# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0325 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.033 0.017 0.002 0.032 0.020 0.034 0.126 0.002 0.001 0.070 0.665 2 K 0.023 0.018 0.003 0.022 0.031 0.043 0.140 0.002 0.001 0.061 0.656 3 F 0.023 0.037 0.002 0.041 0.023 0.026 0.152 0.004 0.001 0.032 0.659 4 T 0.450 0.084 0.003 0.013 0.008 0.009 0.057 0.008 0.001 0.235 0.132 5 K 0.045 0.225 0.001 0.015 0.008 0.017 0.097 0.004 0.001 0.050 0.539 6 D 0.018 0.312 0.001 0.011 0.006 0.014 0.077 0.002 0.001 0.039 0.520 7 M 0.009 0.536 0.002 0.054 0.050 0.054 0.057 0.002 0.001 0.044 0.192 8 T 0.008 0.905 0.001 0.008 0.006 0.004 0.013 0.002 0.001 0.024 0.029 9 F 0.029 0.888 0.001 0.004 0.004 0.006 0.009 0.010 0.001 0.025 0.023 10 A 0.038 0.792 0.003 0.009 0.008 0.012 0.019 0.005 0.001 0.046 0.068 11 Q 0.052 0.127 0.004 0.011 0.006 0.022 0.030 0.003 0.002 0.643 0.100 12 A 0.078 0.150 0.044 0.013 0.017 0.018 0.098 0.026 0.009 0.332 0.216 13 L 0.381 0.021 0.008 0.014 0.017 0.019 0.079 0.007 0.003 0.083 0.368 14 Q 0.012 0.007 0.001 0.006 0.004 0.014 0.090 0.001 0.001 0.015 0.850 15 T 0.004 0.014 0.001 0.006 0.002 0.004 0.097 0.001 0.001 0.007 0.863 16 H 0.701 0.078 0.003 0.001 0.003 0.002 0.043 0.007 0.001 0.030 0.132 17 P 0.041 0.188 0.002 0.004 0.003 0.005 0.112 0.003 0.001 0.040 0.602 18 G 0.016 0.475 0.002 0.010 0.003 0.006 0.067 0.001 0.001 0.034 0.386 19 V 0.027 0.737 0.001 0.017 0.008 0.014 0.030 0.008 0.001 0.054 0.104 20 A 0.015 0.713 0.002 0.022 0.007 0.009 0.032 0.004 0.001 0.064 0.131 21 G 0.026 0.381 0.004 0.061 0.027 0.042 0.032 0.003 0.001 0.267 0.158 22 V 0.042 0.437 0.011 0.026 0.015 0.026 0.070 0.009 0.004 0.222 0.140 23 L 0.065 0.071 0.202 0.043 0.025 0.026 0.067 0.022 0.104 0.238 0.137 24 R 0.479 0.031 0.006 0.016 0.012 0.026 0.060 0.009 0.004 0.036 0.320 25 S 0.054 0.014 0.002 0.021 0.004 0.010 0.074 0.004 0.001 0.026 0.790 26 Y 0.054 0.008 0.006 0.055 0.013 0.019 0.170 0.002 0.001 0.027 0.646 27 N 0.032 0.010 0.001 0.031 0.007 0.024 0.105 0.003 0.001 0.046 0.740 28 L 0.022 0.005 0.001 0.028 0.030 0.016 0.131 0.002 0.001 0.027 0.737 29 G 0.033 0.015 0.001 0.353 0.030 0.060 0.092 0.003 0.001 0.048 0.365 30 C 0.153 0.020 0.001 0.079 0.018 0.033 0.102 0.006 0.001 0.085 0.502 31 I 0.023 0.016 0.002 0.291 0.026 0.038 0.122 0.002 0.001 0.040 0.438 32 G 0.028 0.045 0.002 0.106 0.025 0.070 0.117 0.004 0.001 0.043 0.559 33 C 0.095 0.068 0.004 0.095 0.047 0.051 0.136 0.009 0.001 0.085 0.409 34 M 0.073 0.074 0.005 0.079 0.041 0.053 0.139 0.008 0.002 0.135 0.391 35 G 0.089 0.156 0.003 0.058 0.019 0.049 0.125 0.007 0.001 0.059 0.436 36 A 0.061 0.120 0.004 0.038 0.021 0.033 0.115 0.005 0.001 0.218 0.383 37 Q 0.038 0.363 0.003 0.024 0.016 0.026 0.078 0.007 0.001 0.089 0.356 38 N 0.046 0.525 0.002 0.011 0.011 0.017 0.049 0.008 0.001 0.047 0.284 39 E 0.012 0.543 0.005 0.029 0.030 0.032 0.047 0.003 0.001 0.060 0.240 40 S 0.009 0.884 0.002 0.002 0.003 0.003 0.008 0.003 0.001 0.049 0.036 41 L 0.031 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.023 0.013 42 E 0.025 0.674 0.007 0.002 0.004 0.004 0.015 0.006 0.001 0.204 0.057 43 Q 0.027 0.737 0.009 0.005 0.004 0.010 0.021 0.004 0.001 0.088 0.094 44 G 0.108 0.603 0.029 0.004 0.005 0.005 0.037 0.036 0.006 0.077 0.089 45 A 0.068 0.074 0.229 0.020 0.009 0.016 0.071 0.016 0.139 0.182 0.175 46 N 0.350 0.046 0.002 0.011 0.005 0.014 0.074 0.006 0.002 0.020 0.468 47 A 0.044 0.016 0.004 0.013 0.004 0.009 0.097 0.004 0.001 0.020 0.788 48 H 0.052 0.008 0.003 0.059 0.012 0.017 0.173 0.001 0.001 0.016 0.658 49 G 0.014 0.010 0.001 0.012 0.003 0.014 0.105 0.001 0.001 0.009 0.831 50 L 0.003 0.017 0.001 0.032 0.020 0.007 0.102 0.001 0.001 0.003 0.815 51 N 0.051 0.891 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.013 0.029 52 V 0.039 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.007 53 E 0.013 0.896 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.038 0.039 54 D 0.018 0.835 0.004 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.047 0.083 55 I 0.028 0.923 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.009 0.015 56 L 0.017 0.147 0.005 0.002 0.001 0.002 0.011 0.003 0.003 0.770 0.041 57 R 0.057 0.467 0.019 0.002 0.003 0.002 0.041 0.007 0.007 0.109 0.287 58 D 0.238 0.383 0.011 0.003 0.001 0.002 0.033 0.076 0.005 0.016 0.232 59 L 0.327 0.024 0.192 0.004 0.004 0.004 0.055 0.018 0.037 0.059 0.278 60 N 0.149 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.071 0.002 0.001 0.012 0.752 61 A 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.005 0.929 62 L 0.033 0.002 0.002 0.015 0.005 0.004 0.146 0.001 0.001 0.013 0.780 63 A 0.042 0.004 0.001 0.008 0.002 0.003 0.117 0.001 0.001 0.024 0.797