# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0408 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.046 0.019 0.002 0.040 0.076 0.104 0.041 0.002 0.001 0.003 0.665 2 K 0.086 0.020 0.002 0.040 0.082 0.135 0.057 0.002 0.001 0.004 0.571 3 F 0.084 0.036 0.007 0.083 0.131 0.220 0.050 0.001 0.001 0.004 0.384 4 T 0.036 0.040 0.003 0.047 0.177 0.266 0.114 0.003 0.001 0.008 0.306 5 K 0.023 0.021 0.008 0.028 0.017 0.044 0.039 0.001 0.001 0.003 0.817 6 D 0.015 0.025 0.001 0.016 0.014 0.030 0.414 0.002 0.001 0.006 0.476 7 M 0.463 0.018 0.009 0.016 0.014 0.022 0.181 0.002 0.001 0.029 0.246 8 T 0.054 0.191 0.005 0.022 0.022 0.030 0.232 0.001 0.001 0.005 0.439 9 F 0.025 0.194 0.030 0.036 0.046 0.085 0.125 0.001 0.001 0.004 0.453 10 A 0.014 0.370 0.002 0.023 0.025 0.058 0.097 0.001 0.001 0.002 0.409 11 Q 0.020 0.628 0.002 0.007 0.017 0.019 0.113 0.002 0.001 0.001 0.192 12 A 0.039 0.862 0.001 0.002 0.007 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.074 13 L 0.008 0.963 0.001 0.001 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 14 Q 0.057 0.873 0.004 0.002 0.007 0.008 0.008 0.009 0.001 0.001 0.033 15 T 0.071 0.823 0.023 0.002 0.007 0.011 0.004 0.016 0.001 0.002 0.042 16 H 0.229 0.462 0.024 0.004 0.008 0.012 0.026 0.060 0.001 0.001 0.173 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 G 0.011 0.025 0.005 0.005 0.007 0.019 0.153 0.003 0.001 0.003 0.769 19 V 0.471 0.041 0.019 0.006 0.002 0.005 0.074 0.003 0.001 0.004 0.375 20 A 0.081 0.311 0.008 0.018 0.018 0.027 0.060 0.001 0.001 0.002 0.474 21 G 0.052 0.274 0.006 0.020 0.032 0.030 0.096 0.001 0.001 0.003 0.485 22 V 0.061 0.645 0.002 0.016 0.032 0.022 0.038 0.001 0.001 0.001 0.182 23 L 0.041 0.790 0.001 0.015 0.032 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 0.073 24 R 0.020 0.863 0.001 0.010 0.016 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 0.051 25 S 0.052 0.807 0.003 0.006 0.010 0.020 0.015 0.015 0.001 0.001 0.070 26 Y 0.192 0.624 0.007 0.009 0.009 0.013 0.007 0.059 0.001 0.003 0.078 27 N 0.381 0.203 0.019 0.012 0.013 0.017 0.035 0.122 0.001 0.006 0.191 28 L 0.064 0.062 0.700 0.019 0.008 0.013 0.018 0.006 0.001 0.003 0.107 29 G 0.035 0.030 0.019 0.093 0.064 0.053 0.235 0.011 0.001 0.007 0.453 30 C 0.123 0.019 0.060 0.075 0.019 0.034 0.130 0.005 0.001 0.020 0.516 31 I 0.043 0.075 0.006 0.216 0.059 0.059 0.131 0.001 0.001 0.004 0.405 32 G 0.044 0.017 0.006 0.098 0.022 0.037 0.222 0.003 0.001 0.013 0.538 33 C 0.155 0.069 0.009 0.196 0.032 0.052 0.113 0.002 0.001 0.009 0.363 34 M 0.026 0.040 0.003 0.061 0.021 0.041 0.059 0.002 0.001 0.003 0.743 35 G 0.046 0.048 0.002 0.046 0.020 0.046 0.123 0.003 0.001 0.007 0.659 36 A 0.139 0.174 0.006 0.035 0.023 0.034 0.125 0.004 0.001 0.007 0.452 37 Q 0.185 0.176 0.004 0.025 0.012 0.030 0.136 0.011 0.001 0.005 0.416 38 N 0.178 0.265 0.012 0.028 0.015 0.039 0.067 0.007 0.001 0.007 0.381 39 E 0.105 0.225 0.018 0.016 0.015 0.019 0.149 0.004 0.001 0.004 0.445 40 S 0.041 0.163 0.005 0.005 0.004 0.007 0.223 0.005 0.001 0.004 0.542 41 L 0.046 0.448 0.006 0.007 0.006 0.012 0.074 0.003 0.001 0.002 0.395 42 E 0.007 0.561 0.001 0.003 0.003 0.005 0.118 0.001 0.001 0.001 0.301 43 Q 0.054 0.517 0.003 0.004 0.003 0.004 0.267 0.006 0.001 0.002 0.141 44 G 0.076 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 45 A 0.008 0.973 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 46 N 0.031 0.856 0.011 0.005 0.006 0.007 0.004 0.009 0.001 0.001 0.072 47 A 0.063 0.830 0.009 0.008 0.006 0.010 0.005 0.016 0.001 0.001 0.052 48 H 0.180 0.492 0.008 0.017 0.007 0.007 0.017 0.150 0.001 0.002 0.121 49 G 0.434 0.144 0.064 0.027 0.005 0.012 0.014 0.095 0.001 0.004 0.200 50 L 0.090 0.057 0.610 0.079 0.008 0.011 0.024 0.007 0.001 0.002 0.113 51 N 0.020 0.014 0.008 0.024 0.011 0.010 0.150 0.004 0.001 0.003 0.756 52 V 0.007 0.014 0.034 0.021 0.002 0.007 0.028 0.001 0.001 0.002 0.886 53 E 0.001 0.021 0.001 0.004 0.001 0.002 0.618 0.001 0.001 0.001 0.353 54 D 0.027 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.751 0.001 0.001 0.003 0.194 55 I 0.068 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.038 56 L 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 57 R 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 58 D 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 59 L 0.023 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 60 N 0.017 0.945 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.020 61 A 0.043 0.764 0.067 0.001 0.001 0.001 0.012 0.029 0.001 0.001 0.082 62 L 0.154 0.679 0.029 0.003 0.003 0.003 0.017 0.038 0.001 0.002 0.072 63 A 0.152 0.566 0.028 0.007 0.005 0.005 0.020 0.030 0.001 0.002 0.185