# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0325 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.099 0.225 0.114 0.029 0.241 0.027 0.035 0.053 0.049 0.074 0.054 2 K 0.201 0.177 0.031 0.007 0.420 0.007 0.020 0.042 0.022 0.037 0.036 3 F 0.157 0.207 0.048 0.019 0.261 0.023 0.024 0.047 0.035 0.077 0.103 4 T 0.113 0.227 0.275 0.038 0.224 0.027 0.013 0.036 0.015 0.012 0.019 5 K 0.010 0.037 0.018 0.011 0.020 0.036 0.083 0.452 0.297 0.029 0.007 6 D 0.047 0.064 0.029 0.013 0.054 0.013 0.041 0.217 0.092 0.376 0.053 7 M 0.065 0.353 0.081 0.004 0.246 0.006 0.012 0.127 0.032 0.044 0.031 8 T 0.084 0.344 0.065 0.003 0.161 0.005 0.012 0.240 0.027 0.024 0.035 9 F 0.029 0.013 0.002 0.001 0.021 0.002 0.002 0.769 0.144 0.010 0.009 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.911 0.072 0.002 0.001 11 Q 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.920 0.056 0.006 0.001 12 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.893 0.078 0.006 0.001 13 L 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.012 0.703 0.248 0.013 0.002 14 Q 0.005 0.012 0.004 0.001 0.011 0.004 0.073 0.750 0.124 0.013 0.003 15 T 0.016 0.063 0.042 0.008 0.032 0.014 0.218 0.270 0.134 0.184 0.018 16 H 0.090 0.320 0.221 0.009 0.217 0.007 0.012 0.043 0.016 0.031 0.035 17 P 0.016 0.055 0.013 0.009 0.024 0.027 0.081 0.400 0.281 0.076 0.018 18 G 0.014 0.042 0.042 0.019 0.022 0.017 0.066 0.415 0.123 0.216 0.023 19 V 0.057 0.050 0.017 0.005 0.064 0.004 0.008 0.459 0.135 0.162 0.038 20 A 0.019 0.028 0.008 0.003 0.031 0.007 0.008 0.698 0.163 0.025 0.010 21 G 0.013 0.019 0.009 0.003 0.029 0.006 0.016 0.802 0.083 0.016 0.004 22 V 0.023 0.014 0.004 0.002 0.027 0.002 0.017 0.806 0.080 0.018 0.007 23 L 0.025 0.012 0.003 0.004 0.029 0.007 0.021 0.737 0.133 0.021 0.008 24 R 0.009 0.036 0.013 0.005 0.019 0.013 0.053 0.685 0.144 0.018 0.005 25 S 0.038 0.030 0.027 0.011 0.057 0.018 0.087 0.404 0.107 0.173 0.048 26 Y 0.031 0.463 0.182 0.014 0.098 0.019 0.059 0.058 0.028 0.034 0.013 27 N 0.116 0.043 0.047 0.029 0.067 0.026 0.030 0.046 0.026 0.286 0.284 28 L 0.058 0.355 0.118 0.044 0.177 0.019 0.028 0.060 0.055 0.059 0.025 29 G 0.058 0.124 0.134 0.150 0.082 0.085 0.053 0.096 0.062 0.096 0.060 30 C 0.147 0.093 0.069 0.050 0.201 0.022 0.038 0.119 0.085 0.103 0.073 31 I 0.069 0.130 0.058 0.046 0.137 0.051 0.074 0.167 0.114 0.116 0.040 32 G 0.066 0.142 0.154 0.103 0.094 0.043 0.037 0.097 0.061 0.154 0.050 33 C 0.119 0.210 0.121 0.027 0.274 0.012 0.014 0.069 0.047 0.060 0.047 34 M 0.063 0.095 0.038 0.016 0.099 0.038 0.064 0.283 0.191 0.080 0.032 35 G 0.053 0.097 0.057 0.022 0.074 0.029 0.074 0.319 0.100 0.135 0.039 36 A 0.084 0.141 0.079 0.024 0.130 0.019 0.023 0.269 0.082 0.103 0.045 37 Q 0.021 0.059 0.025 0.018 0.031 0.028 0.030 0.558 0.156 0.058 0.017 38 N 0.018 0.021 0.013 0.009 0.025 0.010 0.015 0.608 0.149 0.111 0.020 39 E 0.011 0.051 0.024 0.004 0.026 0.006 0.015 0.756 0.079 0.024 0.006 40 S 0.011 0.029 0.008 0.001 0.015 0.001 0.007 0.862 0.041 0.017 0.007 41 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.911 0.077 0.004 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.046 0.001 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.035 0.002 0.001 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.953 0.035 0.003 0.001 45 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.900 0.080 0.003 0.001 46 N 0.003 0.010 0.002 0.001 0.005 0.002 0.028 0.801 0.132 0.014 0.004 47 A 0.010 0.009 0.010 0.003 0.009 0.016 0.127 0.606 0.114 0.064 0.031 48 H 0.005 0.653 0.171 0.011 0.037 0.015 0.060 0.025 0.009 0.010 0.004 49 G 0.025 0.005 0.005 0.008 0.007 0.006 0.004 0.011 0.009 0.583 0.338 50 L 0.010 0.642 0.205 0.010 0.081 0.005 0.007 0.014 0.006 0.014 0.007 51 N 0.062 0.536 0.238 0.005 0.107 0.002 0.001 0.012 0.002 0.007 0.028 52 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.664 0.323 0.003 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.913 0.079 0.002 0.001 54 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.032 0.009 0.001 55 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.029 0.007 0.002 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.098 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.932 0.063 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.910 0.054 0.010 0.001 59 L 0.015 0.013 0.003 0.003 0.020 0.004 0.032 0.696 0.139 0.065 0.011 60 N 0.006 0.005 0.003 0.004 0.005 0.008 0.023 0.681 0.197 0.057 0.010 61 A 0.009 0.015 0.007 0.003 0.015 0.005 0.074 0.488 0.175 0.198 0.012 62 L 0.059 0.227 0.125 0.014 0.160 0.016 0.060 0.154 0.075 0.082 0.028 63 A 0.071 0.175 0.099 0.030 0.115 0.035 0.059 0.174 0.082 0.101 0.058