(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • TR469 GsR195, Geobacter sulfurreducens PCA, 65 residues 
              10             20               30             40        
              |              |                |              |        
   1 QKFTKDMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RS.Y.NL.GCIGCM.....GAQNESLEQGANAH
   2 MQITKDMTIGEIVRNF....PS.SIEIL....MS.F.GM.GCVGCP.....SAQGESLEQAAMVH
   3 MQITKDMTIGEIVRNF....PN.SIEIL....MS.F.GM.GCVGCP.....SAQGESLEQAAMVH
   4 --ITKDMTIGEILRVK....PE.SAQVL....MD.M.GM.GCLGCP.....SAQFETLEQACEVH
   5 MQITKDMGIMDIVNKY....PQ.AVSVF....QA.Y.GM.GCIGCM.....AARFETLEEGANAH
   6 --ITKDWTITDIVEKY....PK.TTEIL....MN.H.GM.HCFGCM.....AARFENIEQGAMAH
   7 -KVTKDMTISEVLKKN....PK.TAEVF....MK.H.GM.QCLGCP.....SAAGETVEQAAMVH
   8 --ITKDMTIGEVIRKM....PT.AAEVL....MS.F.GM.GCVGCP.....SAQAETLEEAAIVH
   9 MKITKDMLIGDIIQIH....PD.AVEIL....FN.F.GL.SCVGCP.....ASQMETLEEATMVH
  10 --ITKEMSITEVVSKY....PQ.TVPVF....ME.H.GM.GCLGCA.....AARFENIEQGALAH
  11 -QITKDTIIGDILDIA....PE.TAPLF....LS.I.GM.HCLGCP.....SSRGETVEQACMVH
  12 -KVTKDMIISDVLNMD....KG.TVPIF....LE.S.GM.HCLGCP.....SSSGESIEDACAIH
  13 --VTKDMTIGEVIQKN....PG.AAEIL....MS.F.GM.GCVCCP.....SALGETIEEAAMVH
  14 --ITKDMTIGEVVKND....SS.KAEVL....MS.F.GM.GCVGCP.....SAQAETIEEAAMVH
  15 -KVTKDMLIGQLITLD....PN.IAPIL....MR.A.GM.HCLGCP.....SSQMESLEEAAMVH
  16 MKITKDMIIADVLQMD....RG.TAPIF....IN.N.GM.HCLGCP.....SSMGESIEDACAVH
  17 -TITKEMTITEVVTKY....PK.TIPIF....YK.H.GM.GCLGCA.....AAQFENIEQGARAH
  18 MKITETMGIGECVAKF....PN.TVPVF....MS.F.GM.SCLGCS.....AARFENIGQGARAH
  19 --ITKDMVIGDLLAID....EN.FAAIL....MA.S.GM.HCVGCP.....SSQGETLEEAAFVH
  20 -TITRDMLIGDLLRMK....PE.AASIL....MG.F.GM.GCLGCP.....SSQMESLEQAAAVH
  21 --ITKDMIIADIVSED....AE.NTKIL....ME.F.GM.HCIGCP.....SSQMETLEDACAVH
  22 -EITKDTVIGDILKIN....PE.SASTL....ME.A.GM.HCLGCP.....ASQMETLEEACSVH
  23 -KITKDMIIKDIININ....MG.CIPIL....LN.E.GM.HCVGCP.....ASQGETLEEACIVH
  24 MKINRDMTIMDVMQLD....RE.VATIF....MK.Y.GL.HCLGXP.....GATMESISDAGNVH
  25 --VTKDTIIGDILDMD....RT.TAPFF....LE.M.GM.HCLGCP.....ASRGESLEQACLVH
  26 -QVTRDTIIGDILDMD....QT.TAPYF....ME.I.GM.HCLGCP.....ASRGETIEEACEVH
  27 --FTKNTTIGELLSVY....PE.CAPIL....ME.I.GM.HCLGCP.....SAQMETLGEAAMVH
  28 -AISKDMIIADLIALD....PN.YAAIL....MA.S.GM.GCVGCP.....SSQGESIEQAAYVH
  29 -KITRDMTMGYIVKEF....PQ.TVEVF....QR.Y.GM.GCLSCP.....TAQLESLEKGAMLH
  30 -KITKDTLIGNALKIN....PN.SASIL....MS.F.GM.GCLGCP.....SSQMETIEQAAAVH
  31 --ITKDLTIGEIIRIK....EN.APQIL....MS.F.GM.GCVGCP.....SAQAETIEDAVKVH
