(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • TR469 GsR195, Geobacter sulfurreducens PCA, 65 residues
                    10             20              30            40    
                    |              |               |             |    
   1 ....QK.FT.KDMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RSY.NLG.CI....GCMGAQNESLEQG
   2 m...-Q.IT.KDMTIGEIVRNF....PN.SIEIL....MSF.GMG.CV....GCPSAQGESLEQA
   3 m...-Q.IT.KDMTIGEIVRNF....PS.SIEIL....MSF.GMG.CV....GCPSAQGESLEQA
   4 mv..-Q.IT.KDTIIGDILDIA....PE.TAPLF....LSI.GMH.CL....GCPSSRGETVEQA
   5 ms..EK.VT.KDMTISEVLKKN....PK.TAEVF....MKH.GMQ.CL....GCPSAAGETVEQA
   6 m...-K.IT.KDMIIADIIAID....QN.LIPIL....LDT.GMH.CI....GCPSAQGESLEEA
   7 m...-T.IT.KEMTITEVVTKY....PK.TIPIF....YKH.GMG.CL....GCAAAQFENIEQG
   8 ....-M.IT.KDMTIGEILRVK....PE.SAQVL....MDM.GMG.CL....GCPSAQFETLEQA
   9 m...-K.IS.KDMTIGEVVRNH....PE.CVEVL....FNF.GLG.CV....GCPSAQAETIEEA
  10 m...-K.IT.KDMIIADVLQMD....RG.TAPIF....INN.GMH.CL....GCPSSMGESIEDA
  11 vqp.GK.IT.KDSIIGQVIRDN....PR.TIAVF....RAH.GMG.CL....GCPSASGESVEKA
  12 m...AT.IT.KEMSITEVVSKY....PQ.TVPVF....MEH.GMG.CL....GCAAARFENIEQG
  13 sts.DE.IT.KDTVIGDILKIN....PE.SASTL....MEA.GMH.CL....GCPASQMETLEEA
  14 ma..DK.IT.KDMTFFAVMQAY....PQ.SLDVL....RKH.RLG.CV....GCMGAQNESLEQG
  15 ....-M.IT.KDWTITDIVEKY....PK.TTEIL....MNH.GMH.CF....GCMAARFENIEQG
  16 m...SK.IT.RDMTMGYIVKEF....PQ.TVEVF....QRY.GMG.CL....SCPTAQLESLEKG
  17 tap.KQ.VT.RDTIIGDILDMD....QT.TAPYF....MEI.GMH.CL....GCPASRGETIEEA
  18 m...AK.VT.KDMIISDVLNMD....KG.TVPIF....LES.GMH.CL....GCPSSSGESIEDA
  19 m...EK.IT.KDTLIGNALKIN....PN.SASIL....MSF.GMG.CL....GCPSSQMETIEQA
  20 ....-M.IT.KDMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LEL.GMH.CL....GCPSSTMESIEGA
  21 ....-M.IT.KDMTIGEVIRKM....PT.AAEVL....MSF.GMG.CV....GCPSAQAETLEEA
  22 m...-T.IT.RDMLIGDLLRMK....PE.AASIL....MGF.GMG.CL....GCPSSQMESLEQA
  23 m...AL.IT.KDMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LEL.GMH.CL....GCPSSTMESIEGA
  24 ....-M.IT.KDMTIGEVVKND....SS.KAEVL....MSF.GMG.CV....GCPSAQAETIEEA
  25 m...PR.IT.TDTIIADVLRID....RG.TIPIF....LNN.GLH.CL....GCPSAQGESIEEA
  26 ....-M.IT.KDMVIQEIVTKY....PQ.TLPVF....GQF.NMG.CL....GCSGALFETLEQG
  27 ms..DK.IT.KDMKFSEILNYG....QP.VVQVF....MKY.QMG.CL....GCAVAKFETLEQG
  28 m...AQ.VT.KDMTFAAVMRMH....PD.VVKVL....AKY.NLG.CI....GCMGAQNESLEQG
  29 m...AK.VT.KDMLIGQLITLD....PN.IAPIL....MRA.GMH.CL....GCPSSQMESLEEA
