# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.6664 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.004 0.006 0.066 0.033 0.074 0.010 0.110 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.036 0.025 0.207 0.064 0.099 0.228 0.001 2 K 0.005 0.005 0.041 0.038 0.088 0.016 0.145 0.046 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.005 0.043 0.050 0.176 0.100 0.126 0.097 0.003 3 F 0.006 0.007 0.039 0.036 0.108 0.002 0.069 0.027 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.098 0.045 0.140 0.083 0.141 0.175 0.002 4 T 0.004 0.004 0.049 0.038 0.047 0.002 0.022 0.024 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.065 0.053 0.060 0.026 0.218 0.372 0.001 5 K 0.002 0.002 0.016 0.017 0.056 0.003 0.040 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.043 0.024 0.642 0.043 0.021 0.062 0.001 6 D 0.002 0.003 0.010 0.014 0.033 0.009 0.513 0.100 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.019 0.026 0.058 0.071 0.063 0.065 0.001 7 M 0.004 0.004 0.043 0.028 0.028 0.004 0.039 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.055 0.029 0.189 0.141 0.135 0.181 0.001 8 T 0.003 0.005 0.013 0.008 0.094 0.004 0.026 0.361 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.062 0.094 0.031 0.082 0.189 0.001 9 F 0.003 0.003 0.007 0.008 0.013 0.004 0.035 0.503 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.051 0.008 0.319 0.015 0.011 0.012 0.001 10 A 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.021 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.002 0.001 0.002 0.001 11 Q 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.019 0.028 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 12 A 0.002 0.005 0.001 0.003 0.016 0.005 0.026 0.854 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.046 0.009 0.003 0.003 0.001 13 L 0.006 0.007 0.006 0.009 0.013 0.015 0.085 0.678 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.097 0.010 0.007 0.013 0.001 14 Q 0.003 0.005 0.010 0.011 0.015 0.043 0.172 0.412 0.076 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.159 0.027 0.010 0.028 0.001 15 T 0.001 0.001 0.003 0.004 0.025 0.015 0.364 0.098 0.037 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.267 0.084 0.031 0.047 0.001 16 H 0.001 0.001 0.010 0.009 0.007 0.001 0.026 0.044 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.080 0.075 0.292 0.436 0.001 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.020 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.805 0.032 0.020 0.063 0.001 18 G 0.001 0.001 0.008 0.005 0.002 0.038 0.451 0.244 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.102 0.051 0.040 0.039 0.001 19 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.045 0.003 0.088 0.201 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.031 0.228 0.191 0.110 0.077 0.001 20 A 0.001 0.002 0.019 0.010 0.012 0.005 0.033 0.510 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.013 0.236 0.018 0.033 0.067 0.001 21 G 0.002 0.003 0.004 0.003 0.009 0.031 0.028 0.799 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.086 0.009 0.004 0.007 0.001 22 V 0.002 0.004 0.001 0.002 0.013 0.008 0.026 0.897 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.024 0.003 0.002 0.003 0.001 23 L 0.003 0.005 0.004 0.004 0.013 0.002 0.034 0.851 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.006 0.028 0.006 0.003 0.007 0.001 24 R 0.006 0.006 0.006 0.009 0.008 0.023 0.107 0.681 0.024 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.003 0.085 0.006 0.005 0.008 0.001 25 S 0.003 0.003 0.006 0.010 0.015 0.044 0.255 0.137 0.210 0.072 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.003 0.152 0.051 0.011 0.011 0.001 26 Y 0.003 0.003 0.011 0.009 0.015 0.014 0.456 0.070 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 0.173 0.059 0.050 0.089 0.001 27 N 0.001 0.001 0.008 0.006 0.020 0.005 0.080 0.011 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.009 0.152 0.432 0.154 0.089 0.001 28 L 0.001 0.001 0.019 0.008 0.023 0.006 0.058 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.056 0.237 0.051 0.156 0.328 0.001 29 G 0.002 0.003 0.036 0.017 0.039 0.005 0.083 0.015 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.098 0.043 0.184 0.124 0.146 0.180 0.003 30 C 0.002 0.002 0.026 0.021 0.043 0.006 0.043 0.011 0.004 0.001 0.003 0.003 0.005 0.029 0.075 0.099 0.129 0.059 0.239 0.196 0.003 31 I 0.002 0.003 0.036 0.019 0.033 0.002 0.044 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.032 0.184 0.076 0.305 0.031 0.065 0.145 0.002 32 G 0.005 0.006 0.024 0.028 0.066 0.009 0.157 0.017 0.002 0.001 0.004 0.003 0.010 0.031 0.082 0.130 0.111 0.099 0.088 0.125 0.004 33 C 0.006 0.006 0.056 0.038 0.055 0.003 0.022 0.016 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.017 0.080 0.066 0.071 0.046 0.187 0.318 0.001 34 M 0.005 0.005 0.028 0.023 0.067 0.003 0.037 0.036 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.012 0.089 0.062 0.408 0.033 0.058 0.121 0.002 35 G 0.006 0.008 0.027 0.034 0.041 0.020 0.209 0.106 0.005 0.001 0.004 0.003 0.007 0.014 0.060 0.043 0.155 0.074 0.082 0.099 0.002 36 A 0.005 0.005 0.029 0.023 0.041 0.007 0.126 0.116 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.008 0.041 0.055 0.215 0.061 0.092 0.159 0.001 37 Q 0.004 0.004 0.015 0.016 0.053 0.006 0.173 0.112 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.028 0.027 0.341 0.087 0.053 0.066 0.001 38 N 0.004 0.005 0.022 0.017 0.028 0.012 0.153 0.308 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.024 0.017 0.176 0.089 0.059 0.069 0.001 39 E 0.004 0.004 0.022 0.012 0.010 0.024 0.053 0.464 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 0.007 0.278 0.032 0.024 0.040 0.001 40 S 0.002 0.003 0.003 0.004 0.063 0.005 0.052 0.617 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.027 0.068 0.054 0.036 0.045 0.001 41 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.002 0.015 0.578 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 0.305 0.009 0.011 0.019 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.858 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.002 0.001 0.002 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.045 0.896 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.013 0.928 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.006 0.001 0.002 0.001 45 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.042 0.875 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 0.003 0.001 0.006 0.001 46 N 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.041 0.159 0.574 0.108 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 0.012 0.005 0.007 0.001 47 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 0.011 0.289 0.060 0.105 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.338 0.049 0.028 0.026 0.001 48 H 0.001 0.001 0.008 0.004 0.009 0.004 0.307 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.099 0.164 0.124 0.245 0.001 49 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.005 0.074 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.071 0.155 0.491 0.091 0.068 0.001 50 L 0.001 0.001 0.024 0.009 0.008 0.003 0.018 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.048 0.034 0.095 0.056 0.264 0.416 0.001 51 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.009 0.010 0.306 0.612 0.001 52 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.051 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.002 0.001 54 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.085 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.053 0.007 0.002 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 0.002 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 0.953 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.072 0.845 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.696 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.154 0.045 0.022 0.011 0.001 60 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.069 0.620 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.014 0.003 0.006 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.254 0.534 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.025 0.005 0.007 0.001 62 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.007 0.116 0.420 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.173 0.092 0.061 0.072 0.001 63 A 0.001 0.001 0.009 0.005 0.016 0.009 0.107 0.253 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.018 0.282 0.088 0.097 0.074 0.001