(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • TR469 GsR195, Geobacter sulfurreducens PCA, 65 residues
                    10             20              30            40    
                    |              |               |             |    
   1 ....QK.FT.KDMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RS.YNLG.CIG....CMGAQNESLEQG
   2 m...-Q.IT.KDMTIGEIVRNF....PN.SIEIL....MS.FGMG.CVG....CPSAQGESLEQA
   3 m...-Q.IT.KDMTIGEIVRNF....PS.SIEIL....MS.FGMG.CVG....CPSAQGESLEQA
   4 mv..-Q.IT.KDTIIGDILDIA....PE.TAPLF....LS.IGMH.CLG....CPSSRGETVEQA
   5 ms..EK.VT.KDMTISEVLKKN....PK.TAEVF....MK.HGMQ.CLG....CPSAAGETVEQA
   6 m...-K.IT.KDMIIADIIAID....QN.LIPIL....LD.TGMH.CIG....CPSAQGESLEEA
   7 m...-K.IS.KDMTIGEVVRNH....PE.CVEVL....FN.FGLG.CVG....CPSAQAETIEEA
   8 ....-M.IT.KDMTIGEILRVK....PE.SAQVL....MD.MGMG.CLG....CPSAQFETLEQA
   9 m...-T.IT.KEMTITEVVTKY....PK.TIPIF....YK.HGMG.CLG....CAAAQFENIEQG
  10 m...-K.IT.KDMIIADVLQMD....RG.TAPIF....IN.NGMH.CLG....CPSSMGESIEDA
  11 sts.DE.IT.KDTVIGDILKIN....PE.SASTL....ME.AGMH.CLG....CPASQMETLEEA
  12 vqp.GK.IT.KDSIIGQVIRDN....PR.TIAVF....RA.HGMG.CLG....CPSASGESVEKA
  13 m...AT.IT.KEMSITEVVSKY....PQ.TVPVF....ME.HGMG.CLG....CAAARFENIEQG
  14 ma..DK.IT.KDMTFFAVMQAY....PQ.SLDVL....RK.HRLG.CVG....CMGAQNESLEQG
  15 m...EK.IT.KDTLIGNALKIN....PN.SASIL....MS.FGMG.CLG....CPSSQMETIEQA
  16 tap.KQ.VT.RDTIIGDILDMD....QT.TAPYF....ME.IGMH.CLG....CPASRGETIEEA
  17 m...SK.IT.RDMTMGYIVKEF....PQ.TVEVF....QR.YGMG.CLS....CPTAQLESLEKG
  18 ....-M.IT.KDWTITDIVEKY....PK.TTEIL....MN.HGMH.CFG....CMAARFENIEQG
  19 m...AK.VT.KDMIISDVLNMD....KG.TVPIF....LE.SGMH.CLG....CPSSSGESIEDA
  20 m...-T.IT.RDMLIGDLLRMK....PE.AASIL....MG.FGMG.CLG....CPSSQMESLEQA
  21 ....-M.IT.KDMTIGEVIRKM....PT.AAEVL....MS.FGMG.CVG....CPSAQAETLEEA
  22 ....-M.IT.KDMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LE.LGMH.CLG....CPSSTMESIEGA
  23 m...PR.IT.TDTIIADVLRID....RG.TIPIF....LN.NGLH.CLG....CPSAQGESIEEA
  24 ....-M.IT.KDMTIGEVVKND....SS.KAEVL....MS.FGMG.CVG....CPSAQAETIEEA
  25 m...-Q.IT.KDMGIMDIVNKY....PQ.AVSVF....QA.YGMG.CIG....CMAARFETLEEG
  26 m...AL.IT.KDMTVGQVLRSY....PQ.TVQTF....LE.LGMH.CLG....CPSSTMESIEGA
  27 ....-M.IT.KDMVIQEIVTKY....PQ.TLPVF....GQ.FNMG.CLG....CSGALFETLEQG
  28 m...AQ.VT.KDMTFAAVMRMH....PD.VVKVL....AK.YNLG.CIG....CMGAQNESLEQG
  29 m...AE.FS.KDTKIGELIDQF....PE.SAPIL....ME.IGMH.CLG....CPASQMETLEEA
