# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.6664 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.072 0.013 0.002 0.021 0.022 0.034 0.087 0.001 0.001 0.003 0.746 2 K 0.038 0.006 0.002 0.017 0.013 0.022 0.035 0.001 0.001 0.001 0.867 3 F 0.172 0.021 0.005 0.055 0.042 0.086 0.109 0.002 0.001 0.003 0.505 4 T 0.089 0.027 0.006 0.072 0.047 0.056 0.181 0.003 0.001 0.005 0.513 5 K 0.049 0.018 0.004 0.018 0.017 0.025 0.046 0.001 0.001 0.003 0.819 6 D 0.031 0.006 0.005 0.025 0.007 0.022 0.410 0.001 0.001 0.016 0.478 7 M 0.668 0.012 0.009 0.020 0.011 0.012 0.145 0.001 0.001 0.011 0.111 8 T 0.016 0.078 0.004 0.035 0.017 0.019 0.452 0.001 0.001 0.002 0.376 9 F 0.017 0.143 0.009 0.075 0.039 0.065 0.232 0.001 0.001 0.004 0.415 10 A 0.012 0.317 0.002 0.065 0.027 0.103 0.151 0.001 0.001 0.003 0.320 11 Q 0.023 0.479 0.001 0.041 0.022 0.035 0.181 0.001 0.001 0.001 0.215 12 A 0.021 0.850 0.003 0.011 0.010 0.018 0.013 0.003 0.001 0.001 0.072 13 L 0.015 0.919 0.002 0.005 0.007 0.014 0.003 0.008 0.001 0.001 0.028 14 Q 0.037 0.883 0.005 0.003 0.004 0.009 0.003 0.023 0.001 0.001 0.034 15 T 0.133 0.657 0.023 0.004 0.003 0.007 0.006 0.087 0.001 0.001 0.079 16 H 0.196 0.519 0.061 0.002 0.010 0.010 0.018 0.059 0.001 0.001 0.124 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 18 G 0.031 0.020 0.017 0.006 0.006 0.019 0.161 0.002 0.001 0.001 0.739 19 V 0.387 0.117 0.010 0.005 0.002 0.002 0.103 0.002 0.001 0.005 0.367 20 A 0.067 0.459 0.006 0.015 0.010 0.014 0.059 0.002 0.001 0.001 0.368 21 G 0.029 0.394 0.008 0.029 0.021 0.032 0.105 0.002 0.001 0.002 0.379 22 V 0.029 0.617 0.002 0.035 0.011 0.019 0.043 0.003 0.001 0.001 0.241 23 L 0.018 0.855 0.002 0.023 0.011 0.019 0.009 0.005 0.001 0.001 0.058 24 R 0.021 0.862 0.004 0.014 0.012 0.022 0.008 0.013 0.001 0.001 0.043 25 S 0.080 0.743 0.009 0.014 0.007 0.013 0.009 0.036 0.001 0.001 0.089 26 Y 0.235 0.515 0.028 0.015 0.012 0.020 0.015 0.056 0.001 0.002 0.101 27 N 0.336 0.129 0.023 0.019 0.018 0.027 0.058 0.059 0.001 0.004 0.327 28 L 0.136 0.059 0.278 0.068 0.012 0.015 0.056 0.014 0.001 0.006 0.356 29 G 0.057 0.024 0.017 0.075 0.062 0.074 0.186 0.008 0.001 0.010 0.487 30 C 0.108 0.011 0.030 0.069 0.016 0.017 0.102 0.002 0.001 0.006 0.639 31 I 0.030 0.021 0.005 0.326 0.056 0.096 0.074 0.001 0.001 0.004 0.387 32 G 0.019 0.008 0.003 0.114 0.048 0.085 0.137 0.001 0.001 0.005 0.580 33 C 0.060 0.024 0.007 0.343 0.043 0.085 0.065 0.001 0.001 0.006 0.367 34 M 0.016 0.016 0.001 0.142 0.043 0.070 0.106 0.001 0.001 0.003 0.602 35 G 0.045 0.027 0.002 0.068 0.043 0.088 0.111 0.001 0.001 0.006 0.608 36 A 0.131 0.063 0.006 0.100 0.040 0.085 0.098 0.003 0.001 0.011 0.462 37 Q 0.120 0.103 0.006 0.031 0.023 0.037 0.197 0.004 0.001 0.005 0.475 38 N 0.141 0.109 0.010 0.022 0.013 0.028 0.105 0.004 0.001 0.005 0.563 39 E 0.095 0.106 0.006 0.016 0.013 0.028 0.155 0.003 0.001 0.005 0.572 40 S 0.068 0.100 0.004 0.005 0.004 0.006 0.348 0.002 0.001 0.003 0.461 41 L 0.064 0.342 0.008 0.006 0.004 0.008 0.120 0.002 0.001 0.002 0.444 42 E 0.013 0.522 0.003 0.004 0.004 0.010 0.139 0.001 0.001 0.001 0.302 43 Q 0.025 0.586 0.001 0.003 0.001 0.002 0.126 0.002 0.001 0.001 0.251 44 G 0.024 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.035 45 A 0.006 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 46 N 0.007 0.969 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.005 47 A 0.059 0.874 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 0.022 48 H 0.167 0.671 0.019 0.012 0.006 0.006 0.007 0.074 0.001 0.001 0.037 49 G 0.576 0.066 0.060 0.006 0.005 0.009 0.013 0.107 0.001 0.004 0.154 50 L 0.130 0.040 0.648 0.056 0.003 0.004 0.039 0.011 0.001 0.002 0.067 51 N 0.014 0.009 0.003 0.032 0.005 0.005 0.288 0.002 0.001 0.001 0.641 52 V 0.007 0.015 0.003 0.014 0.001 0.003 0.078 0.001 0.001 0.002 0.878 53 E 0.003 0.017 0.001 0.008 0.001 0.007 0.507 0.001 0.001 0.014 0.444 54 D 0.041 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.001 0.001 0.002 0.080 55 I 0.013 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.022 56 L 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 57 R 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 58 D 0.019 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.019 59 L 0.017 0.965 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 60 N 0.022 0.911 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.023 61 A 0.039 0.837 0.040 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 0.047 62 L 0.166 0.692 0.017 0.002 0.001 0.001 0.008 0.037 0.001 0.001 0.076 63 A 0.211 0.340 0.033 0.007 0.003 0.005 0.022 0.037 0.001 0.001 0.342