# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.0325 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.611 0.163 0.093 0.057 0.036 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 K 0.222 0.146 0.154 0.172 0.170 0.067 0.034 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 F 0.138 0.060 0.068 0.126 0.158 0.161 0.121 0.092 0.039 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 4 T 0.325 0.199 0.175 0.125 0.082 0.046 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.316 0.129 0.122 0.136 0.122 0.076 0.044 0.026 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 6 D 0.131 0.149 0.146 0.178 0.192 0.097 0.053 0.024 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 7 M 0.153 0.089 0.100 0.132 0.124 0.139 0.110 0.078 0.037 0.021 0.011 0.003 0.002 0.001 8 T 0.086 0.089 0.110 0.162 0.187 0.157 0.106 0.056 0.026 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 9 F 0.020 0.012 0.025 0.050 0.104 0.173 0.174 0.151 0.141 0.078 0.044 0.017 0.008 0.002 10 A 0.080 0.105 0.136 0.181 0.190 0.129 0.083 0.045 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 11 Q 0.248 0.196 0.166 0.140 0.102 0.060 0.034 0.023 0.015 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 12 A 0.024 0.021 0.036 0.119 0.174 0.196 0.178 0.139 0.069 0.029 0.008 0.004 0.001 0.001 13 L 0.034 0.033 0.058 0.115 0.161 0.188 0.180 0.110 0.072 0.031 0.012 0.004 0.002 0.001 14 Q 0.410 0.250 0.156 0.090 0.045 0.023 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.239 0.169 0.171 0.147 0.121 0.080 0.040 0.015 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 16 H 0.146 0.110 0.139 0.155 0.174 0.125 0.080 0.038 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 17 P 0.340 0.210 0.160 0.107 0.083 0.049 0.026 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.317 0.177 0.156 0.128 0.103 0.059 0.032 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 19 V 0.082 0.068 0.084 0.134 0.185 0.167 0.128 0.076 0.047 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 20 A 0.063 0.072 0.110 0.144 0.185 0.176 0.123 0.065 0.032 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 21 G 0.339 0.221 0.161 0.107 0.076 0.041 0.025 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 22 V 0.058 0.050 0.078 0.152 0.182 0.177 0.138 0.089 0.040 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 23 L 0.040 0.031 0.053 0.103 0.161 0.175 0.164 0.123 0.094 0.036 0.012 0.005 0.002 0.001 24 R 0.245 0.202 0.161 0.169 0.097 0.057 0.036 0.017 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 25 S 0.391 0.213 0.156 0.090 0.065 0.040 0.021 0.009 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 26 Y 0.085 0.070 0.106 0.173 0.188 0.166 0.099 0.057 0.028 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 27 N 0.242 0.174 0.159 0.123 0.119 0.076 0.050 0.028 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 28 L 0.078 0.048 0.060 0.110 0.161 0.151 0.116 0.106 0.072 0.059 0.020 0.011 0.006 0.002 29 G 0.144 0.097 0.095 0.128 0.120 0.119 0.106 0.073 0.051 0.028 0.022 0.011 0.004 0.003 30 C 0.065 0.033 0.044 0.068 0.104 0.126 0.107 0.093 0.112 0.092 0.076 0.051 0.018 0.010 31 I 0.080 0.037 0.040 0.063 0.071 0.099 0.120 0.129 0.121 0.079 0.071 0.057 0.024 0.009 32 G 0.096 0.058 0.065 0.078 0.089 0.098 0.108 0.113 0.096 0.070 0.065 0.036 0.018 0.010 33 C 0.066 0.037 0.043 0.058 0.081 0.103 0.110 0.116 0.111 0.103 0.086 0.050 0.024 0.012 34 M 0.097 0.049 0.058 0.080 0.104 0.121 0.120 0.085 0.091 0.072 0.053 0.039 0.019 0.012 35 G 0.084 0.058 0.059 0.101 0.124 0.131 0.136 0.091 0.089 0.058 0.036 0.020 0.008 0.006 36 A 0.076 0.058 0.068 0.099 0.111 0.147 0.137 0.106 0.086 0.049 0.036 0.016 0.008 0.003 37 Q 0.081 0.097 0.115 0.160 0.155 0.131 0.109 0.059 0.045 0.023 0.016 0.006 0.002 0.002 38 N 0.062 0.068 0.103 0.115 0.165 0.151 0.133 0.086 0.062 0.030 0.017 0.006 0.002 0.001 39 E 0.177 0.121 0.134 0.140 0.128 0.114 0.076 0.053 0.027 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 40 S 0.108 0.120 0.129 0.182 0.196 0.103 0.069 0.049 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 41 L 0.018 0.010 0.022 0.044 0.078 0.147 0.207 0.236 0.134 0.067 0.022 0.009 0.004 0.001 42 E 0.084 0.121 0.184 0.194 0.182 0.116 0.065 0.031 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 43 Q 0.304 0.227 0.168 0.121 0.093 0.039 0.021 0.013 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 44 G 0.031 0.037 0.055 0.158 0.190 0.187 0.176 0.109 0.036 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 45 A 0.028 0.036 0.065 0.107 0.153 0.186 0.195 0.118 0.072 0.025 0.010 0.003 0.002 0.001 46 N 0.324 0.232 0.155 0.118 0.068 0.046 0.029 0.016 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 47 A 0.194 0.134 0.156 0.124 0.136 0.115 0.072 0.027 0.022 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 48 H 0.063 0.051 0.083 0.151 0.220 0.191 0.117 0.053 0.036 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 49 G 0.285 0.196 0.196 0.114 0.093 0.054 0.032 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 50 L 0.280 0.101 0.096 0.134 0.148 0.098 0.052 0.046 0.022 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 51 N 0.188 0.190 0.153 0.195 0.120 0.074 0.042 0.019 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 52 V 0.053 0.052 0.078 0.143 0.192 0.210 0.111 0.061 0.068 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 53 E 0.508 0.271 0.121 0.056 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.426 0.341 0.167 0.044 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.021 0.022 0.035 0.108 0.235 0.282 0.132 0.092 0.063 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 56 L 0.034 0.085 0.115 0.355 0.244 0.073 0.051 0.021 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 57 R 0.816 0.166 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.184 0.282 0.250 0.123 0.103 0.040 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.022 0.023 0.068 0.141 0.250 0.187 0.188 0.087 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 60 N 0.486 0.241 0.137 0.060 0.043 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.634 0.171 0.100 0.053 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.168 0.108 0.128 0.186 0.188 0.116 0.060 0.025 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 63 A 0.363 0.190 0.177 0.093 0.080 0.049 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001