  30 sen.GV.IT.KDMIIADIVSED....AE.NTKIL....ME.FGMH.CIG....CPSSQMETLEDA
  31 m...SQ.VT.KDMTFAAVMRMH....PD.VVKVL....AK.YNLG.CIG....CMGAQNESLEQG
  32 ....-M.IT.KDMTIGEVVSAD....QS.KAQVL....MS.FGMG.CVG....CPSAQAETIAEA
  33 m...AK.VT.KDMLIGQLITLD....PN.IAPIL....MR.AGMH.CLG....CPSSQMESLEEA
  34 ms..QQ.FT.KDMTFAQALQAN....PE.VAKVL....RK.YNLG.CIG....CMGAQNESLEQG
  35 ms..DK.IT.KDMKFSEILNYG....QP.VVQVF....MK.YQMG.CLG....CAVAKFETLEQG
  36 tn..EMaIS.KDMIIADLIALD....PN.YAAIL....MA.SGMG.CVG....CPSSQGESIEQA
  37 m...AQ.IS.KTMTISEILSVD....KV.VIPVL....MN.SGMH.CLG....CPSAQGETLEEA
  38 rrki-M.IT.KDMTVGEIIRIK....EN.AAEIL....MS.FGMG.CIG....CPSAQSESLEDA
  39 m...-K.IT.ETMGIGECVAKF....PN.TVPVF....MS.FGMS.CLG....CSAARFENIGQG
  40 ....-M.IT.KDLTIGEIIRIK....EN.APQIL....MS.FGMG.CVG....CPSAQAETIEDA
  41 m...AK.IT.KDMIIKDIININ....MG.CIPIL....LN.EGMH.CVG....CPASQGETLEEA
  42 m...-T.IT.KDSIIGDILDAY....GEvTAPFF....LE.MGMH.CLG....CPASRGETVAQA
  43 m...-K.IT.KDMLIGDIIQIH....PD.AVEIL....FN.FGLS.CVG....CPASQMETLEEA
  44 ....-M.VT.KDMTIGEVIQKN....PG.AAEIL....MS.FGMG.CVC....CPSALGETIEEA
  45 ....-M.IS.KEMTIGEIIRRY....PQ.TLPVF....EK.YGLD.CHD....CQIADFEAVEHG
  46 m...AT.VT.KDTIIGDILDMD....RT.TAPFF....LE.MGMH.CLG....CPASRGESLEQA
  47 m...-K.IN.RDMTIMDVMQLD....RE.VATIF....MK.YGLH.CLG....XPGATMESISDA
  48 m...-P.FG.SDDLVDDIMRTA....PH.TIRVF....LA.FRLA.CVG....CPIATFHTVEDA
  49 m...-K.IT.KDMTIGEIVRNH....EG.AAEVL....MS.FGMG.CVG....CPSAQSETLAEA
  50 vvpl-Q.IT.KDLSIMDVLRAY....PQ.VRPVF....IR.HGMG.CLE....CMGAMDETIASG
  51 m...ET.FT.KNTTIGELLSVY....PE.CAPIL....ME.IGMH.CLG....CPSAQMETLGEA
  52 m...NT.IT.KDMVIGDLLAID....EN.FAAIL....MA.SGMH.CVG....CPSSQGETLEEA
  53 ....-M.IT.KDMIIGDIIRQH....PA.TVQVF....AR.HGLE.CYE....CQIADLETLEHG
  54 ms..QQ.VT.KDMTFAQVMRMH....QD.AVKVL....AK.YNLG.CVG....CMGAQNESLEQG
  55 mt..QK.FT.KDMTFAQALQTH....PG.VAGVL....RS.YNLG.CIG....CMGAQNESLEQG
  56 earm-P.IS.FDELVDDVMRRR....PE.TIRVF....LA.FQMR.CVG....CPIACFHNVADA
  57 m...DK.IN.KDTTVGEVIRMN....PA.NAQKL....MN.FGMG.CVG....CPSAQSETLREA
  58 vmm.AQ.VS.RDTTIGEALSMN....PG.IAPIL....QE.IGMH.CLG....CPASQGESLAEA
  59 ....-M.IT.RDMIIADIIRKY....PE.TLPVF....KK.HRLE.CYE....CQISDLETLEHG
  60 m...KK.VT.EDMTIAEVLKMD....RE.VAGIF....MK.YGLH.CLG....CPGATMESISDA
  61 mav.-N.IT.KEMTMGELLSID....RG.VAVVL....MN.AGMH.CIG....CPSSIGESLEEA
  62 m...AQ.IT.KDMTFGELLSKYystcPK.LVDDL....ME.AGMG.CIG....CPHSQMESIEEG
