# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0325 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.002 0.012 0.773 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.027 0.090 0.010 0.057 0.015 2 K 0.002 0.041 0.752 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.046 0.059 0.014 0.012 0.060 3 F 0.001 0.058 0.722 0.002 0.007 0.008 0.001 0.001 0.056 0.091 0.012 0.021 0.020 4 T 0.001 0.007 0.851 0.006 0.009 0.008 0.001 0.001 0.022 0.063 0.008 0.004 0.021 5 K 0.001 0.004 0.120 0.005 0.115 0.179 0.001 0.001 0.014 0.157 0.392 0.008 0.004 6 D 0.001 0.012 0.132 0.004 0.112 0.133 0.001 0.001 0.014 0.066 0.512 0.003 0.013 7 M 0.003 0.025 0.582 0.003 0.035 0.076 0.001 0.003 0.040 0.133 0.017 0.055 0.028 8 T 0.005 0.021 0.674 0.005 0.007 0.080 0.001 0.002 0.041 0.067 0.006 0.014 0.076 9 F 0.008 0.005 0.052 0.005 0.021 0.850 0.004 0.002 0.013 0.014 0.007 0.005 0.015 10 A 0.002 0.001 0.004 0.012 0.045 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 11 Q 0.004 0.001 0.004 0.001 0.057 0.910 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.004 0.004 12 A 0.005 0.001 0.007 0.001 0.060 0.891 0.002 0.002 0.005 0.001 0.015 0.001 0.010 13 L 0.003 0.001 0.006 0.002 0.034 0.863 0.001 0.001 0.001 0.004 0.083 0.002 0.001 14 Q 0.001 0.003 0.017 0.001 0.032 0.581 0.001 0.001 0.001 0.014 0.348 0.001 0.002 15 T 0.001 0.011 0.035 0.001 0.038 0.637 0.001 0.001 0.001 0.118 0.146 0.001 0.010 16 H 0.001 0.003 0.707 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 0.001 0.215 0.013 0.005 0.004 17 P 0.001 0.001 0.069 0.001 0.167 0.282 0.001 0.001 0.001 0.023 0.454 0.001 0.002 18 G 0.001 0.002 0.023 0.001 0.098 0.289 0.001 0.001 0.001 0.040 0.544 0.001 0.001 19 V 0.001 0.002 0.126 0.001 0.106 0.670 0.001 0.001 0.003 0.056 0.025 0.001 0.009 20 A 0.002 0.003 0.033 0.002 0.040 0.880 0.001 0.001 0.003 0.014 0.014 0.004 0.004 21 G 0.004 0.002 0.012 0.002 0.033 0.907 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 0.003 0.006 22 V 0.005 0.001 0.006 0.001 0.024 0.931 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.002 0.006 23 L 0.005 0.001 0.007 0.002 0.017 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.002 0.004 24 R 0.004 0.002 0.015 0.002 0.028 0.874 0.001 0.001 0.001 0.006 0.060 0.005 0.004 25 S 0.004 0.003 0.033 0.003 0.059 0.684 0.001 0.001 0.001 0.024 0.171 0.004 0.013 26 Y 0.002 0.003 0.061 0.003 0.071 0.380 0.001 0.001 0.002 0.079 0.387 0.005 0.007 27 N 0.001 0.005 0.123 0.003 0.046 0.134 0.001 0.001 0.005 0.141 0.526 0.006 0.009 28 L 0.002 0.013 0.339 0.004 0.059 0.082 0.001 0.001 0.010 0.192 0.270 0.010 0.017 29 G 0.003 0.018 0.275 0.008 0.044 0.076 0.001 0.004 0.020 0.270 0.241 0.027 0.013 30 C 0.007 0.033 0.305 0.005 0.060 0.108 0.005 0.008 0.054 0.204 0.122 0.014 0.075 31 I 0.006 0.031 0.242 0.020 0.082 0.118 0.005 0.008 0.036 0.167 0.240 0.022 0.024 32 G 0.006 0.032 0.325 0.011 0.043 0.082 0.004 0.006 0.033 0.224 0.176 0.027 0.032 33 C 0.004 0.022 0.539 0.007 0.033 0.078 0.002 0.003 0.025 0.175 0.047 0.021 0.044 34 M 0.007 0.028 0.306 0.008 0.085 0.226 0.003 0.003 0.026 0.129 0.119 0.024 0.036 35 G 0.006 0.033 0.254 0.009 0.123 0.268 0.003 0.004 0.019 0.106 0.131 0.014 0.030 36 A 0.006 0.018 0.293 0.010 0.127 0.245 0.002 0.002 0.013 0.127 0.103 0.023 0.030 37 Q 0.004 0.012 0.209 0.005 0.124 0.307 0.001 0.001 0.008 0.098 0.202 0.008 0.020 38 N 0.002 0.010 0.126 0.005 0.146 0.464 0.001 0.001 0.004 0.074 0.151 0.005 0.012 39 E 0.003 0.013 0.167 0.003 0.066 0.488 0.001 0.001 0.007 0.120 0.092 0.025 0.016 40 S 0.002 0.014 0.282 0.002 0.043 0.507 0.001 0.001 0.004 0.063 0.043 0.005 0.034 41 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.020 0.943 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 44 G 0.001 0.001 0.008 0.001 0.019 0.947 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 45 A 0.002 0.001 0.010 0.001 0.052 0.866 0.001 0.001 0.001 0.007 0.056 0.001 0.002 46 N 0.001 0.003 0.025 0.002 0.056 0.701 0.001 0.001 0.001 0.014 0.194 0.001 0.002 47 A 0.002 0.001 0.049 0.003 0.127 0.549 0.001 0.001 0.003 0.061 0.194 0.002 0.006 48 H 0.001 0.002 0.070 0.001 0.035 0.148 0.001 0.001 0.007 0.138 0.591 0.003 0.002 49 G 0.001 0.018 0.268 0.001 0.021 0.065 0.001 0.001 0.015 0.114 0.489 0.002 0.007 50 L 0.001 0.044 0.728 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.028 0.139 0.006 0.011 0.002 51 N 0.001 0.006 0.899 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.004 0.060 0.002 0.001 0.005 52 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 54 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 60 N 0.001 0.001 0.029 0.001 0.057 0.397 0.001 0.001 0.001 0.015 0.501 0.001 0.001 61 A 0.001 0.002 0.062 0.001 0.048 0.198 0.001 0.001 0.002 0.033 0.654 0.001 0.001 62 L 0.001 0.011 0.587 0.001 0.010 0.068 0.001 0.001 0.014 0.216 0.089 0.002 0.003 63 A 0.001 0.004 0.908 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.009 0.057 0.009 0.001 0.002