  32 --ITTDTIIADVLRID....RG.TIPIF....LN.N.GL.HCLGCP.....SAQGESIEEACALH
  33 --ITKDMVIQEIVTKY....PQ.TLPVF....GQ.F.NM.GCLGCS.....GALFETLEQGALAH
  34 --ITKDMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LE.L.GM.HCLGCP.....SSTMESIEGAALTH
  35 MKIKKEMLIGQILSEK....PE.SIGTL....MS.F.GM.GCIMCP.....SSQMETLEEAAMVH
  36 --ITKDMTIGEVVSAD....QS.KAQVL....MS.F.GM.GCVGCP.....SAQAETIAEAATVH
  37 --ITKDMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LE.L.GM.HCLGCP.....SSTMESIEGAALTH
  38 --FSKDTKIGELIDQF....PE.SAPIL....ME.I.GM.HCLGCP.....ASQMETLEEAAMVH
  39 -QISKTMTISEILSVD....KV.VIPVL....MN.S.GM.HCLGCP.....SAQGETLEEACMHH
  40 -KITKDMTFFAVMQAY....PQ.SLDVL....RK.H.RL.GCVGCM.....GAQNESLEQGANAH
  41 -KITKDMKFSEILNYG....QP.VVQVF....MK.Y.QM.GCLGCA.....VAKFETLEQGANAH
  42 -KITKDSIIGQVIRDN....PR.TIAVF....RA.H.GM.GCLGCP.....SASGESVEKAAGIH
  43 -KFTKDMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RS.Y.NL.GCIGCM.....GAQNESLEQGANAH
  44 -QVSRDTTIGEALSMN....PG.IAPIL....QE.I.GM.HCLGCP.....ASQGESLAEAAMVH
  45 --ITKDMIIGDIIRKH....PR.TLTVF....VK.Y.GL.DCNECQ.....IADYEELEHGAGVH
  46 -KVTEDMTIAEVLKMD....RE.VAGIF....MK.Y.GL.HCLGCP.....GATMESISDAGNVH
  47 --ITKDMIIGDIIRQH....PA.TVQVF....AR.H.GL.ECYECQ.....IADLETLEHGAGHH
  48 --ITKTMRIGDIIRTY....PQ.SLKIF....EK.Y.GL.DCYECQ.....VADYEELEHGAGVH
  49 --ISKEMTIGEIIRRY....PQ.TLPVF....EK.Y.GL.DCHDCQ.....IADFEAVEHGASVH
  50 -QITKDLSIMDVLRAY....PQ.VRPVF....IR.H.GM.GCLECM.....GAMDETIASGARMH
  51 -KYTKDSLVGEVLDND....ES.LARYF....LE.M.GM.HCLGCP.....SSRGETIEQACEVH
  52 MKITKDMIIADIIAID....QN.LIPIL....LD.T.GM.HCIGCP.....SAQGESLEEACMVH
  53 -KISKDMLINDILAVD....AG.NAAIL....MA.A.GM.HCIGCL.....AAAGETLEEAAAVH
  54 -KISKDMLINDILAID....AG.NAAIL....MA.A.GM.HCIGCL.....AAAGESLEEAAAVH
  55 MKITKDMTIGEIVRNH....EG.AAEVL....MS.F.GM.GCVGCP.....SAQSETLAEAAMVH
  56 -------KITDVVEKY....PQ.SVEVF....QK.Y.GM.HCFGCM.....AARFENVEQGAMAH
  57 --ITKEMTMGELLSID....RG.VAVVL....MN.A.GM.HCIGCP.....SSIGESLEEACMVH
  58 --ITRDMIIADIIRKY....PE.TLPVF....KK.H.RL.ECYECQ.....ISDLETLEHGAEVH
  59 MKISKDMTIGEVVRNH....PE.CVEVL....FN.F.GL.GCVGCP.....SAQAETIEEACSVH
  60 -KITKDMTFLEMLRTY....PE.TAKVL....KK.Y.NL.ACAGCM.....GAQSEPIDLGAINH
  61 -QVTKDMTFAAVMRMH....PD.VVKVL....AK.Y.NL.GCIGCM.....GAQNESLEQGCAAH
  62 -QVTKDMTFAAVMRMH....PD.VVKVL....AK.Y.NL.GCIGCM.....GAQNESLEQGCAAH
  63 -KVTKDMNIMEAVEKY....PI.IAQVL....MR.Y.GL.GCVGCI.....ISSAETLGEGIAVH
  64 -QITKDMTFGELLSKYystcPK.LVDDL....ME.A.GM.GCIGCP.....HSQMESIEEGAMGH
  65 --ITKDMTVGEIIRIK....EN.AAEIL....MS.F.GM.GCIGCP.....SAQSESLEDAANVH
