# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0325 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.031 0.007 0.025 0.025 0.027 0.070 0.007 0.808 2 K 0.024 0.005 0.026 0.021 0.024 0.037 0.004 0.859 3 F 0.066 0.007 0.079 0.035 0.062 0.090 0.007 0.655 4 T 0.035 0.017 0.113 0.071 0.096 0.116 0.005 0.548 5 K 0.013 0.010 0.043 0.016 0.036 0.073 0.003 0.806 6 D 0.037 0.021 0.025 0.008 0.019 0.450 0.007 0.433 7 M 0.370 0.055 0.049 0.014 0.014 0.204 0.017 0.277 8 T 0.065 0.140 0.033 0.017 0.018 0.341 0.008 0.378 9 F 0.034 0.281 0.072 0.026 0.094 0.118 0.006 0.368 10 A 0.015 0.598 0.021 0.017 0.051 0.090 0.003 0.205 11 Q 0.039 0.637 0.005 0.007 0.020 0.133 0.009 0.150 12 A 0.040 0.890 0.002 0.002 0.004 0.007 0.003 0.053 13 L 0.013 0.947 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.027 14 Q 0.044 0.901 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 0.034 15 T 0.099 0.726 0.010 0.002 0.002 0.002 0.088 0.069 16 H 0.263 0.471 0.022 0.009 0.009 0.012 0.034 0.180 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 G 0.010 0.039 0.011 0.010 0.016 0.207 0.006 0.701 19 V 0.399 0.106 0.025 0.003 0.003 0.060 0.014 0.391 20 A 0.054 0.590 0.040 0.014 0.015 0.034 0.004 0.250 21 G 0.036 0.427 0.043 0.019 0.025 0.049 0.005 0.395 22 V 0.041 0.618 0.026 0.017 0.029 0.031 0.005 0.234 23 L 0.028 0.830 0.010 0.013 0.030 0.014 0.006 0.068 24 R 0.037 0.852 0.011 0.011 0.021 0.008 0.009 0.051 25 S 0.086 0.761 0.012 0.011 0.011 0.006 0.031 0.082 26 Y 0.287 0.372 0.059 0.018 0.017 0.013 0.111 0.123 27 N 0.351 0.118 0.049 0.019 0.017 0.030 0.108 0.308 28 L 0.076 0.049 0.335 0.033 0.039 0.063 0.033 0.374 29 G 0.114 0.025 0.124 0.041 0.051 0.183 0.031 0.433 30 C 0.063 0.021 0.229 0.023 0.035 0.079 0.009 0.542 31 I 0.029 0.029 0.293 0.080 0.087 0.108 0.008 0.367 32 G 0.031 0.013 0.125 0.033 0.054 0.111 0.009 0.623 33 C 0.076 0.021 0.161 0.078 0.138 0.093 0.008 0.426 34 M 0.008 0.013 0.043 0.031 0.046 0.054 0.002 0.802 35 G 0.033 0.020 0.036 0.022 0.071 0.096 0.009 0.714 36 A 0.143 0.051 0.050 0.026 0.044 0.176 0.013 0.497 37 Q 0.175 0.071 0.041 0.021 0.032 0.165 0.020 0.474 38 N 0.221 0.108 0.057 0.020 0.032 0.081 0.021 0.460 39 E 0.268 0.114 0.091 0.028 0.040 0.161 0.018 0.282 40 S 0.056 0.191 0.034 0.020 0.030 0.171 0.010 0.487 41 L 0.077 0.295 0.057 0.019 0.084 0.078 0.011 0.379 42 E 0.029 0.209 0.014 0.006 0.020 0.401 0.006 0.315 43 Q 0.069 0.379 0.004 0.002 0.006 0.188 0.008 0.344 44 G 0.024 0.883 0.002 0.001 0.002 0.008 0.002 0.078 45 A 0.005 0.959 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.025 46 N 0.042 0.880 0.004 0.002 0.004 0.005 0.017 0.047 47 A 0.056 0.865 0.018 0.003 0.004 0.003 0.011 0.040 48 H 0.052 0.829 0.016 0.008 0.006 0.005 0.026 0.058 49 G 0.410 0.150 0.055 0.009 0.007 0.020 0.100 0.249 50 L 0.142 0.092 0.517 0.021 0.012 0.055 0.015 0.147 51 N 0.037 0.055 0.051 0.013 0.019 0.373 0.008 0.443 52 V 0.039 0.046 0.050 0.004 0.023 0.033 0.004 0.801 53 E 0.007 0.032 0.012 0.002 0.007 0.412 0.002 0.527 54 D 0.036 0.027 0.002 0.001 0.001 0.566 0.003 0.365 55 I 0.030 0.799 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.135 56 L 0.004 0.932 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.058 57 R 0.006 0.923 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.062 58 D 0.046 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 59 L 0.045 0.924 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 60 N 0.100 0.772 0.009 0.004 0.004 0.008 0.032 0.073 61 A 0.122 0.647 0.054 0.005 0.004 0.013 0.039 0.116 62 L 0.257 0.354 0.049 0.005 0.008 0.038 0.061 0.229 63 A 0.095 0.238 0.087 0.009 0.008 0.058 0.031 0.474