# TARGET TR476 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR476.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.29899 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.174 0.101 0.100 0.125 0.129 0.125 0.087 0.061 0.042 0.028 0.015 0.008 0.003 0.001 2 K 0.146 0.116 0.127 0.154 0.155 0.112 0.075 0.053 0.032 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 3 C 0.100 0.058 0.071 0.101 0.129 0.125 0.119 0.105 0.074 0.052 0.038 0.018 0.008 0.003 4 P 0.161 0.110 0.111 0.132 0.139 0.109 0.078 0.061 0.045 0.026 0.016 0.007 0.003 0.002 5 I 0.112 0.069 0.082 0.108 0.140 0.123 0.111 0.106 0.060 0.040 0.025 0.013 0.007 0.003 6 C 0.082 0.069 0.077 0.113 0.156 0.151 0.115 0.096 0.071 0.037 0.020 0.009 0.003 0.002 7 G 0.218 0.172 0.152 0.152 0.110 0.082 0.052 0.030 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 8 S 0.437 0.142 0.147 0.087 0.066 0.052 0.035 0.013 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 9 P 0.131 0.142 0.238 0.163 0.129 0.097 0.049 0.021 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 10 L 0.247 0.145 0.091 0.160 0.155 0.095 0.049 0.034 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 11 K 0.305 0.281 0.243 0.088 0.037 0.028 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 W 0.029 0.029 0.053 0.147 0.211 0.190 0.170 0.094 0.057 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 13 E 0.133 0.183 0.255 0.190 0.125 0.064 0.027 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.626 0.235 0.110 0.016 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.041 0.071 0.079 0.232 0.250 0.168 0.091 0.047 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.013 0.024 0.035 0.128 0.214 0.213 0.197 0.110 0.052 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 17 E 0.431 0.258 0.195 0.059 0.026 0.022 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.503 0.213 0.177 0.052 0.024 0.022 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 M 0.042 0.061 0.087 0.192 0.232 0.192 0.114 0.052 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 20 L 0.090 0.089 0.086 0.175 0.206 0.151 0.108 0.068 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 21 I 0.293 0.158 0.151 0.140 0.122 0.068 0.035 0.017 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.173 0.111 0.133 0.180 0.180 0.109 0.056 0.032 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 23 E 0.554 0.178 0.130 0.065 0.036 0.021 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.291 0.189 0.187 0.134 0.097 0.061 0.024 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 F 0.067 0.064 0.066 0.157 0.214 0.181 0.135 0.068 0.037 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 26 E 0.342 0.247 0.183 0.103 0.057 0.041 0.017 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.507 0.253 0.153 0.045 0.018 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.028 0.050 0.070 0.192 0.251 0.188 0.117 0.068 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 29 V 0.047 0.071 0.079 0.210 0.224 0.171 0.104 0.057 0.028 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 30 K 0.580 0.220 0.127 0.040 0.018 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.464 0.169 0.227 0.064 0.037 0.024 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.082 0.091 0.182 0.233 0.191 0.124 0.071 0.013 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.572 0.220 0.111 0.047 0.022 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.556 0.209 0.179 0.033 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.032 0.048 0.056 0.177 0.249 0.197 0.114 0.084 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 36 L 0.025 0.065 0.081 0.246 0.238 0.172 0.096 0.047 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 37 A 0.701 0.157 0.105 0.021 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.258 0.235 0.282 0.114 0.054 0.041 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 V 0.021 0.029 0.045 0.146 0.220 0.230 0.175 0.089 0.031 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 40 E 0.247 0.231 0.220 0.135 0.077 0.055 0.022 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.542 0.183 0.135 0.058 0.033 0.029 0.010 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.051 0.040 0.048 0.116 0.195 0.196 0.169 0.097 0.041 0.021 0.014 0.008 0.003 0.001 43 V 0.081 0.066 0.109 0.144 0.168 0.147 0.110 0.087 0.042 0.023 0.012 0.006 0.003 0.002 44 F 0.201 0.062 0.044 0.077 0.095 0.104 0.105 0.108 0.076 0.055 0.031 0.026 0.013 0.003 45 K 0.163 0.108 