  66 -KINKDTTVGEVIRMN....PA.NAQKL....MN.F.GM.GCVGCP.....SAQSETLREASLVH
  67 --ITLDSTIADLLREK....PE.SAATL....QS.F.GM.GCLGCA.....IANNETIREAAMVH
  68 -QFTKDMTFAQALQAN....PE.VAKVL....RK.Y.NL.GCIGCM.....GAQNESLEQGCSAH
  69 --LTADSTIAELLREK....PE.SAQVL....FR.F.GM.GCLGCA.....IANNETIREAAQAH
  70 ---TGDMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QR.N.GL.GCVGCM.....IASGETLAEGIEAH
  71 -TITKDSIIGDILDAY....GEvTAPFF....LE.M.GM.HCLGCP.....ASRGETVAQACDVH
  72 ---TGDMNIMEAVEKY....PI.IVEVL....QR.N.GL.GCVGCM.....IASGETLAEGIEAH
  73 --LTADSTIYDLLQAK....PE.ATEAL....FK.F.GM.GCVGCA.....IARGETIREAAEAH
  74 ---TGDMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QR.N.GL.GCVGCM.....IASGETLAEGIEAH
  75 -KFHRDMLVGSIIGMD....PQ.AAQIL....SD.S.GM.GCLGCP.....ASQSETLADACLVH
  76 --LSKDSTILEVLQEK....PD.AGAIF....AR.F.GM.GCVGCA.....ISRGETVAEAAAAH
  77 -QVTKDMTFAQVMRMH....QD.AVKVL....AK.Y.NL.GCVGCM.....GAQNESLEQGCGAH
  78 -KFTLEMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QE.L.GL.HCLGCP.....FSVNETLLNAAQMH
  79 -KFTLEMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QE.L.GL.HCLGCP.....FSVNETLLNAAQMH
  80 -------TISEILRRY....PE.TLPVF....ER.H.HL.DCYDCQ.....LADFEQLEHGATVH
  81 -------TISEILRRY....PE.TLPVF....ER.H.HL.DCYDCQ.....LADFEQLEHGATVH
  82 -KITKKTSIGDVIQNY....PE.TESVV....KKyF.GA.GCYTCP.....GSKTEDIAFGATMH
  83 --VTKEMTMGELLQTYyeqcPE.IVDVL....TG.L.GM.HCIGCP.....SSIGESLADAAYVH
  84 --ITKKMSTGEVTKKY....PA.TKEVF....AK.YfGK.GCFDCP.....SFGTEDINLACMMH
  85 ---GSDDLVDDIMRTA....PH.TIRVF....LA.F.RL.ACVGCP.....IATFHTVEDACREH
  86 --LHDDMTMDAIMREW....PA.TIRVV....LD.H.GL.LCVGCP.....IAPFHTIIDAAREH
  87 -KLDSKMTVGELVTRH....PS.VMEVF....IK.R.RM.PCVGCP.....TERFHTIEDIARIN
  88 ---DAATLVDDLMRQR....PQ.TIGVF....LR.R.RL.YCVGCP.....VGHFHTIEEAAREH
  89 -EISRSMTIEDILGMF....PY.KAQKLsqeiTN.A.GL.HCVGCH.....AAVWETLEAGMMTH
  90 ----KTTKMAAVLKGH....PK.AKEVL....ES.F.GL.QCSTCS.....GAKHESIELGATNH
  91 -EINKNTVIKDLIEAH....PE.TLAVF....KK.Y.NL.VIAGGV.....RGPNEPIAFFAKAH
  92 -----DLPLARLFQTW....PA.SAGVF....LE.R.RM.LCPGCP.....IAPFHTVIEACAEY
  93 --FYKEMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SS.Y.HLgGCSHCS.....INELETIEQVCMGY
  94 --FFKEMTVGEAIAIH....PE.AGLVF....SS.Y.HLgGCSHCS.....INEVETIEQVCMGY
  95 --FYKEMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SS.Y.HLgGCSHCS.....INELETIEQVCMGY
  96 --VDKDTKVFDIVDQY....PE.TLQIF....LD.Y.GF.SQMANPvirntMGRVATIDMAAKMH
  97 -----DLPLARLLQTW....PA.SAGVF....LE.R.RM.LCPGCP.....IAPFHTVIEACAEY
  98 -------SVSQLMEAY....PG.LEEAL....AK.R.GI.ECASCL.....ASQVDTLGDVVRMY
