# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.6664 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.020 0.008 0.010 0.013 0.020 0.023 0.004 0.902 2 K 0.037 0.006 0.015 0.021 0.043 0.029 0.005 0.844 3 F 0.097 0.015 0.075 0.073 0.102 0.072 0.005 0.560 4 T 0.050 0.024 0.071 0.178 0.170 0.125 0.005 0.378 5 K 0.008 0.004 0.011 0.007 0.018 0.013 0.001 0.938 6 D 0.025 0.021 0.035 0.018 0.039 0.435 0.007 0.420 7 M 0.452 0.036 0.023 0.024 0.025 0.115 0.026 0.299 8 T 0.072 0.140 0.047 0.023 0.031 0.341 0.008 0.338 9 F 0.016 0.107 0.042 0.038 0.073 0.108 0.003 0.613 10 A 0.012 0.232 0.051 0.046 0.122 0.185 0.002 0.350 11 Q 0.022 0.385 0.018 0.026 0.038 0.227 0.002 0.283 12 A 0.012 0.923 0.016 0.004 0.011 0.005 0.002 0.028 13 L 0.012 0.955 0.008 0.003 0.009 0.001 0.002 0.010 14 Q 0.057 0.884 0.006 0.006 0.010 0.002 0.013 0.024 15 T 0.173 0.670 0.005 0.003 0.009 0.003 0.074 0.063 16 H 0.272 0.322 0.020 0.008 0.011 0.032 0.137 0.198 17 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 18 G 0.029 0.022 0.047 0.013 0.012 0.110 0.008 0.759 19 V 0.191 0.046 0.026 0.008 0.007 0.139 0.006 0.578 20 A 0.068 0.271 0.024 0.034 0.045 0.054 0.004 0.499 21 G 0.038 0.375 0.046 0.022 0.035 0.070 0.003 0.411 22 V 0.053 0.533 0.019 0.024 0.031 0.046 0.005 0.289 23 L 0.018 0.887 0.013 0.010 0.038 0.003 0.002 0.028 24 R 0.030 0.841 0.012 0.023 0.046 0.003 0.005 0.040 25 S 0.059 0.756 0.013 0.012 0.019 0.007 0.023 0.112 26 Y 0.237 0.434 0.020 0.011 0.017 0.015 0.142 0.124 27 N 0.391 0.143 0.056 0.018 0.019 0.041 0.098 0.234 28 L 0.031 0.048 0.478 0.031 0.027 0.057 0.010 0.318 29 G 0.067 0.031 0.179 0.043 0.045 0.240 0.011 0.384 30 C 0.061 0.021 0.111 0.017 0.025 0.073 0.004 0.688 31 I 0.035 0.037 0.236 0.030 0.056 0.172 0.006 0.428 32 G 0.050 0.021 0.067 0.018 0.028 0.206 0.007 0.603 33 C 0.112 0.068 0.100 0.029 0.050 0.135 0.011 0.494 34 M 0.049 0.079 0.072 0.021 0.039 0.113 0.008 0.618 35 G 0.063 0.086 0.047 0.013 0.028 0.127 0.013 0.623 36 A 0.178 0.158 0.052 0.014 0.029 0.108 0.019 0.443 37 Q 0.112 0.233 0.056 0.016 0.028 0.100 0.018 0.438 38 N 0.131 0.265 0.054 0.011 0.025 0.062 0.023 0.429 39 E 0.145 0.307 0.045 0.014 0.017 0.119 0.014 0.341 40 S 0.040 0.242 0.011 0.005 0.007 0.256 0.007 0.432 41 L 0.041 0.523 0.020 0.005 0.015 0.062 0.006 0.330 42 E 0.011 0.613 0.010 0.003 0.006 0.123 0.003 0.231 43 Q 0.017 0.682 0.004 0.002 0.002 0.160 0.004 0.130 44 G 0.025 0.948 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 45 A 0.009 0.959 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 46 N 0.021 0.929 0.006 0.005 0.005 0.003 0.008 0.024 47 A 0.081 0.847 0.012 0.002 0.004 0.002 0.023 0.030 48 H 0.135 0.590 0.046 0.004 0.005 0.014 0.128 0.077 49 G 0.178 0.206 0.200 0.008 0.008 0.023 0.106 0.271 50 L 0.059 0.055 0.691 0.008 0.004 0.054 0.006 0.124 51 N 0.020 0.040 0.059 0.010 0.007 0.199 0.004 0.661 52 V 0.018 0.062 0.042 0.003 0.009 0.152 0.002 0.713 53 E 0.005 0.043 0.004 0.001 0.001 0.567 0.001 0.379 54 D 0.015 0.064 0.001 0.001 0.001 0.700 0.001 0.219 55 I 0.032 0.932 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.024 56 L 0.008 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 57 R 0.017 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 58 D 0.025 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 59 L 0.097 0.836 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.024 60 N 0.045 0.829 0.013 0.001 0.001 0.016 0.036 0.060 61 A 0.143 0.645 0.049 0.002 0.001 0.011 0.052 0.097 62 L 0.204 0.518 0.061 0.002 0.001 0.015 0.044 0.156 63 A 0.100 0.465 0.051 0.010 0.004 0.046 0.025 0.300