  30 m...-Q.IT.KDMGIMDIVNKY....PQ.AVSVF....QAY.GMG.CI....GCMAARFETLEEG
  31 m...AE.FS.KDTKIGELIDQF....PE.SAPIL....MEI.GMH.CL....GCPASQMETLEEA
  32 ms..QQ.FT.KDMTFAQALQAN....PE.VAKVL....RKY.NLG.CI....GCMGAQNESLEQG
  33 ....-M.IT.KDMTIGEVVSAD....QS.KAQVL....MSF.GMG.CV....GCPSAQAETIAEA
  34 m...-K.IT.ETMGIGECVAKF....PN.TVPVF....MSF.GMS.CL....GCSAARFENIGQG
  35 m...SQ.VT.KDMTFAAVMRMH....PD.VVKVL....AKY.NLG.CI....GCMGAQNESLEQG
  36 sen.GV.IT.KDMIIADIVSED....AE.NTKIL....MEF.GMH.CI....GCPSSQMETLEDA
  37 m...-T.IT.KDSIIGDILDAY....GEvTAPFF....LEM.GMH.CL....GCPASRGETVAQA
  38 ....-M.IT.KDLTIGEIIRIK....EN.APQIL....MSF.GMG.CV....GCPSAQAETIEDA
  39 ....-M.VT.KDMTIGEVIQKN....PG.AAEIL....MSF.GMG.CV....CCPSALGETIEEA
  40 tn..EMaIS.KDMIIADLIALD....PN.YAAIL....MAS.GMG.CV....GCPSSQGESIEQA
  41 rrki-M.IT.KDMTVGEIIRIK....EN.AAEIL....MSF.GMG.CI....GCPSAQSESLEDA
  42 m...AQ.IS.KTMTISEILSVD....KV.VIPVL....MNS.GMH.CL....GCPSAQGETLEEA
  43 m...AT.VT.KDTIIGDILDMD....RT.TAPFF....LEM.GMH.CL....GCPASRGESLEQA
  44 ....-M.IS.KEMTIGEIIRRY....PQ.TLPVF....EKY.GLD.CH....DCQIADFEAVEHG
  45 m...-K.IN.RDMTIMDVMQLD....RE.VATIF....MKY.GLH.CL....GXPGATMESISDA
  46 ....-M.IT.KDMIIGDIIRQH....PA.TVQVF....ARH.GLE.CY....ECQIADLETLEHG
  47 vvpl-Q.IT.KDLSIMDVLRAY....PQ.VRPVF....IRH.GMG.CL....ECMGAMDETIASG
  48 m...AK.IT.KDMIIKDIININ....MG.CIPIL....LNE.GMH.CV....GCPASQGETLEEA
  49 m...-P.FG.SDDLVDDIMRTA....PH.TIRVF....LAF.RLA.CV....GCPIATFHTVEDA
  50 m...ET.FT.KNTTIGELLSVY....PE.CAPIL....MEI.GMH.CL....GCPSAQMETLGEA
  51 m...-K.IT.KDMLIGDIIQIH....PD.AVEIL....FNF.GLS.CV....GCPASQMETLEEA
  52 m...-K.IT.KDMTIGEIVRNH....EG.AAEVL....MSF.GMG.CV....GCPSAQSETLAEA
  53 m...NT.IT.KDMVIGDLLAID....EN.FAAIL....MAS.GMH.CV....GCPSSQGETLEEA
  54 m...KK.VT.EDMTIAEVLKMD....RE.VAGIF....MKY.GLH.CL....GCPGATMESISDA
  55 m...DK.IN.KDTTVGEVIRMN....PA.NAQKL....MNF.GMG.CV....GCPSAQSETLREA
  56 ms..QQ.VT.KDMTFAQVMRMH....QD.AVKVL....AKY.NLG.CV....GCMGAQNESLEQG
  57 vmm.AQ.VS.RDTTIGEALSMN....PG.IAPIL....QEI.GMH.CL....GCPASQGESLAEA
  58 mt..QK.FT.KDMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RSY.NLG.CI....GCMGAQNESLEQG
  59 mav.-N.IT.KEMTMGELLSID....RG.VAVVL....MNA.GMH.CI....GCPSSIGESLEEA
  60 m...AQ.IT.KDMTFGELLSKYystcPK.LVDDL....MEA.GMG.CI....GCPHSQMESIEEG
  61 earm-P.IS.FDELVDDVMRRR....PE.TIRVF....LAF.QMR.CV....GCPIACFHNVADA
  62 ....-M.IT.RDMIIADIIRKY....PE.TLPVF....KKH.RLE.CY....ECQISDLETLEHG
