# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0325 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.605 0.167 0.046 0.068 0.041 0.024 0.022 0.012 0.008 0.005 0.002 2 K 0.262 0.209 0.053 0.188 0.140 0.064 0.044 0.020 0.011 0.006 0.003 3 F 0.033 0.022 0.015 0.038 0.034 0.056 0.126 0.135 0.194 0.164 0.183 4 T 0.102 0.258 0.072 0.216 0.177 0.072 0.055 0.023 0.013 0.007 0.003 5 K 0.286 0.275 0.114 0.141 0.073 0.043 0.033 0.016 0.011 0.006 0.003 6 D 0.180 0.089 0.044 0.191 0.184 0.133 0.098 0.037 0.025 0.014 0.007 7 M 0.066 0.047 0.031 0.074 0.077 0.101 0.181 0.142 0.124 0.092 0.064 8 T 0.032 0.157 0.084 0.244 0.215 0.109 0.086 0.034 0.022 0.013 0.004 9 F 0.003 0.004 0.009 0.012 0.016 0.026 0.081 0.152 0.240 0.230 0.227 10 A 0.033 0.049 0.075 0.228 0.221 0.150 0.123 0.044 0.036 0.032 0.010 11 Q 0.025 0.070 0.132 0.323 0.222 0.097 0.075 0.029 0.016 0.008 0.003 12 A 0.001 0.002 0.005 0.008 0.009 0.019 0.078 0.133 0.228 0.233 0.285 13 L 0.003 0.004 0.016 0.024 0.024 0.046 0.162 0.135 0.228 0.186 0.172 14 Q 0.008 0.030 0.264 0.245 0.208 0.097 0.075 0.035 0.021 0.013 0.005 15 T 0.024 0.040 0.105 0.153 0.184 0.191 0.196 0.057 0.029 0.014 0.006 16 H 0.074 0.059 0.046 0.083 0.073 0.091 0.175 0.130 0.121 0.098 0.050 17 P 0.286 0.143 0.045 0.094 0.087 0.082 0.115 0.068 0.041 0.025 0.015 18 G 0.348 0.216 0.126 0.144 0.071 0.034 0.025 0.015 0.010 0.007 0.003 19 V 0.050 0.065 0.040 0.087 0.080 0.109 0.163 0.119 0.132 0.094 0.060 20 A 0.017 0.024 0.015 0.062 0.083 0.150 0.219 0.157 0.127 0.088 0.057 21 G 0.165 0.154 0.175 0.211 0.109 0.071 0.052 0.027 0.019 0.012 0.005 22 V 0.007 0.016 0.039 0.083 0.097 0.124 0.200 0.159 0.131 0.084 0.059 23 L 0.004 0.005 0.011 0.014 0.012 0.020 0.071 0.090 0.212 0.257 0.305 24 R 0.006 0.018 0.072 0.160 0.199 0.189 0.186 0.076 0.052 0.027 0.015 25 S 0.038 0.099 0.276 0.223 0.155 0.083 0.062 0.027 0.019 0.012 0.006 26 Y 0.024 0.015 0.023 0.050 0.071 0.123 0.238 0.180 0.135 0.090 0.050 27 N 0.279 0.232 0.085 0.170 0.091 0.047 0.041 0.022 0.017 0.010 0.005 28 L 0.021 0.018 0.023 0.041 0.045 0.067 0.129 0.152 0.180 0.180 0.142 29 G 0.202 0.173 0.094 0.204 0.142 0.070 0.053 0.027 0.019 0.010 0.005 30 C 0.041 0.038 0.035 0.060 0.052 0.071 0.130 0.108 0.171 0.160 0.135 31 I 0.061 0.059 0.039 0.092 0.097 0.111 0.153 0.117 0.119 0.087 0.066 32 G 0.153 0.116 0.060 0.137 0.126 0.104 0.117 0.072 0.057 0.035 0.022 33 C 0.034 0.028 0.030 0.060 0.063 0.077 0.129 0.134 0.174 0.157 0.116 34 M 0.139 0.110 0.054 0.114 0.112 0.096 0.129 0.082 0.075 0.052 0.037 35 G 0.104 0.062 0.040 0.101 0.102 0.083 0.135 0.109 0.112 0.088 0.065 36 A 0.056 0.045 0.037 0.079 0.087 0.104 0.132 0.108 0.142 0.121 0.090 37 Q 0.070 0.103 0.066 0.158 0.148 0.116 0.142 0.072 0.062 0.041 0.023 38 N 0.066 0.050 0.048 0.126 0.139 0.123 0.158 0.101 0.089 0.059 0.040 39 E 0.040 0.031 0.048 0.074 0.096 0.116 0.168 0.139 0.119 0.098 0.071 40 S 0.031 0.096 0.112 0.205 0.162 0.117 0.128 0.058 0.046 0.033 0.013 41 L 0.002 0.003 0.007 0.009 0.013 0.025 0.085 0.161 0.231 0.233 0.230 42 E 0.030 0.041 0.119 0.231 0.230 0.130 0.102 0.042 0.034 0.033 0.010 43 Q 0.022 0.044 0.161 0.268 0.230 0.107 0.097 0.038 0.020 0.009 0.004 44 G 0.002 0.003 0.011 0.012 0.014 0.034 0.122 0.140 0.230 0.203 0.228 45 A 0.004 0.004 0.015 0.014 0.014 0.028 0.104 0.106 0.227 0.228 0.255 46 N 0.007 0.021 0.175 0.218 0.215 0.130 0.116 0.060 0.033 0.017 0.008 47 A 0.013 0.034 0.072 0.091 0.091 0.166 0.240 0.114 0.098 0.054 0.028 48 H 0.022 0.024 0.022 0.035 0.044 0.080 0.198 0.172 0.171 0.158 0.075 49 G 0.354 0.173 0.060 0.161 0.095 0.057 0.051 0.024 0.013 0.009 0.005 50 L 0.044 0.025 0.032 0.050 0.059 0.061 0.113 0.136 0.153 0.160 0.166 51 N 0.044 0.633 0.060 0.118 0.076 0.022 0.023 0.009 0.008 0.005 0.002 52 V 0.011 0.023 0.009 0.034 0.052 0.117 0.239 0.209 0.143 0.086 0.076 53 E 0.823 0.047 0.067 0.044 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.031 0.060 0.080 0.397 0.245 0.118 0.052 0.012 0.003 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.039 0.058 0.216 0.304 0.370 56 L 0.001 0.001 0.015 0.035 0.087 0.218 0.358 0.126 0.091 0.040 0.028 57 R 0.004 0.009 0.903 0.060 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.002 0.007 0.083 0.118 0.191 0.255 0.283 0.037 0.016 0.007 0.002 59 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.006 0.045 0.122 0.224 0.259 0.331 60 N 0.020 0.024 0.155 0.180 0.234 0.162 0.138 0.050 0.021 0.013 0.003 61 A 0.061 0.064 0.690 0.100 0.037 0.020 0.013 0.006 0.004 0.003 0.001 62 L 0.042 0.043 0.035 0.073 0.080 0.198 0.267 0.115 0.078 0.046 0.024 63 A 0.706 0.135 0.024 0.033 0.022 0.018 0.024 0.015 0.012 0.007 0.004