# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0408 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.573 0.116 0.075 0.087 0.053 0.030 0.034 0.018 0.008 0.004 0.002 2 K 0.154 0.178 0.108 0.215 0.138 0.074 0.073 0.032 0.016 0.008 0.004 3 F 0.016 0.012 0.013 0.017 0.028 0.046 0.115 0.118 0.217 0.219 0.199 4 T 0.098 0.224 0.169 0.256 0.136 0.053 0.031 0.017 0.009 0.005 0.002 5 K 0.041 0.083 0.156 0.193 0.150 0.117 0.112 0.075 0.040 0.024 0.010 6 D 0.127 0.131 0.092 0.196 0.142 0.114 0.097 0.054 0.025 0.014 0.007 7 M 0.038 0.019 0.024 0.045 0.056 0.097 0.181 0.176 0.163 0.124 0.077 8 T 0.064 0.141 0.107 0.225 0.187 0.093 0.086 0.052 0.025 0.014 0.007 9 F 0.003 0.005 0.011 0.017 0.032 0.042 0.121 0.153 0.230 0.217 0.169 10 A 0.060 0.046 0.086 0.164 0.181 0.157 0.159 0.073 0.042 0.021 0.010 11 Q 0.054 0.078 0.220 0.266 0.150 0.086 0.085 0.035 0.015 0.007 0.003 12 A 0.002 0.003 0.009 0.013 0.022 0.050 0.100 0.111 0.227 0.256 0.207 13 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.040 0.111 0.103 0.247 0.287 0.187 14 Q 0.017 0.059 0.361 0.260 0.154 0.068 0.041 0.019 0.011 0.006 0.003 15 T 0.025 0.052 0.143 0.138 0.135 0.183 0.174 0.078 0.038 0.023 0.010 16 H 0.024 0.042 0.023 0.052 0.057 0.105 0.201 0.164 0.150 0.115 0.067 17 P 0.419 0.130 0.052 0.105 0.080 0.058 0.071 0.043 0.021 0.012 0.007 18 G 0.323 0.194 0.124 0.169 0.088 0.044 0.029 0.015 0.007 0.004 0.003 19 V 0.037 0.059 0.034 0.064 0.079 0.090 0.161 0.136 0.143 0.119 0.079 20 A 0.030 0.033 0.019 0.071 0.110 0.166 0.221 0.146 0.104 0.067 0.034 21 G 0.155 0.156 0.259 0.232 0.097 0.047 0.029 0.014 0.007 0.004 0.002 22 V 0.011 0.011 0.022 0.052 0.080 0.136 0.216 0.151 0.144 0.100 0.076 23 L 0.002 0.003 0.005 0.011 0.016 0.018 0.048 0.089 0.201 0.269 0.336 24 R 0.016 0.030 0.075 0.134 0.173 0.171 0.192 0.093 0.063 0.038 0.015 25 S 0.045 0.119 0.310 0.252 0.123 0.065 0.040 0.021 0.012 0.008 0.005 26 Y 0.030 0.022 0.023 0.051 0.068 0.126 0.227 0.177 0.133 0.094 0.050 27 N 0.235 0.183 0.058 0.141 0.081 0.066 0.086 0.058 0.046 0.029 0.016 28 L 0.024 0.017 0.021 0.039 0.050 0.074 0.121 0.137 0.184 0.159 0.175 29 G 0.172 0.159 0.098 0.168 0.136 0.079 0.081 0.048 0.031 0.017 0.011 30 C 0.020 0.022 0.024 0.045 0.055 0.063 0.124 0.140 0.190 0.160 0.157 31 I 0.039 0.037 0.026 0.080 0.105 0.099 0.140 0.164 0.131 0.101 0.077 32 G 0.144 0.129 0.067 0.157 0.106 0.093 0.114 0.070 0.064 0.038 0.019 33 C 0.026 0.018 0.019 0.051 0.076 0.071 0.132 0.177 0.164 0.131 0.135 34 M 0.108 0.094 0.058 0.126 0.113 0.090 0.122 0.101 0.088 0.064 0.036 35 G 0.104 0.085 0.066 0.157 0.131 0.100 0.139 0.083 0.070 0.040 0.026 36 A 0.055 0.047 0.038 0.077 0.089 0.089 0.136 0.133 0.134 0.112 0.089 37 Q 0.111 0.149 0.083 0.195 0.144 0.086 0.098 0.057 0.041 0.023 0.011 38 N 0.097 0.065 0.065 0.117 0.112 0.120 0.156 0.098 0.079 0.057 0.033 39 E 0.051 0.042 0.057 0.113 0.121 0.153 0.181 0.113 0.085 0.053 0.031 40 S 0.061 0.158 0.095 0.176 0.134 0.086 0.117 0.073 0.051 0.032 0.017 41 L 0.003 0.004 0.007 0.014 0.030 0.050 0.115 0.134 0.226 0.215 0.201 42 E 0.144 0.095 0.140 0.204 0.143 0.095 0.087 0.043 0.026 0.016 0.006 43 Q 0.016 0.035 0.113 0.186 0.151 0.161 0.178 0.084 0.044 0.022 0.010 44 G 0.003 0.005 0.010 0.016 0.027 0.041 0.089 0.120 0.215 0.221 0.253 45 A 0.001 0.001 0.004 0.008 0.017 0.031 0.083 0.121 0.226 0.263 0.245 46 N 0.014 0.045 0.204 0.226 0.199 0.119 0.096 0.047 0.030 0.015 0.008 47 A 0.010 0.021 0.058 0.072 0.103 0.113 0.174 0.146 0.117 0.104 0.081 48 H 0.015 0.018 0.013 0.034 0.050 0.102 0.188 0.162 0.189 0.140 0.090 49 G 0.363 0.192 0.056 0.142 0.084 0.048 0.059 0.027 0.016 0.009 0.005 50 L 0.062 0.014 0.022 0.039 0.067 0.084 0.145 0.131 0.151 0.138 0.148 51 N 0.040 0.580 0.070 0.135 0.076 0.041 0.030 0.013 0.008 0.005 0.002 52 V 0.004 0.013 0.006 0.030 0.066 0.152 0.246 0.165 0.166 0.091 0.061 53 E 0.920 0.034 0.021 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.066 0.078 0.188 0.357 0.163 0.075 0.055 0.013 0.004 0.002 0.001 55 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.014 0.032 0.050 0.225 0.342 0.328 56 L 0.001 0.002 0.006 0.024 0.075 0.164 0.374 0.172 0.101 0.066 0.015 57 R 0.001 0.009 0.925 0.054 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.011 0.025 0.209 0.223 0.221 0.142 0.123 0.039 0.005 0.002 0.001 59 L 0.002 0.002 0.005 0.003 0.005 0.012 0.049 0.118 0.239 0.308 0.258 60 N 0.053 0.046 0.112 0.141 0.188 0.139 0.179 0.086 0.033 0.016 0.007 61 A 0.052 0.074 0.721 0.109 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 62 L 0.075 0.058 0.089 0.081 0.113 0.131 0.262 0.113 0.047 0.021 0.011 63 A 0.339 0.156 0.062 0.090 0.065 0.057 0.094 0.065 0.041 0.022 0.009