  63 rhp.QP.DD.PDIPLIELMALW....PQ.TIPVF....VRH.RML.CV....GCLVSPFHTVTDA
  64 m...-T.IR.DDLPVDEVMRSW....PA.TIRTF....LDF.RMQ.CC....GCPIAAFHTMKDA
  65 ....-M.LT.GAEKITDVVEKY....PQ.SVEVF....QKY.GMH.CF....GCMAARFENVEQG
  66 ....-M.IT.KDMIIGDIIRKH....PR.TLTVF....VKY.GLD.CN....ECQIADYEELEHG
  67 ....-M.IT.KTMRIGDIIRTY....PQ.SLKIF....EKY.GLD.CY....ECQVADYEELEHG
  68 m...-P.IR.HDSVVDDLMRTQ....PA.TIRTF....LDF.RMG.CC....GCPIATFHTVDDA
  69 m...-K.IK.KEMLIGQILSEK....PE.SIGTL....MSF.GMG.CI....MCPSSQMETLEEA
  70 m...-K.YT.KDSLVGEVLDND....ES.LARYF....LEM.GMH.CL....GCPSSRGETIEQA
  71 mpp.PK.LDdPDLPLDVLMTTW....PE.TVRVF....MDH.DML.CV....GCMVSPFHSVSEA
  72 kke.DK.FH.RDMLVGSIIGMD....PQ.AAQIL....SDS.GMG.CL....GCPASQSETLADA
  73 m...-S.ID.RTLVVEDVMSRW....PA.TIRVF....LDF.KLA.CV....GCPIATFHTIEDS
  74 avr.QT.LH.DDMTMDAIMREW....PA.TIRVV....LDH.GLL.CV....GCPIAPFHTIIDA
  75 qat.AK.IT.KDMTFLEMLRTY....PE.TAKVL....KKY.NLA.CA....GCMGAQSEPIDLG
  76 m...-H.LD.PDMTLEEIMRAW....PP.AISVI....LRH.HML.CV....GCPITAFHTVNDA
  77 mpp.PK.LDdPDLPLDVLMTTW....PE.TVRVF....MDH.DML.CV....GCMVSPFHSVSEA
  78 m...AR.VT.KEMTMGELLQTYyeqcPE.IVDVL....TGL.GMH.CI....GCPSSIGESLADA
  79 mkp.DP.DD.PDLPLARLLQTW....PA.SAGVF....LER.RML.CP....GCPIAPFHTVIEA
  80 aspc-E.ID.AATLVDDLMRQR....PQ.TIGVF....LRR.RLY.CV....GCPVGHFHTIEEA
  81 mkp.DP.DD.PDLPLARLFQTW....PA.SAGVF....LER.RML.CP....GCPIAPFHTVIEA
  82 ....--.--.--------MRRK....PE.TIRVF....LAF.QMR.CV....GCPIACFHNVADA
  83 m...EK.VT.KDMNIMEAVEKY....PI.IAQVL....MRY.GLG.CV....GCIISSAETLGEG
  84 ....-M.VT.GDMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QRN.GLG.CV....GCMIASGETLAEG
  85 mrp.DL.DD.PDLPLSRLFDRW....PA.TAAVF....LTR.RML.CP....GCPIAPFHTVVEA
  86 m...-A.LT.ADSTIAELLREK....PE.SAQVL....FRF.GMG.CL....GCAIANNETIREA
  87 m...PE.IDlSTVTVGEWLRRW....PE.TVRVF....LNY.KMN.CP....ACPIAPFMTIDEA
  88 m...AK.IS.KDMLINDILAVD....AG.NAAIL....MAA.GMH.CI....GCLAAAGETLEEA
  89 m...-A.LS.KDSTILEVLQEK....PD.AGAIF....ARF.GMG.CV....GCAISRGETVAEA
  90 ....-M.VT.GDMNIMEAVEKY....PI.IVEVL....QRN.GLG.CV....GCMIASGETLAEG
  91 ....-M.VT.GDMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QRN.GLG.CV....GCMIASGETLAEG
  92 ekev-L.IT.KKMSTGEVTKKY....PA.TKEVF....AKYfGKG.CF....DCPSFGTEDINLA
  93 m...AD.LT.ADSTIYDLLQAK....PE.ATEAL....FKF.GMG.CV....GCAIARGETIREA
  94 ....--.--.--MTISEILRRY....PE.TLPVF....ERH.HLD.CY....DCQLADFEQLEHG
  95 ....--.--.--MTISEILRRY....PE.TLPVF....ERH.HLD.CY....DCQLADFEQLEHG