0.103 0.132 0.135 0.118 0.089 0.067 0.039 0.021 0.014 0.006 0.002 0.002 46 C 0.106 0.053 0.079 0.088 0.138 0.125 0.125 0.094 0.067 0.049 0.047 0.015 0.007 0.004 47 P 0.187 0.118 0.116 0.139 0.152 0.102 0.070 0.048 0.032 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 48 V 0.197 0.103 0.102 0.123 0.142 0.107 0.078 0.061 0.039 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 49 C 0.130 0.077 0.079 0.105 0.149 0.130 0.113 0.089 0.061 0.036 0.018 0.009 0.003 0.001 50 G 0.236 0.132 0.147 0.127 0.112 0.091 0.061 0.039 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 51 E 0.310 0.130 0.119 0.107 0.099 0.082 0.063 0.038 0.024 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 52 E 0.280 0.144 0.132 0.126 0.111 0.084 0.051 0.031 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 53 F 0.158 0.075 0.084 0.116 0.152 0.135 0.102 0.085 0.043 0.025 0.014 0.007 0.004 0.001 54 Y 0.162 0.101 0.100 0.142 0.155 0.120 0.084 0.061 0.038 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 55 G 0.290 0.132 0.128 0.126 0.106 0.082 0.057 0.033 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 56 K 0.418 0.150 0.157 0.094 0.067 0.046 0.032 0.016 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 57 T 0.333 0.139 0.137 0.120 0.108 0.069 0.043 0.022 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 58 L 0.229 0.116 0.093 0.138 0.149 0.107 0.078 0.050 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 59 P 0.305 0.133 0.124 0.130 0.126 0.071 0.053 0.026 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 60 R 0.435 0.151 0.132 0.099 0.076 0.045 0.030 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 61 R 0.527 0.169 0.116 0.073 0.050 0.029 0.020 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.313 0.141 0.120 0.117 0.109 0.093 0.056 0.024 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 63 A 0.172 0.109 0.097 0.156 0.164 0.139 0.082 0.042 0.022 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 64 E 0.367 0.191 0.132 0.109 0.077 0.063 0.031 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 65 K 0.141 0.124 0.136 0.169 0.172 0.118 0.067 0.038 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 66 V 0.047 0.033 0.047 0.081 0.129 0.164 0.167 0.155 0.085 0.041 0.032 0.011 0.006 0.002 67 F 0.073 0.060 0.071 0.118 0.155 0.151 0.144 0.107 0.052 0.032 0.018 0.010 0.006 0.002 68 E 0.261 0.160 0.150 0.134 0.099 0.076 0.045 0.032 0.022 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 69 L 0.077 0.051 0.064 0.109 0.151 0.154 0.142 0.108 0.063 0.037 0.023 0.013 0.006 0.002 70 L 0.049 0.045 0.062 0.102 0.147 0.169 0.166 0.134 0.061 0.027 0.023 0.007 0.005 0.002 71 N 0.201 0.137 0.124 0.144 0.149 0.107 0.064 0.036 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 72 D 0.239 0.164 0.151 0.149 0.112 0.089 0.044 0.026 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 73 F 0.085 0.045 0.062 0.109 0.184 0.176 0.144 0.097 0.046 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 74 K 0.198 0.140 0.169 0.146 0.125 0.095 0.056 0.033 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 75 G 0.270 0.101 0.095 0.119 0.130 0.099 0.077 0.053 0.026 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 76 G 0.222 0.146 0.148 0.145 0.122 0.085 0.059 0.032 0.024 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 77 I 0.197 0.080 0.095 0.123 0.153 0.120 0.089 0.067 0.034 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 78 D 0.261 0.178 0.157 0.142 0.118 0.061 0.039 0.020 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 79 W 0.163 0.100 0.102 0.149 0.173 0.118 0.082 0.060 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 80 E 0.434 0.180 0.151 0.085 0.056 0.038 0.030 0.008 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 81 N 0.438 0.184 0.131 0.090 0.060 0.049 0.029 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 82 K 0.248 0.147 0.136 0.139 0.119 0.098 0.062 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 83 R 0.129 0.115 0.125 0.166 0.181 0.129 0.068 0.039 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 84 V 0.089 0.044 0.044 0.086 0.124 0.147 0.146 0.134 0.073 0.049 0.033 0.020 0.009 0.002 85 K 0.199 0.141 0.158 0.137 0.120 0.100 0.055 0.035 0.030 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 86 L 0.074 0.038 0.050 0.081 0.114 0.122 0.127 0.123 0.102 0.068 0.048 0.033 0.017 0.004 87 K 0.177 0.132 0.149 0.147 0.132 0.095 0.070 0.043 0.030 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001