# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.6664 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.649 0.119 0.051 0.070 0.040 0.022 0.023 0.013 0.007 0.003 0.002 2 K 0.232 0.182 0.080 0.194 0.124 0.066 0.065 0.029 0.017 0.008 0.005 3 F 0.018 0.012 0.012 0.019 0.029 0.042 0.112 0.134 0.206 0.208 0.207 4 T 0.085 0.242 0.155 0.259 0.137 0.060 0.030 0.014 0.009 0.006 0.003 5 K 0.073 0.119 0.156 0.206 0.153 0.106 0.085 0.051 0.028 0.016 0.007 6 D 0.160 0.122 0.076 0.183 0.137 0.111 0.096 0.057 0.031 0.019 0.009 7 M 0.051 0.027 0.031 0.062 0.068 0.105 0.189 0.161 0.142 0.104 0.059 8 T 0.057 0.134 0.105 0.217 0.180 0.104 0.093 0.055 0.028 0.017 0.009 9 F 0.003 0.005 0.011 0.016 0.031 0.040 0.118 0.164 0.226 0.216 0.169 10 A 0.044 0.037 0.071 0.149 0.173 0.172 0.181 0.082 0.052 0.028 0.012 11 Q 0.045 0.070 0.225 0.272 0.161 0.088 0.079 0.032 0.016 0.008 0.004 12 A 0.002 0.002 0.008 0.011 0.019 0.046 0.106 0.120 0.235 0.248 0.203 13 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.028 0.093 0.105 0.248 0.290 0.215 14 Q 0.015 0.047 0.282 0.233 0.174 0.108 0.072 0.030 0.021 0.013 0.005 15 T 0.027 0.065 0.187 0.175 0.147 0.160 0.126 0.056 0.030 0.018 0.009 16 H 0.025 0.037 0.022 0.052 0.060 0.109 0.209 0.169 0.141 0.111 0.066 17 P 0.348 0.126 0.049 0.108 0.087 0.071 0.088 0.056 0.033 0.021 0.013 18 G 0.268 0.187 0.121 0.172 0.103 0.060 0.043 0.022 0.012 0.007 0.004 19 V 0.043 0.062 0.039 0.076 0.091 0.097 0.166 0.133 0.128 0.102 0.065 20 A 0.024 0.026 0.016 0.056 0.086 0.139 0.210 0.155 0.135 0.096 0.056 21 G 0.117 0.150 0.214 0.247 0.123 0.067 0.041 0.020 0.011 0.006 0.003 22 V 0.008 0.009 0.019 0.039 0.062 0.108 0.195 0.165 0.168 0.123 0.104 23 L 0.002 0.003 0.006 0.010 0.016 0.019 0.053 0.102 0.203 0.261 0.326 24 R 0.017 0.029 0.066 0.124 0.156 0.168 0.202 0.098 0.075 0.046 0.019 25 S 0.055 0.122 0.254 0.253 0.135 0.076 0.048 0.023 0.016 0.011 0.007 26 Y 0.028 0.022 0.022 0.050 0.067 0.120 0.208 0.167 0.145 0.108 0.063 27 N 0.231 0.202 0.058 0.144 0.086 0.067 0.080 0.052 0.040 0.025 0.015 28 L 0.029 0.022 0.028 0.050 0.063 0.089 0.140 0.141 0.166 0.136 0.136 29 G 0.187 0.158 0.095 0.159 0.124 0.081 0.082 0.049 0.034 0.019 0.013 30 C 0.022 0.026 0.027 0.052 0.061 0.073 0.139 0.138 0.181 0.147 0.134 31 I 0.031 0.033 0.026 0.072 0.092 0.094 0.141 0.165 0.141 0.114 0.093 32 G 0.111 0.116 0.065 0.153 0.113 0.101 0.119 0.077 0.074 0.046 0.025 33 C 0.022 0.015 0.019 0.046 0.066 0.065 0.130 0.180 0.168 0.142 0.147 34 M 0.060 0.062 0.047 0.110 0.107 0.094 0.131 0.129 0.113 0.090 0.056 35 G 0.058 0.055 0.052 0.116 0.116 0.102 0.165 0.115 0.108 0.067 0.047 36 A 0.039 0.033 0.038 0.072 0.089 0.081 0.131 0.144 0.143 0.122 0.108 37 Q 0.091 0.121 0.079 0.181 0.149 0.097 0.116 0.068 0.053 0.031 0.016 38 N 0.074 0.061 0.061 0.111 0.117 0.119 0.164 0.100 0.089 0.063 0.041 39 E 0.042 0.027 0.045 0.086 0.105 0.128 0.192 0.141 0.110 0.074 0.050 40 S 0.071 0.202 0.126 0.212 0.136 0.076 0.082 0.042 0.028 0.017 0.009 41 L 0.003 0.003 0.008 0.013 0.029 0.043 0.115 0.142 0.228 0.209 0.206 42 E 0.136 0.092 0.136 0.204 0.150 0.108 0.090 0.039 0.026 0.015 0.006 43 Q 0.019 0.046 0.179 0.229 0.161 0.137 0.126 0.053 0.029 0.015 0.007 44 G 0.003 0.005 0.013 0.017 0.028 0.052 0.118 0.143 0.220 0.205 0.196 45 A 0.002 0.002 0.006 0.010 0.020 0.034 0.103 0.141 0.228 0.246 0.209 46 N 0.016 0.049 0.258 0.222 0.179 0.110 0.082 0.038 0.025 0.013 0.007 47 A 0.019 0.036 0.095 0.114 0.141 0.135 0.173 0.119 0.074 0.056 0.037 48 H 0.024 0.024 0.017 0.042 0.054 0.091 0.192 0.180 0.171 0.124 0.081 49 G 0.383 0.189 0.058 0.138 0.082 0.046 0.052 0.025 0.015 0.008 0.005 50 L 0.068 0.015 0.027 0.041 0.068 0.078 0.148 0.144 0.149 0.135 0.128 51 N 0.029 0.579 0.078 0.135 0.073 0.046 0.032 0.013 0.008 0.006 0.002 52 V 0.005 0.014 0.008 0.038 0.087 0.181 0.275 0.154 0.134 0.064 0.040 53 E 0.949 0.023 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.044 0.068 0.130 0.355 0.195 0.107 0.077 0.016 0.005 0.002 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 0.041 0.200 0.331 0.401 56 L 0.001 0.002 0.010 0.038 0.114 0.235 0.366 0.135 0.059 0.032 0.007 57 R 0.001 0.007 0.944 0.040 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.008 0.018 0.130 0.192 0.235 0.192 0.164 0.048 0.008 0.003 0.001 59 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.031 0.093 0.228 0.295 0.341 60 N 0.088 0.068 0.233 0.193 0.191 0.090 0.085 0.034 0.011 0.005 0.002 61 A 0.026 0.056 0.762 0.106 0.033 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.110 0.081 0.099 0.091 0.125 0.123 0.217 0.096 0.035 0.015 0.009 63 A 0.409 0.151 0.054 0.073 0.053 0.046 0.081 0.061 0.040 0.021 0.011