# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0408 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.010 0.021 0.001 0.071 0.125 0.137 0.112 0.001 0.001 0.049 0.473 2 K 0.016 0.061 0.003 0.075 0.084 0.141 0.084 0.003 0.001 0.075 0.457 3 F 0.038 0.037 0.004 0.048 0.084 0.098 0.128 0.007 0.001 0.087 0.470 4 T 0.201 0.065 0.004 0.054 0.039 0.043 0.057 0.006 0.001 0.242 0.288 5 K 0.034 0.164 0.001 0.058 0.024 0.035 0.089 0.004 0.001 0.062 0.527 6 D 0.015 0.270 0.002 0.022 0.012 0.023 0.094 0.003 0.001 0.101 0.457 7 M 0.014 0.505 0.004 0.030 0.027 0.033 0.054 0.004 0.001 0.125 0.204 8 T 0.007 0.925 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.002 0.001 0.024 0.027 9 F 0.015 0.938 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.013 0.018 10 A 0.067 0.650 0.010 0.004 0.011 0.021 0.016 0.007 0.003 0.144 0.067 11 Q 0.092 0.304 0.022 0.014 0.016 0.042 0.034 0.008 0.008 0.312 0.147 12 A 0.122 0.162 0.027 0.016 0.019 0.030 0.065 0.026 0.010 0.257 0.264 13 L 0.288 0.058 0.018 0.014 0.024 0.020 0.091 0.009 0.004 0.124 0.351 14 Q 0.004 0.010 0.004 0.005 0.014 0.028 0.117 0.001 0.001 0.042 0.773 15 T 0.024 0.046 0.002 0.006 0.004 0.008 0.085 0.002 0.001 0.023 0.799 16 H 0.418 0.175 0.004 0.006 0.005 0.004 0.065 0.017 0.002 0.048 0.256 17 P 0.047 0.169 0.003 0.005 0.003 0.004 0.090 0.004 0.001 0.051 0.624 18 G 0.031 0.458 0.001 0.014 0.003 0.008 0.034 0.002 0.001 0.034 0.415 19 V 0.009 0.870 0.001 0.003 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.011 0.090 20 A 0.009 0.741 0.001 0.008 0.005 0.009 0.018 0.002 0.001 0.113 0.093 21 G 0.022 0.568 0.004 0.008 0.012 0.034 0.015 0.002 0.001 0.262 0.072 22 V 0.048 0.362 0.012 0.030 0.017 0.022 0.034 0.008 0.003 0.333 0.131 23 L 0.104 0.086 0.102 0.034 0.033 0.031 0.034 0.031 0.019 0.419 0.108 24 R 0.423 0.068 0.012 0.019 0.012 0.022 0.057 0.012 0.006 0.067 0.301 25 S 0.049 0.025 0.007 0.013 0.004 0.008 0.073 0.004 0.002 0.040 0.775 26 Y 0.026 0.026 0.005 0.021 0.008 0.015 0.140 0.003 0.001 0.027 0.728 27 N 0.098 0.051 0.004 0.047 0.012 0.021 0.157 0.006 0.002 0.052 0.551 28 L 0.030 0.012 0.003 0.057 0.011 0.013 0.143 0.003 0.001 0.044 0.682 29 G 0.077 0.028 0.002 0.268 0.020 0.035 0.106 0.006 0.001 0.068 0.388 30 C 0.097 0.020 0.002 0.126 0.009 0.018 0.112 0.005 0.001 0.074 0.537 31 I 0.010 0.010 0.001 0.250 0.019 0.032 0.168 0.001 0.001 0.051 0.457 32 G 0.031 0.054 0.002 0.080 0.016 0.037 0.124 0.004 0.001 0.045 0.606 33 C 0.195 0.105 0.003 0.048 0.023 0.027 0.117 0.014 0.002 0.100 0.367 34 M 0.095 0.137 0.006 0.028 0.012 0.020 0.126 0.013 0.003 0.127 0.433 35 G 0.122 0.185 0.004 0.030 0.009 0.025 0.101 0.012 0.002 0.068 0.442 36 A 0.070 0.131 0.004 0.024 0.007 0.013 0.098 0.009 0.001 0.194 0.450 37 Q 0.020 0.408 0.002 0.013 0.006 0.011 0.073 0.006 0.001 0.121 0.339 38 N 0.017 0.809 0.001 0.002 0.002 0.002 0.015 0.003 0.001 0.056 0.093 39 E 0.010 0.727 0.002 0.004 0.002 0.003 0.018 0.005 0.001 0.170 0.059 40 S 0.007 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.097 0.025 41 L 0.013 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.014 0.009 42 E 0.020 0.301 0.010 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.002 0.622 0.028 43 Q 0.061 0.757 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 0.007 0.060 0.076 44 G 0.081 0.420 0.043 0.003 0.002 0.003 0.049 0.037 0.018 0.198 0.148 45 A 0.126 0.055 0.230 0.007 0.003 0.007 0.054 0.066 0.121 0.142 0.189 46 N 0.366 0.035 0.007 0.005 0.005 0.005 0.063 0.004 0.004 0.029 0.476 47 A 0.034 0.007 0.004 0.006 0.001 0.002 0.052 0.004 0.001 0.022 0.868 48 H 0.062 0.031 0.001 0.029 0.005 0.007 0.200 0.004 0.001 0.023 0.635 49 G 0.019 0.012 0.001 0.020 0.002 0.003 0.116 0.001 0.001 0.027 0.800 50 L 0.001 0.008 0.001 0.021 0.008 0.011 0.195 0.001 0.001 0.008 0.748 51 N 0.071 0.870 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.011 0.038 52 V 0.030 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.007 53 E 0.003 0.849 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.106 0.029 54 D 0.009 0.894 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.075 0.012 55 I 0.008 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.051 0.012 56 L 0.016 0.524 0.065 0.001 0.004 0.003 0.003 0.008 0.002 0.360 0.014 57 R 0.044 0.759 0.012 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 0.006 0.074 0.085 58 D 0.107 0.607 0.018 0.001 0.001 0.002 0.027 0.032 0.009 0.041 0.156 59 L 0.231 0.198 0.096 0.002 0.001 0.002 0.045 0.087 0.097 0.059 0.183 60 N 0.243 0.047 0.016 0.001 0.001 0.002 0.062 0.004 0.008 0.033 0.582 61 A 0.034 0.013 0.002 0.003 0.001 0.002 0.059 0.002 0.001 0.012 0.873 62 L 0.067 0.019 0.004 0.011 0.003 0.005 0.164 0.003 0.001 0.037 0.685 63 A 0.041 0.013 0.002 0.016 0.003 0.008 0.135 0.003 0.002 0.026 0.750