# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.6664 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.022 0.009 0.022 0.023 0.023 0.108 0.042 0.753 2 K 0.012 0.008 0.020 0.010 0.021 0.106 0.018 0.805 3 F 0.051 0.023 0.027 0.019 0.011 0.108 0.021 0.740 4 T 0.419 0.088 0.018 0.005 0.007 0.059 0.161 0.242 5 K 0.040 0.099 0.056 0.007 0.008 0.095 0.180 0.516 6 D 0.023 0.138 0.029 0.005 0.012 0.069 0.094 0.629 7 M 0.008 0.503 0.091 0.036 0.026 0.044 0.104 0.188 8 T 0.018 0.875 0.012 0.006 0.011 0.007 0.027 0.043 9 F 0.021 0.901 0.005 0.005 0.005 0.005 0.038 0.021 10 A 0.038 0.782 0.022 0.008 0.011 0.009 0.092 0.037 11 Q 0.078 0.172 0.031 0.018 0.023 0.025 0.571 0.082 12 A 0.112 0.261 0.061 0.025 0.022 0.064 0.216 0.240 13 L 0.237 0.023 0.044 0.011 0.015 0.097 0.148 0.425 14 Q 0.013 0.020 0.027 0.009 0.007 0.152 0.027 0.746 15 T 0.017 0.024 0.022 0.003 0.004 0.124 0.014 0.792 16 H 0.288 0.259 0.007 0.004 0.002 0.058 0.074 0.308 17 P 0.071 0.136 0.012 0.002 0.002 0.080 0.078 0.620 18 G 0.019 0.325 0.020 0.004 0.007 0.067 0.063 0.496 19 V 0.035 0.701 0.015 0.004 0.008 0.030 0.039 0.168 20 A 0.015 0.756 0.019 0.012 0.015 0.021 0.043 0.119 21 G 0.024 0.520 0.032 0.021 0.029 0.019 0.300 0.057 22 V 0.032 0.414 0.065 0.041 0.054 0.031 0.208 0.156 23 L 0.128 0.093 0.207 0.049 0.046 0.044 0.318 0.115 24 R 0.193 0.092 0.036 0.035 0.029 0.073 0.100 0.442 25 S 0.070 0.016 0.026 0.007 0.013 0.113 0.050 0.706 26 Y 0.085 0.037 0.038 0.018 0.020 0.110 0.046 0.646 27 N 0.078 0.024 0.023 0.010 0.018 0.119 0.042 0.686 28 L 0.013 0.008 0.039 0.016 0.015 0.125 0.031 0.753 29 G 0.046 0.040 0.095 0.052 0.071 0.111 0.101 0.485 30 C 0.049 0.017 0.083 0.024 0.031 0.099 0.052 0.645 31 I 0.025 0.021 0.139 0.036 0.049 0.096 0.059 0.576 32 G 0.063 0.046 0.077 0.030 0.053 0.104 0.066 0.563 33 C 0.153 0.071 0.086 0.024 0.037 0.099 0.062 0.468 34 M 0.145 0.079 0.042 0.021 0.031 0.108 0.128 0.446 35 G 0.154 0.115 0.021 0.012 0.018 0.106 0.062 0.513 36 A 0.127 0.099 0.032 0.008 0.019 0.099 0.249 0.368 37 Q 0.016 0.337 0.011 0.014 0.013 0.092 0.058 0.459 38 N 0.059 0.661 0.005 0.005 0.010 0.039 0.057 0.164 39 E 0.008 0.694 0.011 0.019 0.009 0.027 0.132 0.099 40 S 0.017 0.872 0.004 0.002 0.005 0.007 0.063 0.030 41 L 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.007 42 E 0.011 0.742 0.008 0.005 0.005 0.011 0.171 0.047 43 Q 0.013 0.807 0.004 0.005 0.005 0.013 0.080 0.074 44 G 0.052 0.648 0.032 0.006 0.008 0.021 0.175 0.059 45 A 0.096 0.139 0.112 0.033 0.011 0.067 0.308 0.233 46 N 0.453 0.055 0.017 0.003 0.004 0.044 0.037 0.386 47 A 0.053 0.012 0.145 0.002 0.003 0.078 0.122 0.584 48 H 0.009 0.007 0.155 0.003 0.003 0.072 0.035 0.715 49 G 0.006 0.016 0.038 0.003 0.004 0.093 0.011 0.830 50 L 0.002 0.015 0.138 0.003 0.002 0.058 0.006 0.776 51 N 0.070 0.822 0.006 0.001 0.001 0.009 0.054 0.037 52 V 0.074 0.876 0.005 0.001 0.001 0.003 0.029 0.013 53 E 0.026 0.633 0.027 0.001 0.001 0.012 0.222 0.078 54 D 0.023 0.661 0.032 0.001 0.002 0.020 0.163 0.097 55 I 0.011 0.841 0.019 0.001 0.001 0.014 0.068 0.045 56 L 0.022 0.635 0.011 0.004 0.001 0.017 0.278 0.033 57 R 0.023 0.824 0.002 0.001 0.001 0.010 0.035 0.103 58 D 0.092 0.505 0.016 0.001 0.002 0.031 0.078 0.274 59 L 0.215 0.331 0.018 0.005 0.002 0.049 0.141 0.239 60 N 0.214 0.100 0.014 0.002 0.003 0.058 0.095 0.514 61 A 0.038 0.028 0.013 0.002 0.002 0.076 0.026 0.814 62 L 0.080 0.044 0.033 0.006 0.008 0.108 0.070 0.651 63 A 0.081 0.021 0.038 0.007 0.007 0.112 0.045 0.688