  63 m...-K.IK.KEMLIGQILSEK....PE.SIGTL....MS.FGMG.CIM....CPSSQMETLEEA
  64 m...-T.IR.DDLPVDEVMRSW....PA.TIRTF....LD.FRMQ.CCG....CPIAAFHTMKDA
  65 m...-P.IR.HDSVVDDLMRTQ....PA.TIRTF....LD.FRMG.CCG....CPIATFHTVDDA
  66 m...-K.YT.KDSLVGEVLDND....ES.LARYF....LE.MGMH.CLG....CPSSRGETIEQA
  67 ....-M.LT.GAEKITDVVEKY....PQ.SVEVF....QK.YGMH.CFG....CMAARFENVEQG
  68 ....-M.IT.KDMIIGDIIRKH....PR.TLTVF....VK.YGLD.CNE....CQIADYEELEHG
  69 kke.DK.FH.RDMLVGSIIGMD....PQ.AAQIL....SD.SGMG.CLG....CPASQSETLADA
  70 ....-M.IT.KTMRIGDIIRTY....PQ.SLKIF....EK.YGLD.CYE....CQVADYEELEHG
  71 rhpqPD.-D.PDIPLIELMALW....PQ.TIPVF....VR.HRML.CVG....CLVSPFHTVTDA
  72 mpp.PK.LDdPDLPLDVLMTTW....PE.TVRVF....MD.HDML.CVG....CMVSPFHSVSEA
  73 m...-S.ID.RTLVVEDVMSRW....PA.TIRVF....LD.FKLA.CVG....CPIATFHTIEDS
  74 qat.AK.IT.KDMTFLEMLRTY....PE.TAKVL....KK.YNLA.CAG....CMGAQSEPIDLG
  75 m...-H.LD.PDMTLEEIMRAW....PP.AISVI....LR.HHML.CVG....CPITAFHTVNDA
  76 avr.QT.LH.DDMTMDAIMREW....PA.TIRVV....LD.HGLL.CVG....CPIAPFHTIIDA
  77 mpp.PK.LDdPDLPLDVLMTTW....PE.TVRVF....MD.HDML.CVG....CMVSPFHSVSEA
  78 m...AR.VT.KEMTMGELLQTYyeqcPE.IVDVL....TG.LGMH.CIG....CPSSIGESLADA
  79 aspc-E.ID.AATLVDDLMRQR....PQ.TIGVF....LR.RRLY.CVG....CPVGHFHTIEEA
  80 ....--.--.--------MRRK....PE.TIRVF....LA.FQMR.CVG....CPIACFHNVADA
  81 m...-A.LT.ADSTIAELLREK....PE.SAQVL....FR.FGMG.CLG....CAIANNETIREA
  82 m...EK.VT.KDMNIMEAVEKY....PI.IAQVL....MR.YGLG.CVG....CIISSAETLGEG
  83 m...AK.IS.KDMLINDILAVD....AG.NAAIL....MA.AGMH.CIG....CLAAAGETLEEA
  84 ekev-L.IT.KKMSTGEVTKKY....PA.TKEVF....AKyFGKG.CFD....CPSFGTEDINLA
  85 mr..PD.LDdPDLPLSRLFDRW....PA.TAAVF....LT.RRML.CPG....CPIAPFHTVVEA
  86 m...-A.LS.KDSTILEVLQEK....PD.AGAIF....AR.FGMG.CVG....CAISRGETVAEA
  87 ....-M.VT.GDMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QR.NGLG.CVG....CMIASGETLAEG
  88 m...PE.IDlSTVTVGEWLRRW....PE.TVRVF....LN.YKMN.CPA....CPIAPFMTIDEA
  89 ....-M.VT.GDMNIMEAVEKY....PI.IVEVL....QR.NGLG.CVG....CMIASGETLAEG
  90 ....-M.VT.GDMNIMEAVEKY....PV.IVEVL....QR.NGLG.CVG....CMIASGETLAEG
  91 m...AD.LT.ADSTIYDLLQAK....PE.ATEAL....FK.FGMG.CVG....CAIARGETIREA
  92 m...AK.IS.KDMLINDILAID....AG.NAAIL....MA.AGMH.CIG....CLAAAGESLEEA
  93 mkpdPD.-D.PDLPLARLLQTW....PA.SAGVF....LE.RRML.CPG....CPIAPFHTVIEA
  94 ....--.--.--MTISEILRRY....PE.TLPVF....ER.HHLD.CYD....CQLADFEQLEHG
  95 mkpdPD.-D.PDLPLARLFQTW....PA.SAGVF....LE.RRML.CPG....CPIAPFHTVIEA
