# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0325 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.799 0.160 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 2 K 0.685 0.249 0.050 0.012 0.003 0.001 0.001 3 F 0.207 0.159 0.267 0.252 0.099 0.016 0.001 4 T 0.559 0.282 0.113 0.034 0.010 0.002 0.001 5 K 0.543 0.271 0.111 0.054 0.017 0.004 0.001 6 D 0.490 0.323 0.113 0.047 0.021 0.006 0.001 7 M 0.144 0.146 0.228 0.274 0.161 0.042 0.003 8 T 0.179 0.292 0.277 0.147 0.080 0.022 0.003 9 F 0.041 0.067 0.106 0.189 0.271 0.271 0.055 10 A 0.072 0.164 0.259 0.258 0.175 0.067 0.006 11 Q 0.105 0.260 0.290 0.225 0.084 0.032 0.004 12 A 0.017 0.029 0.069 0.166 0.315 0.331 0.073 13 L 0.024 0.037 0.060 0.152 0.293 0.349 0.085 14 Q 0.118 0.272 0.290 0.201 0.082 0.033 0.005 15 T 0.132 0.255 0.260 0.219 0.092 0.037 0.004 16 H 0.058 0.104 0.161 0.248 0.252 0.159 0.018 17 P 0.132 0.172 0.210 0.223 0.178 0.076 0.008 18 G 0.163 0.290 0.249 0.160 0.094 0.038 0.007 19 V 0.052 0.104 0.139 0.221 0.264 0.178 0.042 20 A 0.026 0.066 0.126 0.234 0.301 0.217 0.030 21 G 0.076 0.219 0.247 0.225 0.149 0.074 0.010 22 V 0.014 0.042 0.119 0.246 0.317 0.218 0.043 23 L 0.010 0.018 0.027 0.076 0.223 0.469 0.177 24 R 0.035 0.135 0.242 0.313 0.188 0.076 0.011 25 S 0.138 0.294 0.237 0.210 0.078 0.037 0.007 26 Y 0.049 0.087 0.191 0.300 0.241 0.120 0.012 27 N 0.140 0.227 0.216 0.218 0.116 0.070 0.013 28 L 0.064 0.065 0.113 0.180 0.267 0.244 0.066 29 G 0.148 0.197 0.176 0.202 0.131 0.102 0.044 30 C 0.085 0.073 0.081 0.111 0.171 0.274 0.205 31 I 0.094 0.079 0.072 0.114 0.138 0.237 0.266 32 G 0.162 0.130 0.108 0.134 0.141 0.155 0.170 33 C 0.078 0.059 0.051 0.084 0.118 0.246 0.363 34 M 0.084 0.075 0.071 0.110 0.149 0.241 0.270 35 G 0.102 0.104 0.091 0.139 0.164 0.210 0.190 36 A 0.106 0.118 0.118 0.145 0.174 0.196 0.142 37 Q 0.080 0.121 0.141 0.166 0.173 0.192 0.127 38 N 0.061 0.092 0.114 0.174 0.222 0.210 0.128 39 E 0.063 0.094 0.128 0.187 0.257 0.201 0.069 40 S 0.073 0.159 0.199 0.207 0.192 0.121 0.049 41 L 0.015 0.026 0.039 0.101 0.211 0.389 0.219 42 E 0.041 0.116 0.230 0.291 0.203 0.102 0.018 43 Q 0.069 0.177 0.306 0.280 0.103 0.055 0.010 44 G 0.028 0.037 0.064 0.174 0.282 0.334 0.081 45 A 0.039 0.038 0.064 0.141 0.242 0.355 0.122 46 N 0.071 0.200 0.290 0.248 0.107 0.069 0.016 47 A 0.134 0.208 0.204 0.193 0.160 0.083 0.018 48 H 0.067 0.102 0.134 0.219 0.263 0.188 0.027 49 G 0.222 0.379 0.232 0.096 0.050 0.019 0.002 50 L 0.054 0.097 0.205 0.344 0.226 0.068 0.007 51 N 0.151 0.306 0.257 0.158 0.099 0.028 0.002 52 V 0.032 0.074 0.153 0.339 0.258 0.138 0.006 53 E 0.460 0.448 0.071 0.015 0.006 0.001 0.001 54 D 0.154 0.440 0.266 0.124 0.014 0.001 0.001 55 I 0.009 0.021 0.049 0.130 0.497 0.280 0.014 56 L 0.011 0.070 0.226 0.508 0.157 0.029 0.001 57 R 0.487 0.454 0.047 0.008 0.003 0.001 0.001 58 D 0.126 0.320 0.314 0.208 0.030 0.003 0.001 59 L 0.048 0.055 0.152 0.272 0.374 0.096 0.002 60 N 0.411 0.377 0.154 0.044 0.012 0.001 0.001 61 A 0.762 0.208 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 62 L 0.560 0.228 0.115 0.071 0.022 0.004 0.001 63 A 0.678 0.211 0.070 0.029 0.010 0.002 0.001