# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.100 0.211 0.045 0.017 0.264 0.023 0.057 0.135 0.075 0.048 0.026 2 K 0.132 0.096 0.054 0.036 0.161 0.036 0.077 0.115 0.074 0.158 0.061 3 C 0.085 0.299 0.185 0.023 0.286 0.007 0.008 0.028 0.020 0.020 0.039 4 P 0.163 0.156 0.035 0.009 0.253 0.015 0.050 0.157 0.086 0.038 0.039 5 I 0.132 0.086 0.054 0.034 0.143 0.061 0.090 0.111 0.068 0.137 0.083 6 C 0.053 0.263 0.114 0.112 0.145 0.055 0.069 0.050 0.031 0.071 0.037 7 G 0.034 0.038 0.075 0.280 0.032 0.063 0.044 0.059 0.058 0.249 0.067 8 S 0.028 0.370 0.351 0.029 0.103 0.010 0.013 0.026 0.020 0.029 0.020 9 P 0.115 0.132 0.023 0.006 0.170 0.006 0.018 0.193 0.173 0.100 0.065 10 L 0.031 0.154 0.087 0.019 0.109 0.056 0.089 0.276 0.102 0.049 0.027 11 K 0.129 0.375 0.094 0.002 0.191 0.003 0.005 0.101 0.016 0.043 0.040 12 W 0.008 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.689 0.259 0.018 0.004 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.069 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.020 0.002 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.002 0.001 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.060 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.030 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.963 0.020 0.005 0.001 19 M 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.922 0.050 0.007 0.001 20 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.881 0.089 0.004 0.001 21 I 0.014 0.008 0.004 0.001 0.010 0.002 0.037 0.817 0.066 0.038 0.004 22 I 0.027 0.035 0.010 0.004 0.040 0.006 0.060 0.667 0.100 0.039 0.013 23 E 0.007 0.027 0.024 0.011 0.016 0.035 0.138 0.571 0.111 0.050 0.010 24 N 0.047 0.103 0.037 0.004 0.052 0.005 0.017 0.389 0.074 0.240 0.031 25 F 0.005 0.009 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.623 0.315 0.030 0.005 26 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.860 0.117 0.004 0.001 27 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.864 0.093 0.018 0.001 28 I 0.005 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.011 0.853 0.082 0.033 0.002 29 V 0.008 0.010 0.004 0.002 0.010 0.005 0.023 0.780 0.126 0.026 0.006 30 K 0.009 0.035 0.024 0.010 0.016 0.023 0.136 0.533 0.097 0.108 0.008 31 D 0.108 0.251 0.086 0.004 0.200 0.003 0.009 0.209 0.020 0.091 0.020 32 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.636 0.325 0.020 0.003 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.920 0.072 0.002 0.001 34 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.035 0.008 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.898 0.068 0.026 0.001 36 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.874 0.112 0.004 0.001 37 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.033 0.903 0.048 0.006 0.001 38 Q 0.015 0.006 0.004 0.001 0.006 0.002 0.031 0.823 0.052 0.057 0.003 39 V 0.029 0.018 0.003 0.001 0.033 0.003 0.007 0.648 0.218 0.030 0.009 40 E 0.005 0.009 0.004 0.005 0.009 0.013 0.031 0.752 0.162 0.008 0.002 41 E 0.042 0.014 0.007 0.006 0.043 0.008 0.124 0.517 0.113 0.111 0.015 42 F 0.186 0.154 0.017 0.006 0.349 0.006 0.049 0.155 0.029 0.030 0.020 43 V 0.239 0.091 0.016 0.008 0.315 0.018 0.042 0.126 