# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.065 0.039 0.039 0.034 0.045 0.050 0.011 0.716 2 K 0.058 0.017 0.030 0.019 0.043 0.051 0.011 0.771 3 C 0.121 0.024 0.122 0.098 0.126 0.066 0.007 0.436 4 P 0.003 0.001 0.007 0.006 0.012 0.004 0.001 0.967 5 I 0.022 0.007 0.055 0.050 0.091 0.048 0.003 0.724 6 C 0.097 0.011 0.085 0.064 0.096 0.071 0.006 0.569 7 G 0.077 0.017 0.069 0.037 0.078 0.067 0.009 0.647 8 S 0.081 0.015 0.105 0.064 0.083 0.187 0.006 0.461 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 10 L 0.046 0.022 0.023 0.043 0.085 0.224 0.004 0.553 11 K 0.124 0.043 0.009 0.005 0.009 0.250 0.003 0.557 12 W 0.055 0.180 0.007 0.004 0.015 0.085 0.003 0.651 13 E 0.027 0.381 0.007 0.002 0.007 0.175 0.003 0.397 14 E 0.022 0.520 0.002 0.001 0.001 0.175 0.002 0.276 15 L 0.006 0.969 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 16 I 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 17 E 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 18 E 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 19 M 0.031 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 20 L 0.009 0.966 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 21 I 0.036 0.870 0.036 0.002 0.002 0.006 0.015 0.035 22 I 0.088 0.821 0.018 0.004 0.003 0.002 0.013 0.051 23 E 0.043 0.742 0.017 0.004 0.003 0.028 0.019 0.145 24 N 0.094 0.470 0.017 0.004 0.004 0.069 0.031 0.311 25 F 0.096 0.514 0.067 0.006 0.011 0.031 0.021 0.255 26 E 0.031 0.361 0.025 0.014 0.010 0.172 0.010 0.379 27 E 0.055 0.351 0.010 0.007 0.008 0.152 0.008 0.409 28 I 0.063 0.829 0.024 0.002 0.005 0.010 0.004 0.063 29 V 0.019 0.899 0.022 0.006 0.011 0.004 0.003 0.036 30 K 0.038 0.785 0.008 0.004 0.007 0.016 0.007 0.136 31 D 0.076 0.695 0.004 0.002 0.005 0.024 0.016 0.179 32 R 0.069 0.703 0.009 0.001 0.002 0.020 0.017 0.178 33 E 0.014 0.386 0.007 0.001 0.001 0.225 0.008 0.358 34 R 0.034 0.375 0.003 0.001 0.001 0.404 0.006 0.177 35 F 0.034 0.940 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 36 L 0.011 0.968 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 37 A 0.008 0.960 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.023 38 Q 0.051 0.872 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.051 39 V 0.066 0.888 0.008 0.001 0.002 0.001 0.015 0.019 40 E 0.023 0.844 0.039 0.008 0.004 0.008 0.014 0.060 41 E 0.060 0.553 0.017 0.007 0.005 0.023 0.034 0.302 42 F 0.287 0.490 0.052 0.010 0.011 0.007 0.055 0.088 43 V 0.156 0.355 0.162 0.049 0.034 0.022 0.040 0.182 44 F 0.030 0.103 0.337 0.163 0.099 0.031 0.006 0.231 45 K 0.037 0.061 0.149 0.074 0.125 0.037 0.008 0.509 46 C 0.055 0.043 0.151 0.133 0.202 0.062 0.005 0.349 47 P 0.001 0.001 0.006 0.003 0.010 0.004 0.001 0.975 48 V 0.025 0.009 0.030 0.034 0.079 0.081 0.004 0.738 49 C 0.112 0.022 0.031 0.034 0.063 0.082 0.009 0.647 50 G 0.115 0.048 0.029 0.036 0.088 0.076 0.011 0.596 51 E 0.071 0.053 0.041 0.049 0.075 0.120 0.007 0.585 52 E 0.061 0.078 0.019 0.024 0.048 0.085 0.009 0.675 53 F 0.150 0.243 0.033 0.059 0.115 0.038 0.014 0.347 54 Y 0.077 0.373 0.066 0.064 0.111 0.041 0.014 0.254 55 G 0.120 0.171 0.037 0.054 0.085 0.043 0.034 0.456 56 K 0.228 0.115 0.061 0.108 0.103 0.059 0.023 0.304 57 T 0.050 0.058 0.038 0.037 0.064 0.061 0.013 0.679 58 L 0.087 0.048 0.088 0.127 0.169 0.100 0.011 0.370 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 60 R 0.016 0.010 0.009 0.025 0.055 0.072 0.002 0.810 61 R 0.093 0.055 0.017 0.012 0.025 0.140 0.005 0.653 62 E 0.129 0.133 0.006 0.007 0.016 0.204 0.008 0.496 63 A 0.096 0.438 0.011 0.006 0.019 0.060 0.009 0.360 64 E 0.049 0.567 0.011 0.010 0.017 0.069 0.008 0.268 65 K 0.042 0.586 0.012 0.011 0.014 0.046 0.006 0.284 66 V 0.010 0.854 0.025 0.005 0.009 0.010 0.002 0.084 67 F 0.007 0.897 0.011 0.014 0.022 0.007 0.002 0.040 68 E 0.011 0.928 0.008 0.009 0.014 0.003 0.002 0.027 69 L 0.021 0.933 0.004 0.003 0.007 0.002 0.007 0.023 70 L 0.038 0.916 0.005 0.004 0.010 0.001 0.014 0.012 71 N 0.063 0.715 0.011 0.015 0.015 0.013 0.044 0.123 72 D 0.175 0.246 0.033 0.016 0.016 0.038 0.133 0.341 73 F 0.437 0.083 0.075 0.022 0.020 0.048 0.099 0.217 74 K 0.107 0.052 0.072 0.062 0.028 0.234 0.028 0.417 75 G 0.050 0.032 0.083 0.051 0.065 0.114 0.012 0.592 76 G 0.186 0.020 0.101 0.066 0.086 0.101 0.016 0.423 77 I 0.050 0.012 0.133 0.190 0.137 0.071 0.003 0.404 78 D 0.008 0.007 0.055 0.153 0.152 0.112 0.002 0.511 79 W 0.006 0.006 0.026 0.061 0.091 0.050 0.001 0.759 80 E 0.013 0.009 0.011 0.020 0.040 0.708 0.004 0.195 81 N 0.104 0.013 0.004 0.007 0.008 0.750 0.015 0.100 82 K 0.547 0.092 0.022 0.037 0.041 0.044 0.086 0.131 83 R 0.122 0.051 0.058 0.058 0.064 0.157 0.022 0.469 84 V 0.015 0.013 0.049 0.335 0.298 0.024 0.002 0.265 85 K 0.011 0.012 0.042 0.187 0.531 0.038 0.002 0.179 86 L 0.012 0.006 0.023 0.224 0.335 0.015 0.001 0.383 87 K 0.011 0.017 0.093 0.193 0.382 0.052 0.002 0.250