.382 0.130 34 R 0.045 0.658 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.221 0.060 35 F 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 36 L 0.012 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 37 A 0.017 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.019 38 Q 0.127 0.759 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.002 0.036 39 V 0.150 0.738 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.052 40 E 0.020 0.747 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.010 0.017 0.156 41 E 0.129 0.413 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.049 0.066 0.277 42 F 0.335 0.422 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.043 0.015 0.101 43 V 0.092 0.227 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.382 0.016 0.047 0.204 44 F 0.030 0.126 0.036 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.422 0.014 0.035 0.322 45 K 0.038 0.056 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.002 0.426 0.016 0.068 0.363 46 C 0.037 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.001 0.017 0.011 0.004 0.006 0.188 0.013 0.082 0.582 47 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.007 0.966 48 V 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.005 0.225 0.583 49 C 0.101 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.010 0.123 0.621 50 G 0.080 0.075 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.118 0.034 0.106 0.565 51 E 0.272 0.019 0.029 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.024 0.021 0.164 0.443 52 E 0.024 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.036 0.880 53 F 0.130 0.108 0.006 0.003 0.028 0.023 0.015 0.004 0.028 0.008 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.089 0.026 0.083 0.433 54 Y 0.165 0.182 0.006 0.002 0.002 0.008 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.025 0.068 0.423 55 G 0.114 0.106 0.015 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.130 0.049 0.040 0.520 56 K 0.340 0.050 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.155 0.022 0.074 0.308 57 T 0.050 0.074 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.007 0.092 0.646 58 L 0.058 0.041 0.019 0.004 0.006 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 0.363 0.010 0.126 0.347 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 60 R 0.042 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.005 0.101 0.738 61 R 0.029 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.226 0.709 62 E 0.151 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.203 0.584 63 A 0.212 0.309 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.107 0.337 64 E 0.070 0.591 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.091 0.233 65 K 0.027 0.766 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.054 0.142 66 V 0.014 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.037 67 F 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.013 68 E 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.010 69 L 0.017 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 70 L 0.032 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.006 71 N 0.075 0.834 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.003 0.033 72 D 0.250 0.346 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.132 0.009 0.146 73 F 0.124 0.422 0.075 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.078 0.054 0.219 74 K 0.110 0.168 0.081 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.080 0.199 0.301 75 G 0.107 0.075 0.151 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.057 0.109 0.418 76 G 0.123 0.048 0.070 0.018 0.008 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.009 0.003 0.096 0.023 0.156 0.427 77 I 0.052 0.023 0.011 0.011 0.021 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.006 0.003 0.105 0.006 0.104 0.627 78 D 0.015 0.017 0.003 0.005 0.017 0.018 0.013 0.005 0.006 0.011 0.034 0.003 0.017 0.007 0.003 0.004 0.116 0.007 0.237 0.461 79 W 0.016 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.010 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.004 0.068 0.771 80 E 0.023 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.038 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.010 0.444 0.242 81 N 0.297 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.067 0.182 0.307 82 K 0.166 0.128 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.312 0.032 0.102 0.238 83 R 0.124 0.032 0.033 0.004 0.012 0.003 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.212 0.022 0.181 0.357 84 V 0.008 0.012 0.008 0.002 0.009 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.772 0.003 0.030 0.127 85 K 0.003 0.009 0.005 0.003 0.033 0.013 0.049 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.007 0.535 0.003 0.073 0.234 86 L 0.005 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 0.008 0.010 0.659 0.003 0.039 0.233 87 K 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.003 0.004 0.692 0.002 0.071 0.194