# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0325 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.026 0.026 0.016 0.031 0.047 0.130 0.065 0.658 2 K 0.014 0.025 0.019 0.021 0.044 0.113 0.037 0.727 3 F 0.045 0.040 0.020 0.025 0.028 0.113 0.039 0.690 4 T 0.227 0.143 0.021 0.017 0.020 0.058 0.282 0.231 5 K 0.053 0.344 0.014 0.011 0.016 0.065 0.111 0.386 6 D 0.028 0.356 0.038 0.009 0.023 0.078 0.079 0.389 7 M 0.014 0.453 0.053 0.047 0.033 0.072 0.090 0.238 8 T 0.013 0.860 0.017 0.006 0.010 0.015 0.025 0.054 9 F 0.023 0.921 0.009 0.002 0.003 0.004 0.024 0.015 10 A 0.033 0.715 0.031 0.010 0.010 0.015 0.127 0.059 11 Q 0.062 0.207 0.058 0.015 0.016 0.029 0.502 0.111 12 A 0.152 0.181 0.062 0.013 0.019 0.064 0.352 0.156 13 L 0.222 0.082 0.048 0.015 0.022 0.075 0.118 0.417 14 Q 0.016 0.017 0.013 0.008 0.014 0.086 0.034 0.812 15 T 0.018 0.019 0.009 0.004 0.005 0.090 0.040 0.816 16 H 0.311 0.151 0.010 0.008 0.007 0.104 0.097 0.311 17 P 0.075 0.119 0.015 0.004 0.006 0.124 0.039 0.618 18 G 0.030 0.335 0.022 0.009 0.015 0.086 0.043 0.459 19 V 0.025 0.751 0.018 0.005 0.008 0.026 0.045 0.121 20 A 0.029 0.754 0.026 0.011 0.011 0.023 0.071 0.076 21 G 0.029 0.362 0.129 0.037 0.037 0.029 0.274 0.103 22 V 0.062 0.359 0.096 0.025 0.039 0.049 0.245 0.125 23 L 0.080 0.107 0.274 0.031 0.046 0.046 0.273 0.143 24 R 0.194 0.115 0.052 0.044 0.056 0.073 0.084 0.382 25 S 0.038 0.018 0.028 0.009 0.016 0.075 0.055 0.762 26 Y 0.042 0.017 0.041 0.024 0.035 0.186 0.037 0.617 27 N 0.185 0.016 0.034 0.016 0.031 0.120 0.088 0.509 28 L 0.020 0.005 0.023 0.014 0.015 0.127 0.026 0.769 29 G 0.043 0.015 0.091 0.030 0.070 0.117 0.052 0.583 30 C 0.088 0.023 0.035 0.027 0.032 0.102 0.065 0.627 31 I 0.025 0.027 0.152 0.047 0.051 0.128 0.043 0.526 32 G 0.043 0.050 0.075 0.020 0.038 0.104 0.042 0.629 33 C 0.140 0.122 0.071 0.030 0.024 0.100 0.083 0.430 34 M 0.088 0.173 0.098 0.026 0.033 0.080 0.165 0.337 35 G 0.177 0.215 0.027 0.010 0.023 0.074 0.083 0.390 36 A 0.069 0.113 0.041 0.033 0.031 0.094 0.225 0.394 37 Q 0.024 0.393 0.014 0.008 0.015 0.068 0.102 0.376 38 N 0.034 0.748 0.006 0.003 0.006 0.026 0.046 0.131 39 E 0.011 0.663 0.020 0.018 0.012 0.041 0.087 0.148 40 S 0.015 0.905 0.003 0.002 0.003 0.007 0.044 0.023 41 L 0.031 0.919 0.002 0.001 0.001 0.004 0.032 0.011 42 E 0.010 0.643 0.011 0.005 0.006 0.013 0.264 0.048 43 Q 0.017 0.852 0.007 0.003 0.005 0.009 0.059 0.048 44 G 0.083 0.624 0.034 0.008 0.013 0.038 0.126 0.075 45 A 0.060 0.114 0.207 0.041 0.039 0.057 0.308 0.174 46 N 0.512 0.042 0.017 0.010 0.016 0.049 0.030 0.323 47 A 0.122 0.007 0.021 0.007 0.008 0.083 0.040 0.712 48 H 0.014 0.019 0.035 0.006 0.018 0.186 0.030 0.692 49 G 0.009 0.025 0.011 0.004 0.010 0.104 0.015 0.822 50 L 0.006 0.057 0.026 0.016 0.005 0.091 0.020 0.779 51 N 0.024 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 52 V 0.030 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 53 E 0.006 0.961 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.012 54 D 0.007 0.968 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 55 I 0.056 0.896 0.006 0.001 0.001 0.003 0.031 0.008 56 L 0.088 0.200 0.046 0.001 0.001 0.007 0.628 0.030 57 R 0.097 0.483 0.013 0.001 0.001 0.021 0.067 0.318 58 D 0.174 0.209 0.016 0.001 0.001 0.033 0.040 0.526 59 L 0.148 0.099 0.023 0.004 0.002 0.070 0.072 0.581 60 N 0.119 0.029 0.009 0.002 0.002 0.058 0.035 0.746 61 A 0.068 0.015 0.007 0.001 0.001 0.072 0.030 0.807 62 L 0.121 0.021 0.036 0.005 0.005 0.143 0.079 0.589 63 A 0.097 0.011 0.013 0.002 0.004 0.094 0.029 0.750