# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0408 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.053 0.041 0.171 0.136 0.119 0.011 0.100 0.058 0.003 0.002 0.004 0.003 0.008 0.004 0.068 0.010 0.048 0.058 0.044 0.055 0.003 2 K 0.022 0.028 0.071 0.122 0.236 0.011 0.096 0.044 0.002 0.001 0.004 0.004 0.007 0.004 0.032 0.031 0.086 0.056 0.066 0.076 0.003 3 F 0.020 0.029 0.088 0.075 0.164 0.005 0.058 0.030 0.004 0.001 0.005 0.004 0.012 0.010 0.085 0.050 0.070 0.087 0.090 0.108 0.004 4 T 0.023 0.017 0.076 0.077 0.110 0.003 0.028 0.029 0.005 0.001 0.003 0.003 0.006 0.007 0.069 0.033 0.046 0.049 0.182 0.231 0.002 5 K 0.006 0.009 0.043 0.046 0.121 0.005 0.055 0.040 0.005 0.001 0.004 0.004 0.011 0.010 0.058 0.040 0.418 0.030 0.027 0.066 0.002 6 D 0.005 0.008 0.025 0.017 0.037 0.010 0.556 0.090 0.003 0.001 0.003 0.003 0.008 0.008 0.053 0.013 0.039 0.053 0.031 0.036 0.001 7 M 0.017 0.018 0.062 0.038 0.075 0.008 0.060 0.259 0.005 0.001 0.007 0.006 0.014 0.019 0.047 0.037 0.084 0.106 0.070 0.068 0.001 8 T 0.013 0.013 0.023 0.016 0.109 0.006 0.018 0.556 0.004 0.001 0.002 0.003 0.007 0.009 0.038 0.028 0.045 0.023 0.033 0.053 0.001 9 F 0.006 0.010 0.027 0.030 0.017 0.004 0.017 0.525 0.009 0.001 0.003 0.002 0.007 0.005 0.046 0.006 0.253 0.006 0.012 0.013 0.001 10 A 0.003 0.003 0.002 0.003 0.007 0.003 0.017 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 0.001 0.002 0.002 0.001 11 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.857 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.002 0.003 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.040 0.864 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.060 0.004 0.005 0.003 0.001 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.112 0.507 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.321 0.012 0.010 0.008 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.273 0.192 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.437 0.033 0.009 0.015 0.001 16 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.073 0.572 0.221 0.001 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.894 0.013 0.009 0.029 0.001 18 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.017 0.297 0.509 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.065 0.051 0.018 0.031 0.001 19 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.044 0.374 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.463 0.026 0.048 0.021 0.001 20 A 0.001 0.001 0.008 0.006 0.003 0.002 0.023 0.708 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.213 0.005 0.006 0.010 0.001 21 G 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.009 0.022 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.022 0.015 0.004 0.001 22 V 0.003 0.003 0.002 0.003 0.004 0.007 0.014 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.050 0.004 0.004 0.002 0.001 23 L 0.005 0.005 0.003 0.003 0.006 0.010 0.029 0.830 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.054 0.014 0.016 0.003 0.001 24 R 0.004 0.004 0.007 0.010 0.010 0.015 0.074 0.637 0.024 0.007 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.007 0.151 0.007 0.014 0.008 0.001 25 S 0.004 0.006 0.011 0.017 0.019 0.040 0.313 0.133 0.173 0.042 0.003 0.001 0.004 0.010 0.016 0.007 0.130 0.036 0.014 0.019 0.001 26 Y 0.002 0.003 0.006 0.009 0.016 0.008 0.392 0.035 0.018 0.006 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.021 0.151 0.060 0.110 0.141 0.001 27 N 0.002 0.003 0.022 0.021 0.026 0.006 0.059 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.008 0.026 0.064 0.094 0.321 0.135 0.170 0.002 28 L 0.003 0.005 0.018 0.010 0.055 0.008 0.061 0.024 0.007 0.002 0.003 0.003 0.005 0.015 0.036 0.107 0.182 0.057 0.175 0.221 0.003 29 G 0.005 0.007 0.055 0.035 0.031 0.013 0.085 0.041 0.010 0.001 0.006 0.007 0.017 0.043 0.140 0.044 0.119 0.071 0.117 0.150 0.005 30 C 0.009 0.010 0.026 0.024 0.146 0.007 0.058 0.031 0.010 0.002 0.011 0.008 0.014 0.063 0.047 0.170 0.087 0.060 0.140 0.076 0.004 31 I 0.006 0.009 0.068 0.047 0.033 0.009 0.050 0.037 0.006 0.001 0.006 0.008 0.015 0.052 0.268 0.038 0.132 0.029 0.070 0.113 0.004 32 G 0.011 0.013 0.033 0.027 0.137 0.009 0.084 0.038 0.005 0.001 0.009 0.009 0.016 0.036 0.045 0.154 0.107 0.067 0.085 0.110 0.003 33 C 0.007 0.006 0.035 0.040 0.043 0.007 0.032 0.044 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.023 0.132 0.062 0.149 0.037 0.157 0.209 0.002 34 M 0.004 0.006 0.028 0.025 0.078 0.015 0.079 0.096 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.010 0.057 0.052 0.287 0.052 0.081 0.115 0.001 35 G 0.003 0.004 0.026 0.024 0.027 0.021 0.171 0.113 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.011 0.057 0.042 0.181 0.080 0.122 0.100 0.001 36 A 0.003 0.003 0.031 0.021 0.049 0.013 0.175 0.077 0.008 0.002 0.003 0.002 0.004 0.008 0.045 0.022 0.194 0.045 0.098 0.197 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.019 0.026 0.022 0.007 0.168 0.059 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.022 0.259 0.069 0.106 0.213 0.001 38 N 0.001 0.001 0.010 0.006 0.038 0.008 0.209 0.133 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.015 0.028 0.217 0.149 0.079 0.094 0.001 39 E 0.001 0.002 0.058 0.025 0.012 0.012 0.072 0.329 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.042 0.009 0.172 0.054 0.073 0.132 0.001 40 S 0.001 0.001 0.005 0.005 0.058 0.005 0.036 0.492 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034 0.069 0.046 0.092 0.144 0.001 41 L 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.001 0.007 0.368 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.567 0.004 0.006 0.007 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.023 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.002 0.002 0.001 43 Q 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.002 0.002 0.001 0.001 45 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.036 0.866 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.055 0.004 0.008 0.002 0.001 46 N 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.017 0.101 0.612 0.113 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.105 0.006 0.006 0.006 0.001 47 A 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.018 0.415 0.080 0.220 0.046 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.132 0.018 0.016 0.019 0.001 48 H 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.008 0.444 0.027 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.116 0.107 0.089 0.148 0.001 49 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.005 0.079 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.034 0.558 0.118 0.128 0.001 50 L 0.001 0.001 0.024 0.009 0.007 0.003 0.013 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.024 0.128 0.082 0.238 0.424 0.001 51 N 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.001 0.005 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.057 0.017 0.026 0.188 0.641 0.001 52 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.930 0.001 0.005 0.009 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 54 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.786 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.006 0.012 0.004 0.001 60 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.064 0.788 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.017 0.010 0.011 0.001 61 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.012 0.119 0.440 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.286 0.025 0.026 0.024 0.001 62 L 0.002 0.002 0.006 0.006 0.011 0.017 0.228 0.398 0.036 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.005 0.144 0.044 0.040 0.039 0.001 63 A 0.003 0.004 0.018 0.019 0.021 0.009 0.101 0.232 0.020 0.008 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.013 0.214 0.081 0.143 0.090 0.001