# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.137 0.011 0.008 0.051 0.044 0.048 0.114 0.001 0.001 0.005 0.581 2 K 0.023 0.002 0.002 0.031 0.013 0.023 0.031 0.001 0.001 0.001 0.874 3 C 0.058 0.003 0.005 0.109 0.078 0.137 0.051 0.001 0.001 0.002 0.556 4 P 0.002 0.001 0.001 0.022 0.010 0.020 0.014 0.001 0.001 0.001 0.932 5 I 0.019 0.002 0.001 0.055 0.086 0.190 0.043 0.001 0.001 0.001 0.603 6 C 0.101 0.008 0.002 0.089 0.025 0.078 0.062 0.001 0.001 0.006 0.628 7 G 0.131 0.008 0.005 0.072 0.015 0.054 0.098 0.001 0.001 0.006 0.610 8 S 0.190 0.008 0.004 0.036 0.027 0.018 0.151 0.001 0.001 0.004 0.561 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.995 10 L 0.034 0.016 0.003 0.030 0.031 0.111 0.267 0.001 0.001 0.003 0.506 11 K 0.078 0.026 0.001 0.005 0.003 0.006 0.293 0.001 0.001 0.005 0.583 12 W 0.067 0.187 0.003 0.009 0.005 0.011 0.079 0.001 0.001 0.001 0.636 13 E 0.022 0.252 0.004 0.006 0.004 0.015 0.130 0.001 0.001 0.002 0.564 14 E 0.032 0.334 0.001 0.004 0.001 0.002 0.210 0.001 0.001 0.001 0.415 15 L 0.024 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.086 16 I 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 17 E 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 18 E 0.018 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.022 19 M 0.050 0.919 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.015 20 L 0.022 0.912 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.027 21 I 0.043 0.807 0.018 0.002 0.001 0.002 0.007 0.031 0.001 0.001 0.088 22 I 0.139 0.686 0.021 0.005 0.002 0.004 0.006 0.036 0.001 0.001 0.101 23 E 0.071 0.651 0.029 0.005 0.003 0.005 0.025 0.020 0.001 0.001 0.189 24 N 0.083 0.317 0.025 0.005 0.002 0.004 0.163 0.012 0.001 0.003 0.387 25 F 0.152 0.308 0.020 0.008 0.003 0.007 0.039 0.007 0.001 0.003 0.454 26 E 0.046 0.292 0.007 0.007 0.003 0.007 0.089 0.003 0.001 0.002 0.544 27 E 0.105 0.277 0.005 0.007 0.002 0.003 0.180 0.004 0.001 0.002 0.414 28 I 0.153 0.703 0.006 0.003 0.002 0.003 0.019 0.006 0.001 0.001 0.105 29 V 0.047 0.839 0.007 0.004 0.004 0.008 0.012 0.009 0.001 0.001 0.070 30 K 0.040 0.750 0.006 0.003 0.003 0.007 0.015 0.016 0.001 0.001 0.158 31 D 0.115 0.617 0.006 0.003 0.003 0.005 0.026 0.017 0.001 0.001 0.207 32 R 0.084 0.576 0.010 0.003 0.002 0.003 0.035 0.010 0.001 0.001 0.275 33 E 0.025 0.449 0.021 0.002 0.002 0.006 0.142 0.005 0.001 0.003 0.344 34 R 0.055 0.521 0.010 0.003 0.001 0.002 0.177 0.003 0.001 0.003 0.225 35 F 0.038 0.852 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.080 36 L 0.019 0.914 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.053 37 A 0.017 0.863 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.098 38 Q 0.074 0.816 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 0.078 39 V 0.077 0.816 0.012 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.071 40 E 0.030 0.768 0.020 0.003 0.006 0.009 0.010 0.016 0.001 0.001 0.137 41 E 0.088 0.466 0.021 0.007 0.005 0.008 0.033 0.023 0.001 0.002 0.347 42 F 0.329 0.441 0.033 0.021 0.013 0.013 0.012 0.021 0.001 0.001 0.116 43 V 0.095 0.382 0.030 0.057 0.031 0.032 0.030 0.022 0.001 0.001 0.321 44 F 0.055 0.165 