  96 m...AK.IS.KDMLINDILAID....AG.NAAIL....MAA.GMH.CI....GCLAAAGESLEEA
  97 vvk.PR.FY.KEMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SSY.HLGgCS....HCSINELETIEQV
  98 vvk.PR.FY.KEMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SSY.HLGgCS....HCSINELETIEQV
  99 etk.PK.IT.KKTSIGDVIQNY....PE.TESVV....KKYfGAG.CY....TCPGSKTEDIAFG
 100 m...-A.IT.LDSTIADLLREK....PE.SAATL....QSF.GMG.CL....GCAIANNETIREA
 101 prr.PR.FDdPDLPLSTLFGEW....PD.MVEVF....LAK.QML.CP....GCPVAPFHAITDA
 102 mkk.HI.IN.GEMKIWDVIQDY....PE.TYGIF....RQF.GYP.DIrkgdTAVTSHFMKLRTA
 103 stk.PR.FF.KEMTVGEAIAIH....PE.AGLVF....SSY.HLGgCS....HCSINEVETIEQV
 104 m...-K.FT.LEMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QEL.GLH.CL....GCPFSVNETLLNA
 105 vfkm-K.FT.LEMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QEL.GLH.CL....GCPFSVNETLLNA
 106 m...-K.LD.SKMTVGELVTRH....PS.VMEVF....IKR.RMP.CV....GCPTERFHTIEDI
 107 m...SM.FD.KTTKMAAVLKGH....PK.AKEVL....ESF.GLQ.CS....TCSGAKHESIELG
 108 kaa.TE.IS.RSMTIEDILGMF....PY.KAQKLsqeiTNA.GLH.CV....GCHAAVWETLEAG
 109 gen.KV.IT.KDMIINDVIQKY....SK.TIGIF....KDF.GVD.--....SCCGGGF-SIEKT
 110 m...PV.IT.KEMSIIEVVQKY....PE.TVEVF....RKY.GMG.CF....G------------


           50          60       
           |           |       
   1 ANAHG.LN..VEDILRDLNAL....A
   2 AMVHG.MD..IEKLLEALNKAi...-
   3 AMVHG.MD..IEKLLEALNKAi...-
   4 CMVHG.VD..VDALLAELNKMtag.A
   5 AMVHG.AD..ADKLLEELNKVfen.E
   6 CMVHG.ID..VDELVAKLNAFeea.K
   7 ARAHG.IN..IDELIADLNKVvae.Q
   8 CEVHG.QD..VEDILAKLNK-....-
   9 CSVHG.MD..VNELVEALNKEa...K
  10 CAVHG.ID..ADKLVKELNEYfek.K
  11 AGIHG.ID..LEELLSELNKV....-
  12 ALAHG.ID..VDGLIADLNKVank.A
  13 CSVHG.ID..VEELLNKLNA-....-
  14 ANAHG.ID..VNALLKDLNDAv...A
  15 AMAHG.IN..VDELMKELNDAik..E
  16 AMLHG.LD..VQELLEELNKVv...Q
  17 CEVHG.VN..CDELLEKLNTHlaa.K
  18 CAIHG.ID..ADQLIDNLNKYlen.K
  19 AAVHG.ID..AEALLEKLNA-....-
  20 ALTHG.KK..PDELVEKLNKViaa.N
  21 AIVHG.IN..LDDLIEAINNIey..-
  22 AAVHG.IN..IEQLLEKLNA-....-
  23 ALTHG.KK..PDELVEKLNKViaa.N
  24 AMVHG.IN..LDELIEALNK-....-
  25 CALHG.ID..AQKLVDELNEYlks.K
  26 ALAHG.ID..VDAMLKALNDLik..K
  27 ANAHG.VD..VDALLKDLNAAidn.D
  28 CAAHG.IN..VDEIVADINKLf...-
  29 AMVHG.MD..ADVLVQQINDFlg..E
  30 ANAHG.IN..VDDLVDDLNENi...-
  31 AMVHG.ID..CGLLVEKINAAakam-
  32 CSAHG.LD..VNEVLKDLNAIg...Q
  33 ATVHG.LN..LDDLLEALNR-....-
  34 ARAHG.ID..VDKLIEELNKVvgk.D
  35 CAAHG.IS..VDEIVADINKLf...-