0.036 0.039 0.071 44 F 0.221 0.136 0.023 0.006 0.443 0.007 0.016 0.067 0.025 0.015 0.041 45 K 0.143 0.106 0.044 0.037 0.196 0.042 0.088 0.134 0.060 0.095 0.056 46 C 0.090 0.254 0.224 0.015 0.310 0.006 0.008 0.026 0.015 0.012 0.041 47 P 0.165 0.128 0.026 0.009 0.207 0.015 0.063 0.200 0.097 0.045 0.046 48 V 0.083 0.064 0.067 0.067 0.083 0.085 0.122 0.173 0.070 0.126 0.061 49 C 0.020 0.206 0.147 0.239 0.044 0.090 0.076 0.075 0.031 0.052 0.020 50 G 0.031 0.034 0.063 0.154 0.026 0.047 0.019 0.114 0.072 0.339 0.102 51 E 0.056 0.265 0.049 0.012 0.237 0.016 0.020 0.186 0.100 0.040 0.020 52 E 0.204 0.098 0.030 0.008 0.250 0.011 0.048 0.201 0.057 0.046 0.047 53 F 0.229 0.066 0.041 0.035 0.162 0.032 0.074 0.149 0.046 0.093 0.073 54 Y 0.060 0.187 0.107 0.140 0.109 0.104 0.073 0.082 0.039 0.065 0.034 55 G 0.064 0.058 0.062 0.170 0.061 0.085 0.035 0.113 0.083 0.194 0.074 56 K 0.081 0.184 0.052 0.020 0.231 0.024 0.049 0.149 0.103 0.081 0.027 57 T 0.173 0.128 0.049 0.012 0.192 0.014 0.046 0.082 0.052 0.156 0.098 58 L 0.038 0.403 0.343 0.012 0.119 0.005 0.007 0.015 0.007 0.011 0.040 59 P 0.035 0.542 0.241 0.016 0.070 0.006 0.008 0.035 0.015 0.015 0.017 60 R 0.036 0.128 0.034 0.006 0.077 0.012 0.041 0.422 0.196 0.033 0.016 61 R 0.009 0.040 0.024 0.005 0.018 0.012 0.028 0.636 0.187 0.034 0.007 62 E 0.012 0.017 0.009 0.003 0.011 0.004 0.025 0.688 0.131 0.090 0.010 63 A 0.013 0.029 0.010 0.003 0.025 0.006 0.006 0.694 0.153 0.050 0.010 64 E 0.005 0.007 0.003 0.002 0.007 0.004 0.009 0.888 0.065 0.007 0.003 65 K 0.006 0.013 0.005 0.001 0.009 0.002 0.010 0.883 0.056 0.013 0.002 66 V 0.018 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.913 0.038 0.009 0.002 67 F 0.008 0.008 0.003 0.002 0.018 0.003 0.007 0.879 0.067 0.003 0.002 68 E 0.010 0.011 0.004 0.001 0.013 0.001 0.028 0.884 0.040 0.004 0.003 69 L 0.026 0.005 0.001 0.002 0.009 0.001 0.024 0.856 0.047 0.026 0.003 70 L 0.016 0.043 0.013 0.008 0.037 0.012 0.032 0.667 0.138 0.026 0.009 71 N 0.013 0.023 0.010 0.006 0.031 0.010 0.030 0.680 0.147 0.035 0.013 72 D 0.027 0.031 0.028 0.005 0.041 0.007 0.068 0.588 0.119 0.070 0.015 73 F 0.066 0.102 0.048 0.022 0.091 0.031 0.093 0.323 0.097 0.086 0.041 74 K 0.040 0.187 0.076 0.079 0.058 0.074 0.106 0.175 0.083 0.085 0.037 75 G 0.026 0.080 0.093 0.151 0.053 0.062 0.043 0.102 0.061 0.249 0.080 76 G 0.195 0.156 0.095 0.028 0.227 0.009 0.014 0.073 0.040 0.102 0.061 77 I 0.078 0.272 0.089 0.016 0.239 0.034 0.051 0.093 0.049 0.040 0.039 78 D 0.181 0.201 0.078 0.003 0.448 0.003 0.003 0.023 0.007 0.007 0.046 79 W 0.048 0.026 0.008 0.004 0.044 0.007 0.009 0.321 0.461 0.055 0.016 80 E 0.013 0.045 0.036 0.015 0.023 0.049 0.210 0.390 0.161 0.049 0.007 81 N 0.238 0.063 0.025 0.014 0.122 0.015 0.023 0.103 0.060 0.234 0.105 82 K 0.062 0.332 0.039 0.029 0.253 0.047 0.058 0.081 0.043 0.030 0.027 83 R 0.318 0.070 0.014 0.008 0.384 0.010 0.016 0.031 0.019 0.054 0.076 84 V 0.189 0.159 0.005 0.001 0.617 0.002 0.003 0.006 0.003 0.003 0.013 85 K 0.236 0.118 0.027 0.002 0.555 0.005 0.007 0.008 0.002 0.003 0.038 86 L 0.334 0.139 0.024 0.007 0.352 0.007 0.008 0.020 0.012 0.019 0.078 87 K 0.112 0.203 0.083 0.043 0.248 0.053 0.055 0.064 0.038 0.041 0.061