# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.641 0.187 0.109 0.046 0.013 0.004 0.001 2 K 0.655 0.197 0.113 0.026 0.007 0.002 0.001 3 C 0.198 0.205 0.193 0.239 0.123 0.040 0.002 4 P 0.308 0.279 0.224 0.114 0.055 0.019 0.001 5 I 0.183 0.170 0.178 0.212 0.167 0.083 0.007 6 C 0.207 0.189 0.201 0.215 0.136 0.048 0.004 7 G 0.330 0.262 0.193 0.138 0.056 0.019 0.002 8 S 0.533 0.245 0.143 0.054 0.020 0.006 0.001 9 P 0.401 0.346 0.153 0.069 0.023 0.007 0.001 10 L 0.164 0.153 0.197 0.291 0.159 0.034 0.002 11 K 0.369 0.390 0.167 0.059 0.011 0.003 0.001 12 W 0.087 0.127 0.180 0.300 0.235 0.069 0.002 13 E 0.310 0.364 0.190 0.108 0.023 0.005 0.001 14 E 0.288 0.444 0.151 0.082 0.026 0.007 0.001 15 L 0.052 0.080 0.208 0.337 0.245 0.076 0.003 16 I 0.042 0.087 0.154 0.306 0.265 0.133 0.012 17 E 0.331 0.341 0.218 0.083 0.021 0.005 0.001 18 E 0.216 0.299 0.235 0.153 0.073 0.022 0.002 19 M 0.111 0.142 0.180 0.225 0.208 0.124 0.010 20 L 0.112 0.141 0.185 0.259 0.196 0.098 0.010 21 I 0.299 0.270 0.236 0.114 0.060 0.019 0.001 22 I 0.224 0.223 0.212 0.215 0.096 0.027 0.002 23 E 0.633 0.234 0.093 0.029 0.008 0.003 0.001 24 N 0.489 0.261 0.150 0.065 0.028 0.007 0.001 25 F 0.255 0.203 0.207 0.205 0.102 0.027 0.001 26 E 0.602 0.245 0.108 0.038 0.006 0.001 0.001 27 E 0.418 0.362 0.157 0.047 0.014 0.002 0.001 28 I 0.069 0.092 0.194 0.313 0.251 0.080 0.001 29 V 0.100 0.197 0.271 0.260 0.147 0.025 0.001 30 K 0.504 0.376 0.084 0.031 0.005 0.001 0.001 31 D 0.405 0.265 0.185 0.096 0.044 0.005 0.001 32 R 0.316 0.283 0.233 0.128 0.032 0.008 0.001 33 E 0.647 0.230 0.095 0.024 0.004 0.001 0.001 34 R 0.448 0.374 0.129 0.038 0.009 0.001 0.001 35 F 0.074 0.113 0.219 0.285 0.256 0.053 0.001 36 L 0.103 0.184 0.287 0.285 0.120 0.021 0.001 37 A 0.683 0.232 0.066 0.016 0.002 0.001 0.001 38 Q 0.474 0.343 0.134 0.035 0.012 0.002 0.001 39 V 0.092 0.123 0.214 0.349 0.176 0.046 0.001 40 E 0.542 0.283 0.133 0.034 0.006 0.001 0.001 41 E 0.434 0.395 0.112 0.046 0.011 0.002 0.001 42 F 0.063 0.108 0.186 0.304 0.263 0.073 0.002 43 V 0.106 0.193 0.240 0.237 0.152 0.066 0.006 44 F 0.108 0.121 0.168 0.239 0.223 0.125 0.016 45 K 0.265 0.290 0.224 0.143 0.055 0.019 0.003 46 C 0.157 0.153 0.154 0.211 0.191 0.116 0.017 47 P 0.359 0.232 0.184 0.120 0.063 0.035 0.007 48 V 0.336 0.227 0.175 0.130 0.078 0.044 0.009 49 C 0.262 0.187 0.166 0.179 0.123 0.067 0.014 50 G 0.390 0.215 0.162 0.112 0.067 0.045 0.010 51 E 0.405 0.210 0.157 0.119 0.065 0.037 0.008 52 E 0.360 0.228 0.181 0.120 0.070 0.035 0.006 53 F 0.255 0.148 0.147 0.168 0.161 0.102 0.019 54 Y 0.323 0.192 0.160 0.165 0.100 0.050 0.009 55 G 0.461 0.227 0.153 0.094 0.046 0.017 0.003 56 K 0.542 0.233 0.128 0.065 0.022 0.008 0.001 57 T 0.500 0.223 0.150 0.075 0.037 0.014 0.001 58 L 0.264 0.163 0.193 0.208 0.122 0.047 0.003 59 P 0.467 0.282 0.153 0.066 0.025 0.007 0.001 60 R 0.451 0.270 0.153 0.088 0.031 0.006 0.001 61 R 0.662 0.235 0.067 0.026 0.007 0.002 0.001 62 E 0.322 0.282 0.176 0.137 0.065 0.017 0.001 63 A 0.205 0.204 0.228 0.207 0.110 0.043 0.003 64 E 0.173 0.247 0.243 0.214 0.092 0.028 0.002 65 K 0.116 0.230 0.277 0.223 0.111 0.038 0.005 66 V 0.029 0.049 0.086 0.160 0.267 0.351 0.058 67 F 0.036 0.063 0.104 0.218 0.256 0.259 0.064 68 E 0.092 0.193 0.265 0.221 0.130 0.074 0.025 69 L 0.041 0.067 0.092 0.160 0.237 0.296 0.106 70 L 0.035 0.061 0.106 0.216 0.257 0.257 0.068 71 N 0.205 0.283 0.240 0.143 0.073 0.045 0.011 72 D 0.114 0.166 0.222 0.233 0.172 0.078 0.013 73 F 0.087 0.096 0.108 0.190 0.265 0.215 0.039 74 K 0.287 0.264 0.228 0.148 0.051 0.019 0.003 75 G 0.349 0.303 0.177 0.104 0.049 0.016 0.002 76 G 0.215 0.271 0.241 0.160 0.079 0.031 0.002 77 I 0.103 0.092 0.145 0.273 0.272 0.108 0.007 78 D 0.277 0.413 0.198 0.080 0.025 0.006 0.001 79 W 0.186 0.178 0.220 0.268 0.121 0.025 0.001 80 E 0.554 0.302 0.104 0.031 0.008 0.002 0.001 81 N 0.579 0.288 0.077 0.045 0.009 0.002 0.001 82 K 0.511 0.256 0.145 0.062 0.023 0.003 0.001 83 R 0.324 0.370 0.188 0.093 0.020 0.005 0.001 84 V 0.147 0.156 0.236 0.287 0.151 0.021 0.001 85 K 0.419 0.360 0.155 0.052 0.011 0.002 0.001 86 L 0.249 0.187 0.219 0.223 0.108 0.015 0.001 87 K 0.773 0.168 0.047 0.010 0.001 0.001 0.001