# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.6664 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.090 0.256 0.085 0.019 0.222 0.020 0.039 0.098 0.079 0.046 0.045 2 K 0.164 0.180 0.056 0.007 0.309 0.009 0.041 0.084 0.034 0.062 0.054 3 F 0.134 0.311 0.082 0.021 0.200 0.014 0.025 0.045 0.031 0.079 0.058 4 T 0.060 0.354 0.223 0.047 0.174 0.014 0.011 0.059 0.031 0.009 0.019 5 K 0.004 0.022 0.018 0.014 0.007 0.046 0.207 0.494 0.157 0.026 0.006 6 D 0.031 0.028 0.015 0.004 0.034 0.005 0.025 0.158 0.069 0.560 0.072 7 M 0.053 0.450 0.014 0.002 0.299 0.005 0.009 0.107 0.025 0.019 0.019 8 T 0.131 0.304 0.050 0.003 0.254 0.004 0.006 0.182 0.018 0.016 0.032 9 F 0.028 0.016 0.003 0.002 0.028 0.002 0.003 0.755 0.133 0.025 0.008 10 A 0.003 0.007 0.004 0.002 0.006 0.006 0.009 0.866 0.090 0.006 0.002 11 Q 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.917 0.044 0.009 0.001 12 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.812 0.133 0.035 0.002 13 L 0.003 0.004 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 0.698 0.249 0.015 0.003 14 Q 0.006 0.009 0.004 0.002 0.014 0.007 0.048 0.670 0.175 0.062 0.003 15 T 0.021 0.031 0.036 0.007 0.027 0.015 0.173 0.289 0.079 0.311 0.011 16 H 0.148 0.254 0.090 0.005 0.338 0.003 0.007 0.050 0.022 0.023 0.060 17 P 0.007 0.016 0.006 0.003 0.010 0.007 0.015 0.515 0.388 0.027 0.006 18 G 0.009 0.017 0.014 0.004 0.010 0.012 0.039 0.599 0.164 0.122 0.010 19 V 0.025 0.055 0.019 0.004 0.033 0.006 0.014 0.658 0.099 0.075 0.011 20 A 0.010 0.018 0.010 0.003 0.013 0.004 0.007 0.858 0.057 0.015 0.005 21 G 0.005 0.020 0.005 0.002 0.011 0.002 0.005 0.887 0.057 0.004 0.002 22 V 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.932 0.043 0.004 0.001 23 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.877 0.091 0.012 0.001 24 R 0.002 0.004 0.003 0.001 0.006 0.007 0.031 0.737 0.174 0.032 0.003 25 S 0.018 0.014 0.008 0.006 0.021 0.011 0.136 0.616 0.083 0.077 0.011 26 Y 0.013 0.610 0.186 0.012 0.068 0.009 0.030 0.032 0.017 0.016 0.007 27 N 0.076 0.013 0.014 0.020 0.030 0.016 0.009 0.034 0.032 0.408 0.346 28 L 0.078 0.277 0.094 0.034 0.152 0.024 0.040 0.088 0.086 0.089 0.039 29 G 0.073 0.105 0.095 0.074 0.108 0.050 0.042 0.102 0.083 0.180 0.087 30 C 0.131 0.087 0.056 0.028 0.147 0.035 0.059 0.158 0.142 0.106 0.051 31 I 0.063 0.114 0.069 0.049 0.111 0.054 0.085 0.176 0.095 0.143 0.041 32 G 0.058 0.112 0.146 0.124 0.072 0.032 0.024 0.085 0.066 0.210 0.070 33 C 0.062 0.289 0.134 0.028 0.198 0.012 0.016 0.145 0.068 0.029 0.020 34 M 0.037 0.059 0.031 0.014 0.055 0.023 0.065 0.454 0.183 0.059 0.020 35 G 0.062 0.070 0.048 0.019 0.069 0.018 0.053 0.291 0.129 0.180 0.059 36 A 0.063 0.185 0.066 0.024 0.135 0.020 0.034 0.272 0.103 0.065 0.031 37 Q 0.038 0.100 0.052 0.019 0.068 0.029 0.066 0.400 0.123 0.079 0.025 38 N 0.063 0.047 0.020 0.007 0.069 0.008 0.019 0.415 0.150 0.153 0.049 39 E 0.023 0.131 0.031 0.009 0.083 0.019 0.036 0.523 0.094 0.038 0.013 40 S 0.107 0.110 0.029 0.003 0.132 0.004 0.010 0.484 0.052 0.044 0.026 41 L 0.007 0.005 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.783 0.177 0.012 0.003 42 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.921 0.062 0.003 0.001 43 Q 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.940 0.033 0.008 0.001 44 G 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.937 0.036 0.008 0.001 45 A 0.004 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.007 0.880 0.083 0.005 0.002 46 N 0.008 0.004 0.003 0.002 0.008 0.003 0.037 0.839 0.076 0.017 0.003 47 A 0.016 0.013 0.012 0.010 0.014 0.013 0.155 0.669 0.060 0.030 0.007 48 H 0.006 0.497 0.182 0.051 0.027 0.037 0.069 0.056 0.024 0.036 0.015 49 G 0.036 0.011 0.008 0.015 0.016 0.005 0.004 0.028 0.020 0.490 0.368 50 L 0.023 0.518 0.094 0.007 0.191 0.019 0.026 0.055 0.024 0.027 0.017 51 N 0.154 0.417 0.093 0.001 0.255 0.002 0.002 0.026 0.005 0.014 0.031 52 V 0.007 0.013 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.518 0.429 0.016 0.004 53 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.912 0.079 0.002 0.001 54 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.027 0.005 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.040 0.013 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.060 0.001 0.001 57 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.945 0.047 0.003 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.942 0.027 0.015 0.001 59 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.796 0.164 0.021 0.001 60 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.756 0.203 0.012 0.001 61 A 0.004 0.008 0.005 0.001 0.007 0.004 0.049 0.646 0.168 0.105 0.003 62 L 0.029 0.055 0.024 0.004 0.036 0.011 0.094 0.481 0.155 0.100 0.011 63 A 0.050 0.082 0.032 0.013 0.067 0.022 0.073 0.359 0.153 0.107 0.042