# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0325 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.072 0.016 0.004 0.029 0.032 0.044 0.134 0.004 0.001 0.006 0.658 2 K 0.058 0.008 0.003 0.031 0.020 0.031 0.075 0.005 0.001 0.005 0.763 3 F 0.097 0.018 0.016 0.075 0.044 0.069 0.131 0.002 0.001 0.005 0.543 4 T 0.067 0.017 0.003 0.071 0.081 0.147 0.185 0.001 0.001 0.005 0.423 5 K 0.009 0.006 0.001 0.028 0.013 0.026 0.049 0.001 0.001 0.006 0.862 6 D 0.017 0.011 0.002 0.021 0.007 0.014 0.509 0.001 0.001 0.005 0.413 7 M 0.465 0.025 0.001 0.020 0.011 0.014 0.293 0.001 0.001 0.031 0.141 8 T 0.080 0.117 0.007 0.018 0.009 0.011 0.335 0.003 0.001 0.006 0.413 9 F 0.050 0.234 0.020 0.086 0.052 0.113 0.122 0.001 0.001 0.005 0.316 10 A 0.012 0.329 0.002 0.021 0.026 0.049 0.101 0.001 0.001 0.002 0.456 11 Q 0.036 0.603 0.001 0.007 0.030 0.048 0.080 0.003 0.001 0.003 0.189 12 A 0.033 0.868 0.002 0.003 0.006 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.066 13 L 0.031 0.877 0.003 0.005 0.012 0.018 0.005 0.004 0.001 0.001 0.046 14 Q 0.055 0.846 0.003 0.003 0.010 0.008 0.003 0.013 0.001 0.001 0.058 15 T 0.236 0.578 0.011 0.004 0.005 0.008 0.007 0.056 0.001 0.001 0.093 16 H 0.257 0.519 0.041 0.010 0.004 0.011 0.017 0.051 0.001 0.001 0.089 17 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 18 G 0.010 0.016 0.037 0.007 0.005 0.009 0.194 0.002 0.001 0.003 0.718 19 V 0.418 0.065 0.012 0.017 0.003 0.007 0.153 0.002 0.001 0.007 0.316 20 A 0.059 0.526 0.004 0.033 0.013 0.023 0.033 0.001 0.001 0.002 0.306 21 G 0.030 0.448 0.004 0.045 0.025 0.031 0.038 0.001 0.001 0.003 0.375 22 V 0.039 0.559 0.002 0.039 0.025 0.023 0.024 0.004 0.001 0.001 0.284 23 L 0.032 0.748 0.002 0.022 0.031 0.043 0.017 0.004 0.001 0.001 0.101 24 R 0.034 0.726 0.003 0.025 0.053 0.042 0.014 0.006 0.001 0.001 0.095 25 S 0.084 0.631 0.006 0.024 0.034 0.036 0.030 0.027 0.001 0.001 0.127 26 Y 0.385 0.279 0.014 0.038 0.018 0.026 0.022 0.044 0.001 0.004 0.170 27 N 0.186 0.112 0.058 0.052 0.020 0.028 0.098 0.044 0.001 0.011 0.391 28 L 0.159 0.029 0.138 0.074 0.015 0.022 0.090 0.008 0.001 0.009 0.456 29 G 0.028 0.015 0.014 0.115 0.024 0.031 0.195 0.006 0.001 0.010 0.562 30 C 0.085 0.015 0.014 0.118 0.024 0.051 0.158 0.003 0.001 0.006 0.525 31 I 0.068 0.032 0.005 0.227 0.047 0.082 0.130 0.002 0.001 0.009 0.399 32 G 0.030 0.015 0.003 0.092 0.022 0.037 0.180 0.003 0.001 0.010 0.608 33 C 0.116 0.034 0.013 0.155 0.038 0.067 0.093 0.003 0.001 0.008 0.473 34 M 0.035 0.020 0.003 0.085 0.028 0.060 0.141 0.002 0.001 0.006 0.622 35 G 0.049 0.035 0.006 0.086 0.027 0.056 0.153 0.002 0.001 0.010 0.576 36 A 0.102 0.077 0.006 0.066 0.027 0.052 0.138 0.003 0.001 0.012 0.516 37 Q 0.082 0.084 0.005 0.046 0.019 0.034 0.214 0.004 0.001 0.007 0.506 38 N 0.160 0.145 0.011 0.053 0.013 0.039 0.080 0.005 0.001 0.006 0.489 39 E 0.108 0.188 0.015 0.047 0.020 0.027 0.115 0.003 0.001 0.010 0.466 40 S 0.035 0.140 0.012 0.018 0.005 0.009 0.241 0.003 0.001 0.004 0.533 41 L 0.058 0.408 0.010 0.048 0.005 0.026 0.046 0.003 0.001 0.004 0.391 42 E 0.012 0.562 0.002 0.007 0.003 0.006 0.137 0.001 0.001 0.003 0.267 43 Q 0.057 0.582 0.002 0.002 0.001 0.002 0.125 0.004 0.001 0.003 0.221 44 G 0.045 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.037 45 A 0.007 0.966 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 46 N 0.008 0.954 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.018 47 A 0.063 0.884 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 0.015 48 H 0.212 0.577 0.003 0.003 0.003 0.004 0.005 0.129 0.001 0.001 0.061 49 G 0.417 0.128 0.064 0.016 0.005 0.010 0.016 0.159 0.001 0.006 0.179 50 L 0.053 0.030 0.769 0.023 0.004 0.003 0.039 0.005 0.001 0.001 0.073 51 N 0.017 0.018 0.024 0.045 0.012 0.015 0.320 0.002 0.001 0.006 0.540 52 V 0.004 0.014 0.006 0.037 0.002 0.008 0.086 0.001 0.001 0.001 0.843 53 E 0.003 0.038 0.001 0.010 0.002 0.005 0.514 0.001 0.001 0.005 0.422 54 D 0.076 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.722 0.001 0.001 0.007 0.149 55 I 0.055 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 56 L 0.003 0.978 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 57 R 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 58 D 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 59 L 0.056 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.008 60 N 0.035 0.912 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.019 61 A 0.102 0.692 0.073 0.002 0.001 0.001 0.005 0.071 0.001 0.001 0.055 62 L 0.170 0.636 0.046 0.004 0.001 0.001 0.008 0.058 0.001 0.001 0.074 63 A 0.083 0.318 0.023 0.007 0.002 0.002 0.021 0.045 0.001 0.004 0.494