0.064 0.157 0.104 0.120 0.037 0.021 0.001 0.004 0.273 45 K 0.042 0.062 0.030 0.137 0.056 0.085 0.050 0.011 0.001 0.006 0.522 46 C 0.052 0.025 0.013 0.064 0.117 0.131 0.046 0.003 0.001 0.003 0.546 47 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.969 48 V 0.015 0.004 0.002 0.046 0.056 0.157 0.080 0.001 0.001 0.002 0.638 49 C 0.113 0.021 0.002 0.028 0.016 0.029 0.091 0.001 0.001 0.009 0.692 50 G 0.121 0.031 0.003 0.036 0.022 0.052 0.085 0.001 0.001 0.006 0.643 51 E 0.124 0.041 0.004 0.030 0.020 0.039 0.144 0.001 0.001 0.006 0.591 52 E 0.159 0.060 0.003 0.037 0.026 0.048 0.133 0.002 0.001 0.005 0.527 53 F 0.284 0.212 0.010 0.039 0.050 0.068 0.065 0.008 0.001 0.005 0.260 54 Y 0.120 0.280 0.011 0.049 0.063 0.107 0.056 0.009 0.001 0.003 0.303 55 G 0.107 0.090 0.018 0.067 0.063 0.131 0.064 0.011 0.001 0.005 0.442 56 K 0.190 0.085 0.027 0.062 0.071 0.092 0.105 0.009 0.001 0.007 0.352 57 T 0.053 0.016 0.007 0.031 0.020 0.038 0.077 0.003 0.001 0.003 0.752 58 L 0.158 0.022 0.038 0.050 0.063 0.080 0.101 0.003 0.001 0.005 0.479 59 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.976 60 R 0.013 0.004 0.001 0.016 0.013 0.047 0.064 0.001 0.001 0.001 0.842 61 R 0.045 0.017 0.001 0.011 0.005 0.013 0.139 0.001 0.001 0.004 0.764 62 E 0.095 0.059 0.002 0.004 0.003 0.006 0.242 0.001 0.001 0.003 0.585 63 A 0.115 0.282 0.005 0.004 0.004 0.010 0.134 0.002 0.001 0.003 0.442 64 E 0.043 0.523 0.005 0.002 0.005 0.009 0.088 0.002 0.001 0.002 0.321 65 K 0.021 0.722 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.199 66 V 0.018 0.882 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.084 67 F 0.005 0.967 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.015 68 E 0.003 0.978 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 69 L 0.011 0.961 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.011 70 L 0.026 0.936 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 0.008 71 N 0.133 0.640 0.015 0.005 0.012 0.020 0.007 0.090 0.001 0.001 0.076 72 D 0.290 0.284 0.100 0.016 0.013 0.019 0.024 0.084 0.001 0.003 0.165 73 F 0.136 0.210 0.123 0.041 0.016 0.018 0.097 0.031 0.001 0.006 0.323 74 K 0.087 0.100 0.055 0.041 0.026 0.036 0.302 0.011 0.001 0.016 0.327 75 G 0.149 0.056 0.040 0.052 0.040 0.050 0.171 0.008 0.001 0.043 0.391 76 G 0.313 0.030 0.039 0.051 0.035 0.051 0.074 0.005 0.001 0.015 0.388 77 I 0.075 0.037 0.011 0.105 0.069 0.087 0.106 0.005 0.001 0.005 0.501 78 D 0.028 0.014 0.004 0.122 0.140 0.172 0.138 0.003 0.001 0.005 0.373 79 W 0.019 0.021 0.003 0.108 0.056 0.090 0.099 0.001 0.001 0.007 0.596 80 E 0.007 0.011 0.002 0.034 0.035 0.075 0.605 0.001 0.001 0.025 0.205 81 N 0.263 0.010 0.008 0.019 0.024 0.033 0.296 0.001 0.001 0.124 0.222 82 K 0.364 0.057 0.028 0.038 0.077 0.077 0.139 0.003 0.001 0.032 0.186 83 R 0.042 0.024 0.010 0.071 0.057 0.075 0.231 0.001 0.001 0.005 0.485 84 V 0.042 0.019 0.008 0.145 0.266 0.268 0.045 0.001 0.001 0.003 0.202 85 K 0.005 0.007 0.001 0.095 0.323 0.274 0.046 0.001 0.001 0.001 0.248 86 L 0.006 0.005 0.002 0.084 0.213 0.359 0.022 0.001 0.001 0.001 0.308 87 K 0.009 0.006 0.001 0.119 0.173 0.379 0.062 0.001 0.001 0.002 0.248