# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.147 0.243 0.322 0.054 0.119 0.026 0.036 0.012 0.020 0.018 0.003 2 K 0.220 0.232 0.277 0.160 0.027 0.036 0.018 0.003 0.019 0.002 0.006 3 C 0.011 0.265 0.338 0.004 0.052 0.020 0.007 0.001 0.302 0.002 0.001 4 P 0.332 0.003 0.561 0.010 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.072 5 I 0.264 0.248 0.197 0.206 0.023 0.017 0.011 0.003 0.031 0.001 0.001 6 C 0.096 0.180 0.301 0.218 0.047 0.028 0.083 0.004 0.035 0.004 0.004 7 G 0.037 0.020 0.113 0.039 0.078 0.025 0.086 0.389 0.008 0.200 0.006 8 S 0.037 0.216 0.515 0.016 0.096 0.023 0.007 0.002 0.074 0.014 0.001 9 P 0.437 0.010 0.473 0.024 0.004 0.026 0.002 0.001 0.002 0.002 0.021 10 L 0.613 0.112 0.110 0.120 0.019 0.013 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 11 K 0.507 0.093 0.246 0.032 0.030 0.053 0.008 0.001 0.028 0.003 0.001 12 W 0.967 0.003 0.017 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 M 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.982 0.004 0.003 0.006 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.949 0.017 0.012 0.012 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.904 0.023 0.023 0.034 0.002 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 23 E 0.813 0.014 0.040 0.113 0.004 0.005 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 24 N 0.428 0.019 0.047 0.303 0.042 0.031 0.077 0.022 0.018 0.011 0.001 25 F 0.878 0.008 0.042 0.057 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 26 E 0.938 0.018 0.021 0.016 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.905 0.026 0.017 0.040 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 28 I 0.849 0.033 0.042 0.061 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 29 V 0.786 0.062 0.062 0.050 0.004 0.016 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 30 K 0.809 0.027 0.058 0.064 0.016 0.006 0.010 0.002 0.004 0.003 0.001 31 D 0.444 0.028 0.151 0.204 0.031 0.083 0.017 0.008 0.025 0.007 0.001 32 R 0.933 0.003 0.019 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.984 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.966 0.005 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.947 0.005 0.010 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 L 0.986 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.979 0.004 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.900 0.010 0.019 0.057 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 39 V 0.937 0.007 0.020 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 E 0.953 0.012 0.016 0.013 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.852 0.032 0.015 0.080 0.010 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 42 F 0.537 0.123 0.131 0.131 0.039 0.017 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 43 V 0.311 0.403 0.143 0.066 0.017 0.025 0.011 0.001 0.023 0.001 0.001 44 F 0.165 0.438 0.202 0.063 0.032 0.056 0.023 0.001 0.019 0.001 0.001 45 K 0.199 0.304 0.236 0.123 0.031 0.059 0.015 0.002 0.026 0.001 0.002 46 C 0.014 0.190 0.364 0.004 0.034 0.035 0.009 0.001 0.347 0.002 0.001 47 P 0.424 0.002 0.500 0.016 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 48 V 0.389 0.186 0.168 0.173 0.026 0.016 0.012 0.005 0.022 0.001 0.001 49 C 0.181 0.145 0.293 0.223 0.034 0.030 0.057 0.003 0.030 0.002 0.002 50 G 0.163 0.032 0.109 0.031 0.133 0.020 0.050 0.263 0.008 0.188 0.002 51 E 0.481 0.213 0.192 0.056 0.009 0.033 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 52 E 0.532 0.237 0.124 0.060 0.017 0.012 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 53 F 0.483 0.192 0.126 0.081 0.050 0.026 0.009 0.002 0.026 0.002 0.001 54 Y 0.289 0.168 0.182 0.261 0.026 0.016 0.028 0.001 0.026 0.001 0.002 55 G 0.112 0.020 0.070 0.035 0.120 0.011 0.064 0.324 0.007 0.234 0.003 56 K 0.385 0.168 0.187 0.157 0.041 0.017 0.022 0.005 0.012 0.003 0.003 57 T 0.152 0.169 0.226 0.323 0.031 0.048 0.030 0.005 0.012 0.001 0.003 58 L 0.036 0.338 0.366 0.008 0.050 0.020 0.009 0.001 0.170 0.003 0.001 59 P 0.127 0.005 0.787 0.008 0.003 0.042 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 60 R 0.770 0.017 0.124 0.060 0.005 0.011 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 61 R 0.872 0.020 0.059 0.034 0.002 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 62 E 0.886 0.019 0.022 0.059 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 A 0.977 0.002 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 E 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.596 0.003 0.008 0.386 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 N 0.557 0.005 0.018 0.281 0.016 0.009 0.070 0.027 0.005 0.011 0.001 72 D 0.462 0.014 0.031 0.426 0.008 0.011 0.038 0.005 0.005 0.002 0.001 73 F 0.451 0.042 0.103 0.331 0.013 0.012 0.026 0.006 0.012 0.002 0.001 74 K 0.323 0.099 0.151 0.223 0.014 0.012 0.140 0.006 0.027 0.003 0.003 75 G 0.061 0.021 0.107 0.053 0.148 0.009 0.134 0.279 0.006 0.181 0.002 76 G 0.174 0.089 0.255 0.073 0.133 0.029 0.061 0.131 0.008 0.041 0.007 77 I 0.071 0.625 0.203 0.025 0.035 0.018 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 78 D 0.070 0.213 0.436 0.021 0.033 0.170 0.013 0.002 0.034 0.004 0.005 79 W 0.505 0.146 0.161 0.077 0.059 0.019 0.003 0.002 0.020 0.004 0.002 80 E 0.635 0.082 0.063 0.184 0.008 0.008 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 81 N 0.112 0.035 0.031 0.549 0.076 0.017 0.139 0.031 0.008 0.002 0.001 82 K 0.128 0.272 0.287 0.136 0.066 0.015 0.067 0.004 0.025 0.001 0.001 83 R 0.050 0.360 0.338 0.087 0.017 0.056 0.077 0.002 0.013 0.001 0.001 84 V 0.008 0.733 0.187 0.007 0.029 0.023 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 85 K 0.015 0.420 0.422 0.008 0.021 0.091 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 86 L 0.030 0.504 0.299 0.017 0.024 0.102 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 87 K 0.056 0.494 0.213 0.018 0.134 0.042 0.008 0.002 0.027 0.005 0.001