  99 --ITKEMSIIEVVQKY....PE.TVEVF....RK.Y.GM.GCF---.....--------------


         50        60   
         |         |   
   1 G...LNVEDILRDLNALA
   2 G...MDIEKLLEALNK--
   3 G...MDIEKLLEALNK--
   4 G...QDVEDILAKLN---
   5 G...INVDDLVDDLNE--
   6 G...INVDELMKELND--
   7 G...ADADKLLEELNKV-
   8 G...INLDDLIEAINN--
   9 G...LNLDLLLDVLNE--
  10 G...IDVDGLIADLNKV-
  11 G...VDVDALLAELNK--
  12 G...IDADQLIDNLNKY-
  13 G...IDADEIIKSLN---
  14 G...INLDELIEALN---
  15 G...MDADVLVQQINDF-
  16 G...IDADKLVKELNEY-
  17 G...INIDELIADLNKV-
  18 G...IDVDKLIEELNKV-
  19 G...MNVNELLGRLNEY-
  20 G...INIEQLLEKLN---
  21 G...LNVEELIKKLN---
  22 G...IDVEELLNKLN---
  23 G...LDADVLAKKLNDF-
  24 G...IDVDKLVDDLNKF-
  25 N...VDPDELVEKLNE--
  26 G...VNCDELLEKLN---
  27 G...IDADLLVEKIN---
  28 G...MDLDELLGRLNEY-
  29 G...LDVQELLEELNK--
  30 G...IDAEALLEKLN---
  31 G...INLEELLEQLN---
  32 G...IDAQKLVDELNEY-
  33 G...IDVDAMLKALNDL-
  34 G...KKPDELVEKLNK--
  35 G...IDPNTIVAALNE--
  36 G...LNLDDLLEALN---
  37 G...KKPDELVEKLNK--
  38 G...IDCGLLVEKIN---
  39 G...LNADELETQIND--
  40 G...IDVNALLKDLND--
  41 G...VDVDALLKDLN---
  42 G...IDLEELLSELN---
  43 G...LNVEDILRDLNA--
  44 G...IDAELLVEKINA--
  45 K...VNIEQLLSELNE--
  46 G...IDVSLLIADLNK--
  47 K...LDIEALLEELNR--
  48 K...TDLEKLLKELNEL-
  49 K...VDIGRLMEDLNR--
  50 G...LDLDQLLKDLNE--
  51 G...ADCARLLEQLN---
  52 G...IDVDELVAKLNAF-
  53 G...LDAAELEVEINDY-
  54 G...LDAVELEQEINDY-
  55 G...MELDALLEALN---
  56 G...IDVPSLIKDLNK--
  57 G...IEVDELLKNINEY-
  58 R...VGIDGLLEELN---
  59 G...MDVNELVEALNK--
  60 G...LDPEQLLADLN---
  61 G...ISVDEIVADINKL-
  62 G...INVDEIVADINKL-
  63 G...LNPDIIIEEVN---
  64 G...IDPDLLVAKLN---
  65 G...LNLDDLLKAL----
  66 G...IDLDRLIKALS---
  67 G...IPLEELAKKL----
  68 G...LDVNEVLKDLNAI-
  69 G...IPLEEMLSAL----
  70 G...LDTKAILDEINS--
  71 G...VDADELVKKLNE--
  72 G...LDAKAILDEINS--
  73 G...IPLAELLNAL----
  74 G...LDTKAILAEINS--
  75 G...LDVEEILKQLN---
  76 G...IPLEELMSAL----
  77 G...LNVDDVVRDLNA--
  78 K...LDPEKLLEAVNS--
  79 K...LDPEKLLEAVNS--
  80 K...IDVESLLCELN---
  81 K...IDVESLLCELN---
  82 N...VDPEVIIKELNEI-
  83 G...IDSDLLVEKLN---
  84 N...TDVDKFVQELNE--
  85 G...IDRDKFLAAL----
  86 D...LDPASLARDL----
  87 G...IVLEHLLKDL----
  88 G...LEPKALLAEL----
  89 GktdAQIDELVRRLNA--
  90 G...LDVNELLTHLNA--
  91 E...VDYDTLVRELNE--
  92 G...LDEGEVRR------
  93 G...VEVDVLIESLNN--
  94 G...VEVDTLIDSLNN--
  95 G...VEVDVLVESLNN--
  96 N...VDREKFIQSLND--
  97 G...LDEGEVRR------
  98 N...IDAAGLLQEV----
  99 -...--------------