# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.6664 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.018 0.008 0.001 0.051 0.036 0.041 0.121 0.001 0.001 0.055 0.667 2 K 0.008 0.013 0.002 0.049 0.041 0.060 0.132 0.002 0.001 0.037 0.656 3 F 0.039 0.047 0.003 0.021 0.035 0.036 0.094 0.007 0.001 0.041 0.676 4 T 0.327 0.054 0.002 0.019 0.020 0.024 0.050 0.012 0.001 0.172 0.320 5 K 0.035 0.232 0.001 0.023 0.014 0.012 0.079 0.002 0.001 0.048 0.553 6 D 0.007 0.585 0.001 0.023 0.011 0.016 0.056 0.001 0.001 0.044 0.257 7 M 0.008 0.697 0.003 0.014 0.017 0.026 0.035 0.004 0.001 0.083 0.112 8 T 0.006 0.949 0.001 0.003 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.013 0.014 9 F 0.007 0.957 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.007 0.016 10 A 0.013 0.867 0.003 0.006 0.010 0.011 0.004 0.003 0.002 0.050 0.032 11 Q 0.039 0.179 0.008 0.007 0.012 0.023 0.022 0.007 0.006 0.596 0.101 12 A 0.082 0.168 0.051 0.019 0.040 0.029 0.038 0.013 0.019 0.306 0.234 13 L 0.197 0.043 0.013 0.029 0.030 0.045 0.061 0.009 0.013 0.115 0.445 14 Q 0.019 0.015 0.006 0.014 0.014 0.024 0.074 0.003 0.004 0.025 0.802 15 T 0.018 0.043 0.003 0.006 0.008 0.007 0.117 0.005 0.002 0.019 0.773 16 H 0.389 0.174 0.004 0.005 0.004 0.006 0.099 0.016 0.003 0.070 0.230 17 P 0.089 0.181 0.003 0.008 0.003 0.003 0.131 0.003 0.001 0.056 0.522 18 G 0.024 0.400 0.002 0.011 0.003 0.006 0.062 0.003 0.001 0.060 0.429 19 V 0.011 0.840 0.002 0.005 0.002 0.004 0.010 0.004 0.001 0.020 0.102 20 A 0.010 0.839 0.001 0.011 0.009 0.009 0.009 0.002 0.001 0.053 0.056 21 G 0.008 0.249 0.002 0.020 0.016 0.036 0.016 0.003 0.001 0.583 0.066 22 V 0.011 0.235 0.027 0.053 0.043 0.020 0.036 0.004 0.006 0.491 0.074 23 L 0.120 0.175 0.093 0.083 0.047 0.062 0.032 0.013 0.036 0.229 0.110 24 R 0.323 0.050 0.018 0.034 0.025 0.043 0.061 0.012 0.010 0.080 0.343 25 S 0.057 0.009 0.012 0.045 0.025 0.042 0.087 0.008 0.005 0.045 0.665 26 Y 0.099 0.004 0.004 0.037 0.018 0.033 0.259 0.005 0.002 0.034 0.504 27 N 0.053 0.002 0.001 0.036 0.009 0.021 0.153 0.006 0.001 0.028 0.690 28 L 0.009 0.003 0.002 0.045 0.015 0.006 0.186 0.001 0.001 0.010 0.723 29 G 0.075 0.009 0.002 0.098 0.022 0.069 0.129 0.013 0.001 0.036 0.547 30 C 0.091 0.009 0.001 0.094 0.016 0.018 0.116 0.006 0.001 0.034 0.615 31 I 0.015 0.018 0.001 0.244 0.028 0.029 0.144 0.002 0.001 0.026 0.492 32 G 0.030 0.078 0.002 0.140 0.022 0.042 0.112 0.007 0.001 0.042 0.524 33 C 0.148 0.118 0.004 0.105 0.030 0.030 0.090 0.022 0.002 0.115 0.337 34 M 0.098 0.121 0.007 0.069 0.029 0.026 0.089 0.014 0.002 0.090 0.454 35 G 0.153 0.166 0.005 0.054 0.016 0.021 0.068 0.015 0.002 0.075 0.426 36 A 0.119 0.054 0.004 0.035 0.018 0.019 0.075 0.020 0.003 0.167 0.486 37 Q 0.053 0.168 0.005 0.044 0.025 0.022 0.123 0.011 0.003 0.096 0.452 38 N 0.036 0.497 0.002 0.019 0.012 0.014 0.070 0.006 0.001 0.036 0.307 39 E 0.030 0.546 0.005 0.013 0.024 0.015 0.033 0.014 0.002 0.063 0.254 40 S 0.036 0.835 0.003 0.002 0.003 0.005 0.009 0.008 0.002 0.026 0.069 41 L 0.023 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.010 0.028 42 E 0.030 0.550 0.005 0.006 0.006 0.006 0.020 0.011 0.003 0.274 0.088 43 Q 0.014 0.848 0.008 0.003 0.003 0.004 0.010 0.003 0.003 0.067 0.037 44 G 0.068 0.523 0.044 0.013 0.010 0.010 0.030 0.010 0.012 0.177 0.103 45 A 0.086 0.140 0.185 0.024 0.020 0.030 0.052 0.017 0.041 0.173 0.233 46 N 0.490 0.038 0.013 0.010 0.005 0.013 0.084 0.016 0.010 0.065 0.255 47 A 0.181 0.007 0.007 0.022 0.009 0.009 0.060 0.012 0.003 0.052 0.637 48 H 0.024 0.002 0.001 0.039 0.005 0.006 0.155 0.001 0.001 0.015 0.750 49 G 0.005 0.003 0.001 0.066 0.004 0.012 0.159 0.001 0.001 0.013 0.735 50 L 0.002 0.017 0.001 0.019 0.008 0.004 0.237 0.002 0.001 0.012 0.698 51 N 0.113 0.747 0.001 0.013 0.003 0.003 0.013 0.018 0.001 0.020 0.068 52 V 0.128 0.822 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.005 0.034 53 E 0.017 0.821 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.059 0.084 54 D 0.020 0.857 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.073 0.033 55 I 0.008 0.946 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.021 56 L 0.068 0.319 0.010 0.003 0.002 0.003 0.015 0.023 0.009 0.434 0.114 57 R 0.045 0.745 0.018 0.002 0.002 0.002 0.018 0.006 0.012 0.063 0.088 58 D 0.125 0.537 0.012 0.003 0.002 0.001 0.030 0.008 0.007 0.062 0.213 59 L 0.222 0.172 0.036 0.007 0.002 0.005 0.056 0.023 0.021 0.138 0.318 60 N 0.185 0.044 0.011 0.006 0.002 0.004 0.100 0.008 0.009 0.056 0.575 61 A 0.065 0.025 0.005 0.007 0.004 0.004 0.075 0.005 0.002 0.035 0.773 62 L 0.055 0.016 0.002 0.013 0.005 0.005 0.149 0.004 0.002 0.054 0.695 63 A 0.047 0.015 0.003 0.021 0.006 0.010 0.133 0.004 0.001 0.050 0.710