# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0325 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.005 0.007 0.063 0.056 0.101 0.017 0.122 0.061 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.036 0.018 0.163 0.062 0.087 0.191 0.001 2 K 0.005 0.006 0.045 0.039 0.126 0.014 0.124 0.052 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.034 0.035 0.117 0.112 0.146 0.131 0.002 3 F 0.006 0.007 0.051 0.059 0.117 0.003 0.044 0.022 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.075 0.029 0.118 0.071 0.147 0.237 0.001 4 T 0.002 0.002 0.033 0.034 0.043 0.002 0.017 0.020 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.021 0.017 0.039 0.024 0.262 0.470 0.001 5 K 0.001 0.001 0.010 0.009 0.034 0.004 0.022 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.721 0.033 0.030 0.077 0.001 6 D 0.002 0.002 0.007 0.008 0.027 0.018 0.520 0.176 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.017 0.076 0.055 0.041 0.030 0.001 7 M 0.005 0.006 0.050 0.044 0.015 0.004 0.052 0.291 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.034 0.019 0.109 0.043 0.176 0.140 0.001 8 T 0.005 0.006 0.011 0.017 0.074 0.003 0.019 0.519 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.012 0.035 0.114 0.026 0.087 0.054 0.001 9 F 0.002 0.003 0.011 0.008 0.007 0.002 0.011 0.692 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.007 0.201 0.005 0.009 0.005 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.012 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.031 0.862 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.061 0.005 0.001 0.003 0.001 13 L 0.004 0.002 0.007 0.010 0.006 0.010 0.076 0.654 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.171 0.009 0.005 0.007 0.001 14 Q 0.002 0.003 0.005 0.010 0.013 0.043 0.302 0.343 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.009 0.145 0.033 0.012 0.036 0.001 15 T 0.002 0.002 0.007 0.015 0.019 0.005 0.263 0.068 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 0.339 0.107 0.047 0.072 0.001 16 H 0.001 0.001 0.006 0.006 0.006 0.001 0.008 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.034 0.047 0.416 0.437 0.001 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.909 0.021 0.007 0.025 0.001 18 G 0.001 0.001 0.006 0.005 0.003 0.031 0.496 0.314 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.072 0.031 0.014 0.016 0.001 19 V 0.003 0.005 0.008 0.013 0.023 0.005 0.132 0.424 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.020 0.098 0.053 0.143 0.052 0.001 20 A 0.007 0.010 0.018 0.013 0.022 0.002 0.019 0.623 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.019 0.007 0.203 0.011 0.022 0.009 0.001 21 G 0.005 0.017 0.010 0.012 0.009 0.006 0.026 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.005 0.046 0.005 0.003 0.004 0.001 22 V 0.003 0.010 0.003 0.008 0.017 0.003 0.014 0.866 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.049 0.003 0.002 0.003 0.001 23 L 0.006 0.010 0.006 0.009 0.008 0.004 0.023 0.842 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.005 0.037 0.005 0.003 0.003 0.001 24 R 0.025 0.015 0.031 0.030 0.016 0.016 0.069 0.588 0.025 0.003 0.002 0.002 0.003 0.009 0.014 0.006 0.122 0.008 0.008 0.007 0.001 25 S 0.019 0.016 0.007 0.046 0.017 0.015 0.295 0.080 0.147 0.084 0.001 0.006 0.013 0.033 0.016 0.010 0.144 0.023 0.016 0.013 0.001 26 Y 0.002 0.004 0.009 0.010 0.016 0.011 0.475 0.078 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.013 0.143 0.046 0.042 0.098 0.001 27 N 0.002 0.002 0.015 0.006 0.024 0.005 0.079 0.040 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.015 0.102 0.522 0.087 0.065 0.001 28 L 0.002 0.002 0.024 0.011 0.039 0.006 0.048 0.033 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.028 0.066 0.189 0.053 0.216 0.266 0.001 29 G 0.002 0.004 0.053 0.025 0.032 0.020 0.134 0.061 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.084 0.016 0.234 0.095 0.076 0.144 0.001 30 C 0.003 0.005 0.020 0.032 0.063 0.013 0.096 0.042 0.006 0.002 0.005 0.005 0.005 0.013 0.031 0.114 0.143 0.064 0.193 0.142 0.003 31 I 0.004 0.005 0.060 0.040 0.037 0.008 0.078 0.046 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 0.010 0.128 0.028 0.228 0.046 0.108 0.156 0.002 32 G 0.003 0.005 0.020 0.025 0.072 0.008 0.136 0.055 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.009 0.054 0.105 0.161 0.103 0.081 0.150 0.001 33 C 0.003 0.003 0.048 0.030 0.046 0.005 0.031 0.069 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.065 0.043 0.139 0.044 0.208 0.246 0.001 34 M 0.001 0.002 0.020 0.010 0.035 0.008 0.056 0.138 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.029 0.443 0.066 0.042 0.090 0.001 35 G 0.002 0.004 0.015 0.026 0.025 0.029 0.234 0.254 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.034 0.025 0.164 0.037 0.051 0.086 0.001 36 A 0.002 0.003 0.019 0.019 0.027 0.015 0.216 0.171 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 0.023 0.174 0.075 0.104 0.110 0.001 37 Q 0.002 0.002 0.017 0.020 0.024 0.011 0.146 0.128 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.016 0.372 0.064 0.082 0.089 0.001 38 N 0.002 0.003 0.007 0.011 0.033 0.008 0.275 0.175 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.026 0.147 0.093 0.117 0.074 0.001 39 E 0.001 0.001 0.032 0.029 0.007 0.005 0.046 0.212 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.009 0.250 0.039 0.088 0.238 0.001 40 S 0.001 0.002 0.002 0.005 0.087 0.004 0.047 0.244 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.057 0.071 0.045 0.147 0.278 0.001 41 L 0.001 0.001 0.018 0.003 0.002 0.001 0.005 0.219 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.704 0.012 0.013 0.007 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.005 0.001 0.002 0.001 45 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.026 0.893 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 0.002 0.002 0.001 0.001 46 N 0.002 0.001 0.007 0.004 0.003 0.025 0.095 0.753 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.054 0.005 0.004 0.003 0.001 47 A 0.002 0.001 0.002 0.008 0.002 0.006 0.123 0.015 0.308 0.384 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.003 0.094 0.015 0.015 0.007 0.001 48 H 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.013 0.591 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.013 0.077 0.022 0.070 0.174 0.001 49 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.016 0.858 0.032 0.011 0.001 50 L 0.001 0.001 0.019 0.008 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.059 0.019 0.024 0.176 0.648 0.001 51 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.006 0.009 0.255 0.671 0.001 52 V 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.913 0.027 0.007 0.004 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.084 0.844 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.025 0.007 0.001 0.002 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.905 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.940 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.847 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.006 0.002 0.002 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.172 0.541 0.020 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.118 0.021 0.032 0.036 0.001 60 N 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.041 0.159 0.393 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.274 0.029 0.025 0.032 0.001 61 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.049 0.318 0.250 0.036 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.130 0.113 0.028 0.022 0.001 62 L 0.001 0.001 0.013 0.016 0.011 0.006 0.098 0.093 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.015 0.267 0.033 0.235 0.167 0.001 63 A 0.001 0.001 0.012 0.009 0.026 0.011 0.094 0.093 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.025 0.204 0.094 0.120 0.268 0.001