  96 ....--.--.--MTISEILRRY....PE.TLPVF....ER.HHLD.CYD....CQLADFEQLEHG
  97 etk.PK.IT.KKTSIGDVIQNY....PE.TESVV....KKyFGAG.CYT....CPGSKTEDIAFG
  98 m...-A.IT.LDSTIADLLREK....PE.SAATL....QS.FGMG.CLG....CAIANNETIREA
  99 vvk.PR.FY.KEMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SS.YHLGgCSH....CSINELETIEQV
 100 vvk.PR.FY.KEMTVGEAMAVH....PE.AGLVF....SS.YHLGgCSH....CSINELETIEQV
 101 prr.PR.FDdPDLPLSTLFGEW....PD.MVEVF....LA.KQML.CPG....CPVAPFHAITDA
 102 stk.PR.FF.KEMTVGEAIAIH....PE.AGLVF....SS.YHLGgCSH....CSINEVETIEQV
 103 mkk.HI.IN.GEMKIWDVIQDY....PE.TYGIF....RQ.FGYP.DIRkgdtAVTSHFMKLRTA
 104 m...-K.FT.LEMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QE.LGLH.CLG....CPFSVNETLLNA
 105 vfkm-K.FT.LEMKLKDIMAAN....PK.TVEAM....QE.LGLH.CLG....CPFSVNETLLNA
 106 m...-K.LD.SKMTVGELVTRH....PS.VMEVF....IK.RRMP.CVG....CPTERFHTIEDI
 107 gen.KV.IT.KDMIINDVIQKY....SK.TIGIF....KD.FGVD.--S....CCGGGF-SIEKT
 108 kaa.TE.IS.RSMTIEDILGMF....PY.KAQKLsqeiTN.AGLH.CVG....CHAAVWETLEAG
 109 m...SM.FD.KTTKMAAVLKGH....PK.AKEVL....ES.FGLQ.CST....CSGAKHESIELG
 110 m...PV.IT.KEMSIIEVVQKY....PE.TVEVF....RK.YGMG.CFG....------------


           50          60       
           |           |       
   1 ANAHG.LN..VEDILRDLNAL....A
   2 AMVHG.MD..IEKLLEALNKA....I
   3 AMVHG.MD..IEKLLEALNKA....I
   4 CMVHG.VD..VDALLAELNKMtag.A
   5 AMVHG.AD..ADKLLEELNKVfene-
   6 CMVHG.ID..VDELVAKLNAFeeak-
   7 CSVHG.MD..VNELVEALNKEak..-
   8 CEVHG.QD..VEDILAKLNK-....-
   9 ARAHG.IN..IDELIADLNKVvaeq-
  10 CAVHG.ID..ADKLVKELNEYfekk-
  11 CSVHG.ID..VEELLNKLNA-....-
  12 AGIHG.ID..LEELLSELNKV....-
  13 ALAHG.ID..VDGLIADLNKVank.A
  14 ANAHG.ID..VNALLKDLNDAv...A
  15 AAVHG.ID..AEALLEKLNA-....-
  16 CEVHG.VN..CDELLEKLNTHlaak-
  17 AMLHG.LD..VQELLEELNKVvq..-
  18 AMAHG.IN..VDELMKELNDAike.-
  19 CAIHG.ID..ADQLIDNLNKYlenk-
  20 AAVHG.IN..IEQLLEKLNA-....-
  21 AIVHG.IN..LDDLIEAINNIe...Y
  22 ALTHG.KK..PDELVEKLNKViaan-
  23 CALHG.ID..AQKLVDELNEYlksk-
  24 AMVHG.IN..LDELIEALNK-....-
  25 ANAHG.IN..VDDLVDDLNEN....I
  26 ALTHG.KK..PDELVEKLNKViaan-
  27 ALAHG.ID..VDAMLKALNDLikk.-
  28 CAAHG.IN..VDEIVADINKLf...-
  29 AMVHG.ID..CGLLVEKINAAaka.M
  30 CAVHG.LN..VEELIKKLNK-....-
  31 CAAHG.IS..VDEIVADINKLf...-
  32 ATVHG.LN..LDDLLEALNR-....-
  33 AMVHG.MD..ADVLVQQINDFlge.-
  34 CSAHG.LD..VNEVLKDLNAIgq..-
  35 ANAHG.VD..VDALLKDLNAAidnd-
  36 AYVHG.MD..LDELLGRLNEYaqtk-
