# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0408 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.064 0.031 0.018 0.020 0.026 0.047 0.008 0.787 2 K 0.083 0.031 0.034 0.033 0.054 0.068 0.011 0.686 3 F 0.132 0.047 0.099 0.067 0.092 0.093 0.010 0.460 4 T 0.040 0.068 0.091 0.081 0.117 0.143 0.007 0.453 5 K 0.016 0.028 0.021 0.013 0.026 0.046 0.004 0.846 6 D 0.030 0.044 0.032 0.011 0.025 0.354 0.011 0.493 7 M 0.292 0.066 0.037 0.011 0.015 0.197 0.034 0.347 8 T 0.075 0.320 0.018 0.008 0.013 0.270 0.008 0.287 9 F 0.026 0.452 0.032 0.010 0.040 0.125 0.004 0.311 10 A 0.011 0.594 0.009 0.006 0.018 0.082 0.003 0.277 11 Q 0.035 0.601 0.005 0.005 0.009 0.210 0.008 0.127 12 A 0.013 0.956 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.020 13 L 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 Q 0.021 0.946 0.003 0.002 0.003 0.002 0.007 0.016 15 T 0.101 0.751 0.013 0.004 0.005 0.008 0.067 0.052 16 H 0.252 0.497 0.023 0.009 0.010 0.020 0.033 0.156 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 18 G 0.019 0.035 0.033 0.004 0.006 0.200 0.007 0.697 19 V 0.491 0.083 0.024 0.003 0.006 0.065 0.014 0.316 20 A 0.099 0.436 0.032 0.008 0.023 0.049 0.004 0.349 21 G 0.030 0.375 0.014 0.005 0.012 0.088 0.004 0.472 22 V 0.064 0.568 0.011 0.007 0.013 0.069 0.007 0.261 23 L 0.030 0.902 0.004 0.003 0.006 0.009 0.003 0.043 24 R 0.026 0.892 0.007 0.005 0.005 0.007 0.004 0.055 25 S 0.043 0.868 0.010 0.003 0.006 0.006 0.014 0.050 26 Y 0.241 0.550 0.027 0.005 0.006 0.015 0.075 0.081 27 N 0.376 0.238 0.074 0.010 0.010 0.034 0.120 0.137 28 L 0.092 0.118 0.431 0.018 0.014 0.073 0.022 0.233 29 G 0.048 0.046 0.210 0.023 0.024 0.186 0.015 0.449 30 C 0.088 0.045 0.183 0.017 0.034 0.107 0.010 0.517 31 I 0.063 0.083 0.232 0.031 0.060 0.112 0.008 0.412 32 G 0.076 0.054 0.112 0.022 0.036 0.121 0.013 0.565 33 C 0.158 0.085 0.103 0.026 0.046 0.097 0.015 0.469 34 M 0.068 0.064 0.042 0.016 0.027 0.071 0.009 0.703 35 G 0.077 0.073 0.056 0.017 0.037 0.142 0.014 0.584 36 A 0.264 0.078 0.050 0.014 0.018 0.205 0.021 0.350 37 Q 0.225 0.101 0.023 0.010 0.013 0.100 0.019 0.509 38 N 0.166 0.126 0.050 0.011 0.034 0.057 0.014 0.540 39 E 0.088 0.108 0.032 0.012 0.015 0.238 0.010 0.496 40 S 0.039 0.093 0.011 0.004 0.007 0.285 0.008 0.554 41 L 0.059 0.474 0.020 0.007 0.025 0.072 0.004 0.339 42 E 0.011 0.397 0.011 0.004 0.008 0.172 0.003 0.393 43 Q 0.044 0.636 0.007 0.004 0.006 0.124 0.012 0.167 44 G 0.032 0.939 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.019 45 A 0.008 0.973 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 46 N 0.016 0.842 0.067 0.010 0.013 0.010 0.009 0.035 47 A 0.048 0.817 0.046 0.007 0.012 0.006 0.021 0.043 48 H 0.117 0.550 0.105 0.015 0.017 0.028 0.061 0.106 49 G 0.229 0.077 0.247 0.014 0.015 0.021 0.113 0.282 50 L 0.082 0.030 0.667 0.017 0.011 0.045 0.011 0.137 51 N 0.011 0.018 0.039 0.005 0.009 0.473 0.003 0.442 52 V 0.025 0.023 0.042 0.002 0.027 0.063 0.002 0.814 53 E 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.261 0.001 0.729 54 D 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001 0.896 0.003 0.062 55 I 0.020 0.936 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.038 56 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 57 R 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 58 D 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 59 L 0.026 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 60 N 0.017 0.950 0.004 0.001 0.001 0.002 0.011 0.015 61 A 0.073 0.802 0.028 0.001 0.001 0.006 0.035 0.055 62 L 0.192 0.622 0.029 0.002 0.002 0.025 0.041 0.086 63 A 0.185 0.519 0.030 0.004 0.003 0.033 0.042 0.184