# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0408 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.118 0.233 0.065 0.016 0.321 0.021 0.025 0.073 0.041 0.051 0.037 2 K 0.195 0.153 0.033 0.006 0.445 0.007 0.014 0.055 0.019 0.035 0.039 3 F 0.245 0.151 0.030 0.006 0.338 0.010 0.019 0.050 0.026 0.067 0.060 4 T 0.080 0.348 0.157 0.023 0.230 0.014 0.012 0.067 0.024 0.017 0.028 5 K 0.026 0.047 0.015 0.007 0.038 0.016 0.048 0.490 0.271 0.028 0.014 6 D 0.038 0.036 0.017 0.008 0.047 0.009 0.028 0.459 0.140 0.175 0.042 7 M 0.061 0.182 0.035 0.004 0.136 0.008 0.016 0.424 0.075 0.041 0.020 8 T 0.040 0.124 0.011 0.002 0.074 0.005 0.011 0.602 0.042 0.061 0.027 9 F 0.026 0.008 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.813 0.096 0.016 0.018 10 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.908 0.056 0.003 0.001 11 Q 0.006 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.912 0.034 0.028 0.002 12 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.773 0.200 0.014 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.703 0.264 0.005 0.001 14 Q 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.078 0.744 0.141 0.022 0.001 15 T 0.021 0.145 0.089 0.004 0.047 0.009 0.131 0.235 0.058 0.244 0.017 16 H 0.096 0.304 0.204 0.013 0.175 0.006 0.006 0.072 0.033 0.051 0.040 17 P 0.007 0.028 0.011 0.006 0.012 0.012 0.044 0.615 0.238 0.020 0.007 18 G 0.011 0.017 0.017 0.013 0.016 0.011 0.043 0.491 0.182 0.176 0.023 19 V 0.035 0.040 0.006 0.001 0.044 0.002 0.010 0.601 0.131 0.108 0.023 20 A 0.009 0.021 0.006 0.005 0.017 0.006 0.009 0.855 0.052 0.010 0.009 21 G 0.009 0.010 0.004 0.001 0.012 0.003 0.006 0.894 0.053 0.006 0.002 22 V 0.008 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.912 0.030 0.023 0.002 23 L 0.006 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.905 0.055 0.016 0.002 24 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.817 0.147 0.004 0.001 25 S 0.010 0.004 0.006 0.003 0.007 0.007 0.140 0.666 0.106 0.047 0.005 26 Y 0.006 0.635 0.177 0.012 0.031 0.012 0.042 0.051 0.013 0.016 0.005 27 N 0.056 0.018 0.018 0.038 0.029 0.015 0.011 0.032 0.030 0.386 0.367 28 L 0.085 0.287 0.100 0.024 0.169 0.021 0.038 0.092 0.062 0.075 0.045 29 G 0.046 0.212 0.173 0.109 0.097 0.041 0.075 0.072 0.047 0.075 0.052 30 C 0.190 0.119 0.070 0.020 0.227 0.017 0.033 0.094 0.075 0.096 0.058 31 I 0.043 0.139 0.070 0.053 0.090 0.067 0.101 0.194 0.123 0.082 0.038 32 G 0.046 0.090 0.130 0.158 0.067 0.069 0.067 0.095 0.055 0.169 0.054 33 C 0.107 0.227 0.126 0.019 0.236 0.010 0.015 0.091 0.060 0.077 0.033 34 M 0.057 0.121 0.046 0.015 0.106 0.021 0.050 0.299 0.194 0.063 0.028 35 G 0.037 0.082 0.080 0.050 0.056 0.045 0.077 0.256 0.162 0.113 0.041 36 A 0.057 0.136 0.063 0.015 0.100 0.016 0.036 0.330 0.112 0.106 0.030 37 Q 0.031 0.100 0.048 0.022 0.056 0.024 0.065 0.354 0.165 0.103 0.031 38 N 0.034 0.051 0.041 0.033 0.044 0.020 0.024 0.383 0.146 0.164 0.059 39 E 0.024 0.145 0.051 0.010 0.063 0.013 0.023 0.519 0.074 0.063 0.015 40 S 0.032 0.118 0.029 0.004 0.057 0.004 0.011 0.576 0.070 0.076 0.023 41 L 0.009 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.735 0.221 0.010 0.008 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.917 0.069 0.002 0.001 43 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.946 0.025 0.015 0.001 44 G 0.006 0.019 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.864 0.068 0.027 0.002 45 A 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.872 0.094 0.010 0.001 46 N 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.058 0.758 0.162 0.010 0.002 47 A 0.009 0.021 0.028 0.008 0.012 0.020 0.168 0.557 0.097 0.072 0.008 48 H 0.006 0.641 0.132 0.029 0.026 0.044 0.076 0.018 0.008 0.015 0.005 49 G 0.022 0.006 0.012 0.030 0.011 0.004 0.002 0.009 0.013 0.499 0.393 50 L 0.015 0.554 0.197 0.018 0.086 0.016 0.024 0.035 0.014 0.033 0.008 51 N 0.009 0.653 0.257 0.005 0.047 0.001 0.002 0.012 0.005 0.003 0.006 52 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.532 0.459 0.002 0.002 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.034 0.001 0.001 54 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.012 0.003 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.008 0.003 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.052 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.039 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.909 0.048 0.012 0.001 59 L 0.004 0.032 0.004 0.001 0.005 0.001 0.004 0.735 0.169 0.042 0.003 60 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.725 0.234 0.011 0.002 61 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 0.757 0.172 0.029 0.001 62 L 0.012 0.059 0.015 0.001 0.029 0.003 0.128 0.510 0.161 0.076 0.008 63 A 0.082 0.064 0.035 0.009 0.098 0.016 0.048 0.328 0.137 0.133 0.049