  37 CMHHG.LN..ADELETQINDAlag.I
  38 ANVHG.LN..LDDLLKALN--....-
  39 ARAHG.ID..VDKLIEELNKVvgkd-
  40 VKVHG.IN..LEELLEQLNK-....-
  41 CIVHG.LD..ADVLAKKLNDFvvs.V
  42 CDVHG.VD..ADELVKKLNEAvgn.-
  43 TMVHG.LN..LDLLLDVLNENnts.V
  44 AMVHG.ID..ADEIIKSLNYSkeen-
  45 ASVHK.VD..IGRLMEDLNRIin..A
  46 CLVHN.VD..PDELVEKLNEHlagk-
  47 GNVHG.ID..VDKLVDDLNKFfeek-
  48 CREHG.ID..RDKFLAALCDCvp..A
  49 AMVHG.ME..LDALLEALNK-....-
  50 ARMHG.LD..LDQLLKDLNEAiknr-
  51 AMVHG.ID..ADLLVEKINAAraak-
  52 AFVHG.MN..VNELLGRLNEYmetk-
  53 AGHHK.LD..IEALLEELNRTvitp-
  54 CGAHG.LN..VDDVVRDLNALf...-
  55 ANAHG.LN..VEDILRDLNAL....A
  56 CREHG.VD..ADTFLSALCACt...-
  57 SLVHG.ID..LDRLIKALSEDkn..-
  58 AMVHG.ID..AELLVEKINAFln..A
  59 AEVHR.VG..IDGLLEELNRSi...A
  60 GNVHG.ID..VSLLIADLNKHfesn-
  61 CMVHG.IE..VDELLKNINEYfank-
  62 AMGHG.ID..PDLLVAKLNATleas-
  63 AMVHG.ID..PNTIVAALNEDhkee-
  64 CREHG.VD..RDSFVAALEATiag.-
  65 CREHD.VD..RDVFLVALRDAmadq-
  66 CEVHG.AD..CARLLEQLNGTa...L
  67 AMAHG.ID..VPSLIKDLNKAignq-
  68 AGVHK.VN..IEQLLSELNEHigsg-
  69 CLVHG.LD..VEEILKQLNQ-....-
  70 AGVHK.TD..LEKLLKELNELiqs.-
  71 CAEYD.LD..EGEFLAELKMAigm.A
  72 CAEYH.LD..EEVFRAALAEAvea.A
  73 CHEHG.IA..EAPFLAALRKAvaks-
  74 AINHG.LD..PEQLLADLNAAvk..-
  75 CREHM.ID..EGAFLEELRAAiaa.V
  76 AREHD.LD..PASLARDLKRAvaee-
  77 CAEYH.LD..EVVFRAALADAvea.A
  78 AYVHG.ID..SDLLVEKLNATinak-
  79 AREHG.LE..PKALLAELRFIpclp-
  80 CREHG.VD..PDLFLSALSAAt...-
  81 AQAHG.IP..LEEMLSALGVAe...A
  82 IAVHG.LN..PDIIIEEVNMIlekq-
  83 AAVHG.LD..AAELEVEINDYlakk-
  84 CMMHN.TD..VDKFVQELNEAayke-
  85 CAEYG.LD..EDEFRRALRLLag..I
  86 AAAHG.IP..LEELMSALGIS....A
  87 IEAHG.LD..TKAILAEINSLike.-
  88 ASEYR.VD..ANLLKRDLMQMlker-
  89 IEAHG.LD..AKAILDEINSLike.-
  90 IEAHG.LD..TKAILDEINSLike.-
  91 AEAHG.IP..LAELLNALGIKe...-
  92 AAVHG.LD..AVELEQEINDYlakk-
  93 CAEYG.LD..EGEVRRALRLVvmp.-
  94 ATVHK.ID..VESLLCELNCSikk.-
  95 CAEYG.LD..EGEVRRALRLVvmp.-
  96 ATVHK.ID..VESLLCELNCNikk.-
  97 ATMHN.VD..PEVIIKELNEIiekh-
  98 AMVHG.IP..LEELAKKLGL-....-
  99 CMGYG.VE..VDVLVESLNNLleds-
 100 CMGYG.VE..VDVLIESLNNLleds-
 101 CEEYE.LD..EEVFRAELRRAarlp-
 102 CMGYG.VE..VDTLIDSLNNLfaee-
 103 AHAYH.ID..LDKLLEALNDAiagh-
 104 AQMHK.LD..PEKLLEAVNSVeqge-
 105 AQMHK.LD..PEKLLEAVNSVeqge-
 106 ARING.IV..LEHLLKDLLDAigvg-
 107 AAMSG.GD..MEKLLEKLNKAide.-
 108 MMTHGkTDaqIDELVRRLNALlqep-
 109 ATNHG.LD..VNELLTHLNALfdep-
 110 -----.--..-----------....-