# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.6664 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.203 0.192 0.292 0.101 0.080 0.039 0.051 0.014 0.017 0.008 0.002 2 K 0.200 0.309 0.274 0.069 0.046 0.048 0.028 0.003 0.020 0.002 0.002 3 F 0.122 0.369 0.322 0.055 0.031 0.069 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 4 T 0.179 0.206 0.313 0.121 0.041 0.078 0.017 0.002 0.037 0.004 0.002 5 K 0.560 0.092 0.138 0.101 0.043 0.020 0.021 0.005 0.012 0.007 0.002 6 D 0.417 0.071 0.106 0.247 0.032 0.035 0.070 0.011 0.008 0.003 0.001 7 M 0.486 0.154 0.163 0.080 0.058 0.020 0.025 0.005 0.008 0.002 0.001 8 T 0.579 0.171 0.153 0.024 0.012 0.046 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 9 F 0.918 0.030 0.022 0.017 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 A 0.963 0.015 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.974 0.011 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.974 0.007 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.922 0.016 0.014 0.041 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 Q 0.844 0.024 0.032 0.058 0.010 0.009 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 15 T 0.629 0.038 0.046 0.263 0.007 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 16 H 0.076 0.079 0.267 0.009 0.013 0.022 0.013 0.001 0.518 0.003 0.001 17 P 0.782 0.001 0.175 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 18 G 0.560 0.008 0.044 0.093 0.021 0.006 0.062 0.183 0.003 0.019 0.001 19 V 0.692 0.071 0.112 0.097 0.004 0.013 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 20 A 0.739 0.058 0.096 0.077 0.006 0.009 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 21 G 0.752 0.054 0.064 0.021 0.043 0.015 0.024 0.015 0.004 0.006 0.001 22 V 0.750 0.154 0.051 0.010 0.003 0.019 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 23 L 0.737 0.081 0.104 0.036 0.011 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 24 R 0.764 0.096 0.051 0.043 0.013 0.010 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 25 S 0.715 0.065 0.050 0.100 0.022 0.015 0.017 0.003 0.009 0.001 0.001 26 Y 0.161 0.036 0.034 0.727 0.023 0.005 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 27 N 0.050 0.029 0.062 0.065 0.023 0.044 0.596 0.084 0.030 0.015 0.001 28 L 0.126 0.185 0.463 0.110 0.019 0.030 0.048 0.002 0.014 0.002 0.001 29 G 0.183 0.070 0.288 0.089 0.062 0.049 0.061 0.096 0.010 0.086 0.005 30 C 0.155 0.255 0.322 0.107 0.033 0.085 0.007 0.002 0.031 0.001 0.001 31 I 0.284 0.223 0.195 0.224 0.016 0.024 0.016 0.001 0.016 0.001 0.002 32 G 0.129 0.042 0.102 0.068 0.212 0.028 0.062 0.173 0.012 0.169 0.002 33 C 0.154 0.211 0.361 0.065 0.063 0.045 0.021 0.003 0.068 0.006 0.003 34 M 0.517 0.059 0.277 0.071 0.016 0.018 0.015 0.002 0.010 0.006 0.009 35 G 0.392 0.061 0.139 0.085 0.114 0.018 0.051 0.077 0.011 0.050 0.002 36 A 0.518 0.136 0.189 0.069 0.038 0.018 0.007 0.003 0.017 0.003 0.002 37 Q 0.637 0.068 0.111 0.136 0.015 0.013 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 38 N 0.574 0.044 0.080 0.108 0.038 0.024 0.075 0.046 0.004 0.007 0.001 39 E 0.718 0.140 0.070 0.036 0.013 0.010 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 40 S 0.575 0.073 0.229 0.023 0.012 0.073 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 41 L 0.974 0.005 0.006 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.992 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 Q 0.984 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.974 0.003 0.005 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.978 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 N 0.972 0.007 0.008 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 47 A 0.902 0.007 0.010 0.073 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 48 H 0.184 0.015 0.031 0.714 0.008 0.004 0.035 0.002 0.006 0.001 0.001 49 G 0.022 0.003 0.022 0.022 0.023 0.008 0.316 0.513 0.001 0.070 0.001 50 L 0.304 0.207 0.295 0.115 0.041 0.020 0.006 0.002 0.006 0.004 0.001 51 N 0.020 0.025 0.568 0.009 0.011 0.309 0.003 0.001 0.051 0.003 0.001 52 V 0.980 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 E 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.901 0.001 0.002 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.947 0.006 0.010 0.010 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.901 0.004 0.007 0.082 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.510 0.020 0.058 0.388 0.003 0.007 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 63 A 0.430 0.074 0.194 0.116 0.025 0.024 0.086 0.013 0.031 0.006 0.001