# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0408 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.024 0.018 0.030 0.061 0.088 0.134 0.052 0.592 2 K 0.011 0.042 0.038 0.085 0.110 0.108 0.035 0.571 3 F 0.020 0.076 0.036 0.038 0.041 0.084 0.069 0.635 4 T 0.189 0.299 0.008 0.006 0.006 0.026 0.372 0.093 5 K 0.022 0.660 0.010 0.004 0.005 0.032 0.078 0.190 6 D 0.009 0.782 0.014 0.004 0.007 0.016 0.031 0.137 7 M 0.004 0.909 0.008 0.004 0.006 0.008 0.009 0.052 8 T 0.003 0.971 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.013 9 F 0.004 0.971 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.011 10 A 0.014 0.916 0.005 0.001 0.002 0.005 0.040 0.017 11 Q 0.057 0.314 0.045 0.005 0.006 0.025 0.504 0.043 12 A 0.173 0.254 0.090 0.010 0.018 0.043 0.262 0.150 13 L 0.401 0.081 0.035 0.012 0.014 0.054 0.087 0.316 14 Q 0.012 0.015 0.016 0.006 0.010 0.128 0.033 0.780 15 T 0.005 0.029 0.006 0.002 0.003 0.108 0.015 0.832 16 H 0.245 0.473 0.003 0.003 0.002 0.022 0.136 0.116 17 P 0.043 0.433 0.004 0.002 0.003 0.066 0.032 0.417 18 G 0.019 0.625 0.010 0.004 0.007 0.030 0.058 0.246 19 V 0.006 0.951 0.002 0.001 0.003 0.005 0.005 0.028 20 A 0.021 0.846 0.012 0.006 0.009 0.012 0.044 0.051 21 G 0.022 0.346 0.025 0.012 0.016 0.014 0.521 0.046 22 V 0.056 0.430 0.068 0.020 0.028 0.036 0.261 0.101 23 L 0.111 0.086 0.254 0.024 0.024 0.034 0.359 0.108 24 R 0.283 0.065 0.056 0.036 0.049 0.072 0.058 0.381 25 S 0.057 0.011 0.017 0.008 0.016 0.087 0.029 0.775 26 Y 0.030 0.019 0.031 0.022 0.021 0.205 0.028 0.645 27 N 0.071 0.044 0.025 0.012 0.027 0.140 0.059 0.622 28 L 0.065 0.021 0.039 0.020 0.023 0.128 0.056 0.648 29 G 0.075 0.037 0.107 0.043 0.078 0.117 0.051 0.491 30 C 0.137 0.030 0.067 0.017 0.033 0.121 0.069 0.526 31 I 0.031 0.020 0.142 0.031 0.050 0.151 0.056 0.520 32 G 0.033 0.067 0.066 0.026 0.058 0.116 0.037 0.597 33 C 0.174 0.125 0.048 0.020 0.024 0.112 0.121 0.375 34 M 0.093 0.127 0.068 0.023 0.030 0.120 0.135 0.403 35 G 0.133 0.180 0.028 0.009 0.019 0.096 0.111 0.423 36 A 0.066 0.101 0.057 0.012 0.015 0.104 0.371 0.274 37 Q 0.029 0.446 0.025 0.007 0.014 0.068 0.088 0.323 38 N 0.037 0.781 0.005 0.003 0.004 0.021 0.020 0.129 39 E 0.015 0.735 0.016 0.006 0.006 0.030 0.077 0.115 40 S 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.016 41 L 0.024 0.880 0.003 0.001 0.001 0.005 0.069 0.017 42 E 0.028 0.427 0.020 0.002 0.002 0.016 0.468 0.036 43 Q 0.029 0.847 0.007 0.001 0.003 0.013 0.050 0.050 44 G 0.094 0.457 0.101 0.007 0.010 0.030 0.173 0.128 45 A 0.099 0.076 0.209 0.017 0.018 0.092 0.252 0.236 46 N 0.360 0.038 0.023 0.007 0.013 0.077 0.046 0.435 47 A 0.095 0.008 0.029 0.006 0.011 0.109 0.070 0.674 48 H 0.010 0.005 0.019 0.007 0.006 0.211 0.015 0.726 49 G 0.017 0.015 0.028 0.008 0.018 0.130 0.023 0.761 50 L 0.004 0.016 0.023 0.012 0.010 0.170 0.027 0.737 51 N 0.069 0.681 0.005 0.001 0.001 0.019 0.174 0.049 52 V 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 53 E 0.014 0.942 0.002 0.001 0.001 0.004 0.018 0.020 54 D 0.008 0.879 0.001 0.001 0.001 0.004 0.094 0.013 55 I 0.008 0.939 0.002 0.001 0.001 0.002 0.040 0.007 56 L 0.056 0.615 0.023 0.001 0.001 0.005 0.283 0.016 57 R 0.061 0.795 0.005 0.001 0.001 0.014 0.033 0.091 58 D 0.035 0.689 0.014 0.001 0.002 0.022 0.027 0.211 59 L 0.131 0.320 0.087 0.003 0.003 0.059 0.211 0.187 60 N 0.295 0.081 0.011 0.002 0.003 0.085 0.063 0.460 61 A 0.051 0.014 0.004 0.001 0.001 0.054 0.016 0.859 62 L 0.040 0.012 0.027 0.002 0.003 0.137 0.063 0.715 63 A 0.038 0.010 0.037 0.004 0.007 0.173 0.061 0.670