  36 CAVHG.LN..VEELIKKLNK-....-
  37 CDVHG.VD..ADELVKKLNEAvg..N
  38 VKVHG.IN..LEELLEQLNK-....-
  39 AMVHG.ID..ADEIIKSLNYSkee.N
  40 AYVHG.MD..LDELLGRLNEYaqt.K
  41 ANVHG.LN..LDDLLKALN--....-
  42 CMHHG.LN..ADELETQINDAlagi-
  43 CLVHN.VD..PDELVEKLNEHlag.K
  44 ASVHK.VD..IGRLMEDLNRIin..A
  45 GNVHG.ID..VDKLVDDLNKFfee.K
  46 AGHHK.LD..IEALLEELNRTvit.P
  47 ARMHG.LD..LDQLLKDLNEAikn.R
  48 CIVHG.LD..ADVLAKKLNDFvvsv-
  49 CREHG.ID..RDKFLAALCDCvp..A
  50 AMVHG.ID..ADLLVEKINAAraa.K
  51 TMVHG.LN..LDLLLDVLNENntsv-
  52 AMVHG.ME..LDALLEALNK-....-
  53 AFVHG.MN..VNELLGRLNEYmet.K
  54 GNVHG.ID..VSLLIADLNKHfes.N
  55 SLVHG.ID..LDRLIKALSEDk...N
  56 CGAHG.LN..VDDVVRDLNALf...-
  57 AMVHG.ID..AELLVEKINAFln..A
  58 ANAHG.LN..VEDILRDLNAL....A
  59 CMVHG.IE..VDELLKNINEYfan.K
  60 AMGHG.ID..PDLLVAKLNATlea.S
  61 CREHG.VD..ADTFLSALCACt...-
  62 AEVHR.VG..IDGLLEELNRSi...A
  63 CAEYD.LD..EGEFLAELKMAigm.A
  64 CREHG.VD..RDSFVAALEATia..G
  65 AMAHG.ID..VPSLIKDLNKAign.Q
  66 AGVHK.VN..IEQLLSELNEHigs.G
  67 AGVHK.TD..LEKLLKELNELiq..S
  68 CREHD.VD..RDVFLVALRDAmad.Q
  69 AMVHG.ID..PNTIVAALNEDhke.E
  70 CEVHG.AD..CARLLEQLNGTal..-
  71 CAEYH.LD..EEVFRAALAEAvea.A
  72 CLVHG.LD..VEEILKQLNQ-....-
  73 CHEHG.IA..EAPFLAALRKAvak.S
  74 AREHD.LD..PASLARDLKRAvae.E
  75 AINHG.LD..PEQLLADLNAAv...K
  76 CREHM.ID..EGAFLEELRAAiaav-
  77 CAEYH.LD..EVVFRAALADAvea.A
  78 AYVHG.ID..SDLLVEKLNATina.K
  79 CAEYG.LD..EGEVRRALRLVvm..P
  80 AREHG.LE..PKALLAELRFIpcl.P
  81 CAEYG.LD..EGEVRRALRLVvm..P
  82 CREHG.VD..PDLFLSALSAAt...-
  83 IAVHG.LN..PDIIIEEVNMIlek.Q
  84 IEAHG.LD..TKAILAEINSLik..E
  85 CAEYG.LD..EDEFRRALRLLagi.-
  86 AQAHG.IP..LEEMLSALGVAe...A
  87 ASEYR.VD..ANLLKRDLMQMlke.R
  88 AAVHG.LD..AAELEVEINDYlak.K
  89 AAAHG.IP..LEELMSALGIS....A
  90 IEAHG.LD..AKAILDEINSLik..E
  91 IEAHG.LD..TKAILDEINSLik..E
  92 CMMHN.TD..VDKFVQELNEAayk.E
  93 AEAHG.IP..LAELLNALGIKe...-
  94 ATVHK.ID..VESLLCELNCSik..K
  95 ATVHK.ID..VESLLCELNCNik..K
  96 AAVHG.LD..AVELEQEINDYlak.K
  97 CMGYG.VE..VDVLVESLNNLled.S
  98 CMGYG.VE..VDVLIESLNNLled.S
  99 ATMHN.VD..PEVIIKELNEIiek.H
 100 AMVHG.IP..LEELAKKLGL-....-
 101 CEEYE.LD..EEVFRAELRRAarl.P
 102 AHAYH.ID..LDKLLEALNDAiag.H
 103 CMGYG.VE..VDTLIDSLNNLfae.E
 104 AQMHK.LD..PEKLLEAVNSVeqg.E
 105 AQMHK.LD..PEKLLEAVNSVeqg.E
 106 ARING.IV..LEHLLKDLLDAigv.G
 107 ATNHG.LD..VNELLTHLNALfde.P
 108 MMTHGkTDaqIDELVRRLNALlqe.P
 109 AAMSG.GD..MEKLLEKLNKAid..E
 110 -----.--..-----------....-