# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0408 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.025 0.016 0.322 0.020 0.057 0.061 0.004 0.001 0.038 0.132 0.084 0.155 0.086 2 K 0.033 0.031 0.361 0.005 0.024 0.029 0.011 0.001 0.038 0.081 0.056 0.129 0.200 3 F 0.017 0.077 0.368 0.005 0.021 0.020 0.003 0.002 0.024 0.076 0.044 0.111 0.230 4 T 0.002 0.008 0.818 0.006 0.006 0.008 0.001 0.001 0.009 0.063 0.021 0.026 0.033 5 K 0.001 0.003 0.083 0.018 0.116 0.121 0.001 0.001 0.006 0.142 0.472 0.017 0.021 6 D 0.002 0.007 0.119 0.004 0.106 0.084 0.001 0.001 0.016 0.086 0.552 0.006 0.016 7 M 0.004 0.022 0.539 0.004 0.016 0.053 0.002 0.002 0.015 0.223 0.018 0.081 0.020 8 T 0.009 0.034 0.596 0.003 0.015 0.129 0.005 0.001 0.020 0.054 0.021 0.019 0.094 9 F 0.004 0.004 0.046 0.002 0.041 0.843 0.002 0.002 0.005 0.008 0.013 0.008 0.022 10 A 0.002 0.001 0.009 0.008 0.030 0.926 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.004 0.005 11 Q 0.003 0.001 0.003 0.001 0.033 0.941 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.007 12 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 0.945 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.002 0.005 13 L 0.003 0.001 0.014 0.003 0.035 0.871 0.001 0.001 0.006 0.003 0.055 0.004 0.004 14 Q 0.002 0.002 0.018 0.001 0.065 0.729 0.001 0.001 0.003 0.008 0.166 0.004 0.004 15 T 0.001 0.006 0.062 0.001 0.016 0.648 0.001 0.001 0.002 0.057 0.202 0.001 0.005 16 H 0.001 0.004 0.509 0.001 0.006 0.191 0.001 0.001 0.002 0.244 0.034 0.009 0.001 17 P 0.001 0.002 0.095 0.001 0.041 0.561 0.001 0.001 0.001 0.043 0.255 0.001 0.002 18 G 0.001 0.001 0.045 0.001 0.051 0.498 0.001 0.001 0.001 0.057 0.346 0.001 0.001 19 V 0.001 0.001 0.041 0.001 0.104 0.804 0.001 0.001 0.001 0.024 0.023 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.017 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 21 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.965 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 24 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 0.917 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.002 0.002 25 S 0.002 0.001 0.014 0.001 0.028 0.869 0.001 0.001 0.001 0.007 0.074 0.001 0.003 26 Y 0.001 0.001 0.037 0.001 0.019 0.543 0.001 0.001 0.002 0.046 0.345 0.002 0.002 27 N 0.002 0.004 0.164 0.003 0.015 0.163 0.001 0.001 0.004 0.093 0.543 0.005 0.004 28 L 0.002 0.014 0.338 0.002 0.045 0.167 0.001 0.003 0.011 0.148 0.250 0.004 0.014 29 G 0.003 0.035 0.337 0.012 0.050 0.096 0.003 0.006 0.024 0.173 0.237 0.014 0.012 30 C 0.003 0.022 0.383 0.005 0.131 0.135 0.003 0.007 0.040 0.114 0.115 0.011 0.031 31 I 0.003 0.025 0.203 0.015 0.088 0.122 0.004 0.009 0.047 0.160 0.295 0.014 0.016 32 G 0.003 0.028 0.254 0.008 0.054 0.075 0.003 0.007 0.030 0.283 0.227 0.010 0.019 33 C 0.002 0.020 0.480 0.005 0.057 0.092 0.002 0.004 0.018 0.225 0.056 0.023 0.018 34 M 0.002 0.024 0.222 0.005 0.119 0.217 0.002 0.003 0.023 0.100 0.259 0.006 0.019 35 G 0.002 0.019 0.115 0.006 0.111 0.249 0.001 0.002 0.012 0.097 0.369 0.006 0.011 36 A 0.002 0.018 0.237 0.004 0.098 0.279 0.001 0.002 0.008 0.149 0.171 0.018 0.011 37 Q 0.001 0.014 0.235 0.002 0.064 0.294 0.001 0.001 0.010 0.116 0.245 0.004 0.013 38 N 0.001 0.010 0.151 0.002 0.034 0.555 0.001 0.001 0.003 0.110 0.120 0.007 0.006 39 E 0.001 0.006 0.079 0.001 0.033 0.743 0.001 0.001 0.001 0.075 0.048 0.005 0.007 40 S 0.001 0.006 0.076 0.001 0.051 0.788 0.001 0.001 0.001 0.028 0.040 0.003 0.006 41 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 44 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.002 46 N 0.002 0.001 0.010 0.001 0.043 0.833 0.001 0.001 0.002 0.006 0.094 0.002 0.004 47 A 0.003 0.001 0.036 0.001 0.041 0.813 0.001 0.001 0.002 0.014 0.082 0.003 0.004 48 H 0.001 0.001 0.058 0.004 0.015 0.227 0.001 0.001 0.007 0.075 0.608 0.003 0.001 49 G 0.001 0.003 0.172 0.001 0.004 0.064 0.001 0.001 0.010 0.128 0.611 0.002 0.004 50 L 0.001 0.043 0.746 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.011 0.125 0.010 0.012 0.007 51 N 0.001 0.014 0.876 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 0.014 0.031 0.002 0.004 0.013 52 V 0.001 0.001 0.010 0.001 0.096 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 54 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.865 0.001 0.001 0.001 0.003 0.111 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.022 0.001 0.020 0.879 0.001 0.001 0.001 0.023 0.055 0.001 0.001 60 N 0.001 0.002 0.121 0.001 0.079 0.510 0.001 0.001 0.002 0.060 0.224 0.001 0.001 61 A 0.001 0.005 0.119 0.001 0.119 0.424 0.001 0.001 0.003 0.057 0.271 0.001 0.001 62 L 0.001 0.013 0.278 0.001 0.064 0.286 0.001 0.002 0.010 0.214 0.128 0.002 0.003 63 A 0.001 0.017 0.602 0.001 0.070 0.119 0.001 0.001 0.010 0.133 0.041 0.003 0.003