# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.0408 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.552 0.164 0.108 0.075 0.045 0.027 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 K 0.339 0.197 0.154 0.117 0.090 0.048 0.031 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 F 0.091 0.048 0.094 0.141 0.203 0.165 0.122 0.077 0.033 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 4 T 0.279 0.152 0.136 0.143 0.129 0.072 0.047 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 5 K 0.257 0.137 0.123 0.141 0.113 0.091 0.061 0.036 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 6 D 0.209 0.203 0.155 0.140 0.124 0.075 0.051 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 7 M 0.159 0.086 0.102 0.113 0.155 0.143 0.096 0.072 0.039 0.018 0.009 0.005 0.003 0.001 8 T 0.088 0.091 0.112 0.161 0.177 0.140 0.102 0.068 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 9 F 0.041 0.024 0.030 0.070 0.121 0.152 0.158 0.181 0.118 0.065 0.026 0.010 0.003 0.002 10 A 0.109 0.136 0.147 0.185 0.158 0.117 0.064 0.038 0.023 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 11 Q 0.259 0.209 0.177 0.129 0.088 0.061 0.039 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 A 0.030 0.021 0.043 0.084 0.146 0.203 0.182 0.158 0.078 0.028 0.014 0.008 0.003 0.001 13 L 0.049 0.042 0.054 0.096 0.180 0.168 0.188 0.125 0.063 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 14 Q 0.484 0.214 0.135 0.083 0.040 0.020 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.185 0.147 0.195 0.195 0.141 0.070 0.039 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.086 0.075 0.106 0.166 0.206 0.168 0.105 0.051 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 17 P 0.323 0.203 0.167 0.108 0.095 0.055 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.423 0.272 0.126 0.081 0.046 0.025 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 V 0.099 0.059 0.072 0.130 0.200 0.170 0.125 0.075 0.044 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 20 A 0.073 0.072 0.107 0.163 0.195 0.171 0.112 0.059 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 21 G 0.424 0.244 0.136 0.080 0.046 0.028 0.019 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.075 0.051 0.086 0.165 0.221 0.172 0.089 0.071 0.039 0.015 0.009 0.006 0.002 0.001 23 L 0.045 0.031 0.049 0.083 0.141 0.194 0.173 0.141 0.081 0.040 0.014 0.005 0.002 0.001 24 R 0.157 0.186 0.191 0.180 0.115 0.082 0.043 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 25 S 0.386 0.275 0.140 0.083 0.049 0.027 0.020 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Y 0.075 0.065 0.112 0.175 0.204 0.161 0.098 0.054 0.029 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 27 N 0.155 0.155 0.152 0.153 0.145 0.093 0.075 0.035 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 28 L 0.119 0.064 0.080 0.100 0.143 0.145 0.118 0.109 0.061 0.031 0.015 0.009 0.004 0.001 29 G 0.193 0.150 0.134 0.145 0.114 0.084 0.066 0.044 0.033 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 30 C 0.068 0.030 0.045 0.079 0.117 0.139 0.131 0.133 0.099 0.064 0.047 0.032 0.012 0.006 31 I 0.070 0.059 0.068 0.087 0.110 0.130 0.128 0.109 0.083 0.064 0.048 0.026 0.012 0.007 32 G 0.137 0.093 0.100 0.109 0.112 0.104 0.101 0.087 0.063 0.041 0.027 0.015 0.008 0.004 33 C 0.065 0.039 0.048 0.070 0.111 0.119 0.112 0.121 0.110 0.081 0.060 0.039 0.016 0.008 34 M 0.104 0.076 0.089 0.101 0.126 0.128 0.113 0.088 0.063 0.048 0.033 0.018 0.008 0.004 35 G 0.123 0.086 0.098 0.123 0.138 0.118 0.093 0.081 0.056 0.038 0.024 0.012 0.006 0.003 36 A 0.105 0.074 0.082 0.109 0.152 0.130 0.107 0.091 0.067 0.041 0.023 0.011 0.005 0.002 37 Q 0.165 0.135 0.137 0.161 0.128 0.103 0.069 0.042 0.029 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 38 N 0.109 0.076 0.102 0.144 0.187 0.140 0.084 0.063 0.048 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 39 E 0.208 0.136 0.122 0.140 0.121 0.109 0.067 0.043 0.027 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 40 S 0.142 0.145 0.159 0.162 0.128 0.102 0.071 0.042 0.024 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 41 L 0.038 0.025 0.038 0.069 0.131 0.162 0.156 0.156 0.113 0.064 0.027 0.013 0.005 0.002 42 E 0.121 0.137 0.157 0.193 0.139 0.113 0.061 0.037 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 43 Q 0.221 0.165 0.152 0.128 0.093 0.081 0.065 0.040 0.027 0.013 0.007 0.003 0.003 0.001 44 G 0.042 0.029 0.043 0.084 0.145 0.171 0.171 0.142 0.086 0.039 0.025 0.014 0.006 0.002 45 A 0.051 0.038 0.054 0.074 0.123 0.140 0.147 0.139 0.103 0.064 0.035 0.020 0.009 0.004 46 N 0.197 0.109 0.124 0.128 0.115 0.094 0.088 0.061 0.039 0.023 0.012 0.007 0.003 0.002 47 A 0.082 0.055 0.077 0.118 0.157 0.144 0.108 0.098 0.074 0.039 0.024 0.014 0.006 0.003 48 H 0.072 0.059 0.062 0.096 0.133 0.162 0.161 0.117 0.061 0.040 0.023 0.011 0.004 0.002 49 G 0.159 0.209 0.174 0.149 0.119 0.071 0.056 0.027 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 50 L 0.247 0.087 0.086 0.108 0.161 0.119 0.074 0.058 0.036 0.010 0.006 0.004 0.002 0.001 51 N 0.155 0.132 0.155 0.198 0.152 0.084 0.082 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 52 V 0.025 0.023 0.061 0.134 0.195 0.198 0.144 0.112 0.067 0.031 0.006 0.002 0.001 0.001 53 E 0.506 0.306 0.108 0.050 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.278 0.467 0.178 0.042 0.017 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.009 0.012 0.035 0.097 0.214 0.252 0.172 0.150 0.048 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 56 L 0.022 0.047 0.087 0.158 0.309 0.165 0.123 0.058 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.787 0.152 0.039 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.170 0.302 0.285 0.132 0.059 0.027 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.021 0.015 0.038 0.090 0.225 0.244 0.174 0.130 0.048 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 60 N 0.132 0.146 0.143 0.149 0.229 0.104 0.054 0.026 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.587 0.192 0.092 0.065 0.032 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.123 0.064 0.104 0.171 0.216 0.139 0.084 0.050 0.028 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 63 A 0.264 0.141 0.141 0.147 0.127 0.086 0.055 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001