# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0408 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.807 0.158 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 2 K 0.525 0.325 0.111 0.033 0.005 0.001 0.001 3 F 0.141 0.111 0.239 0.311 0.167 0.029 0.001 4 T 0.468 0.328 0.138 0.049 0.015 0.003 0.001 5 K 0.504 0.299 0.116 0.057 0.019 0.005 0.001 6 D 0.391 0.329 0.152 0.080 0.037 0.010 0.001 7 M 0.142 0.154 0.208 0.263 0.178 0.050 0.004 8 T 0.147 0.247 0.273 0.176 0.116 0.037 0.005 9 F 0.036 0.060 0.093 0.168 0.271 0.304 0.068 10 A 0.064 0.161 0.255 0.259 0.181 0.072 0.007 11 Q 0.072 0.205 0.282 0.269 0.117 0.049 0.006 12 A 0.015 0.026 0.059 0.140 0.312 0.373 0.076 13 L 0.027 0.041 0.069 0.170 0.302 0.326 0.065 14 Q 0.129 0.295 0.297 0.182 0.069 0.025 0.003 15 T 0.128 0.241 0.269 0.234 0.091 0.033 0.003 16 H 0.071 0.117 0.189 0.253 0.235 0.126 0.009 17 P 0.193 0.220 0.222 0.197 0.126 0.040 0.003 18 G 0.223 0.340 0.227 0.124 0.064 0.020 0.002 19 V 0.063 0.119 0.153 0.234 0.255 0.151 0.025 20 A 0.030 0.087 0.170 0.275 0.277 0.148 0.012 21 G 0.102 0.284 0.261 0.200 0.106 0.043 0.004 22 V 0.015 0.048 0.138 0.279 0.329 0.170 0.022 23 L 0.014 0.022 0.032 0.083 0.256 0.469 0.123 24 R 0.036 0.143 0.264 0.317 0.167 0.066 0.007 25 S 0.140 0.296 0.250 0.207 0.070 0.031 0.005 26 Y 0.046 0.083 0.189 0.298 0.246 0.125 0.011 27 N 0.124 0.208 0.195 0.226 0.143 0.088 0.015 28 L 0.057 0.061 0.101 0.165 0.258 0.278 0.081 29 G 0.143 0.191 0.178 0.208 0.136 0.100 0.044 30 C 0.082 0.074 0.080 0.109 0.182 0.283 0.190 31 I 0.105 0.094 0.091 0.143 0.152 0.221 0.194 32 G 0.182 0.153 0.128 0.158 0.144 0.133 0.102 33 C 0.109 0.087 0.083 0.127 0.156 0.234 0.204 34 M 0.124 0.115 0.111 0.149 0.175 0.199 0.127 35 G 0.160 0.157 0.137 0.172 0.152 0.142 0.080 36 A 0.157 0.150 0.142 0.159 0.174 0.147 0.070 37 Q 0.137 0.175 0.174 0.174 0.148 0.129 0.063 38 N 0.088 0.111 0.128 0.188 0.216 0.186 0.083 39 E 0.073 0.099 0.126 0.181 0.255 0.202 0.063 40 S 0.052 0.098 0.141 0.189 0.229 0.199 0.092 41 L 0.013 0.021 0.031 0.074 0.171 0.395 0.294 42 E 0.034 0.093 0.197 0.288 0.217 0.140 0.032 43 Q 0.044 0.126 0.277 0.298 0.147 0.088 0.020 44 G 0.024 0.031 0.047 0.131 0.240 0.394 0.133 45 A 0.030 0.032 0.056 0.124 0.225 0.376 0.157 46 N 0.049 0.155 0.279 0.287 0.119 0.088 0.024 47 A 0.095 0.140 0.169 0.187 0.218 0.152 0.039 48 H 0.054 0.081 0.106 0.195 0.268 0.249 0.047 49 G 0.206 0.365 0.231 0.107 0.062 0.026 0.003 50 L 0.049 0.097 0.195 0.334 0.233 0.082 0.010 51 N 0.112 0.290 0.266 0.174 0.120 0.035 0.003 52 V 0.021 0.054 0.123 0.296 0.291 0.203 0.011 53 E 0.309 0.467 0.150 0.050 0.021 0.004 0.001 54 D 0.148 0.413 0.264 0.150 0.022 0.003 0.001 55 I 0.007 0.018 0.043 0.116 0.438 0.353 0.024 56 L 0.011 0.058 0.166 0.418 0.260 0.085 0.002 57 R 0.290 0.499 0.153 0.042 0.013 0.003 0.001 58 D 0.079 0.249 0.333 0.281 0.052 0.007 0.001 59 L 0.032 0.046 0.110 0.213 0.388 0.204 0.006 60 N 0.175 0.252 0.304 0.195 0.065 0.009 0.001 61 A 0.700 0.259 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 62 L 0.427 0.221 0.164 0.137 0.043 0.009 0.001 63 A 0.667 0.220 0.068 0.030 0.012 0.003 0.001