# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.6664 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.867 0.093 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 2 K 0.675 0.220 0.090 0.011 0.002 0.001 0.001 3 F 0.116 0.155 0.204 0.330 0.168 0.027 0.001 4 T 0.400 0.338 0.172 0.069 0.017 0.003 0.001 5 K 0.526 0.279 0.117 0.054 0.020 0.004 0.001 6 D 0.293 0.294 0.210 0.137 0.052 0.014 0.001 7 M 0.093 0.147 0.229 0.255 0.201 0.071 0.004 8 T 0.080 0.202 0.317 0.226 0.126 0.043 0.006 9 F 0.019 0.038 0.056 0.136 0.283 0.391 0.077 10 A 0.033 0.121 0.218 0.311 0.219 0.085 0.012 11 Q 0.081 0.256 0.307 0.222 0.089 0.037 0.008 12 A 0.023 0.042 0.088 0.199 0.334 0.272 0.041 13 L 0.021 0.037 0.063 0.171 0.343 0.314 0.053 14 Q 0.133 0.305 0.278 0.190 0.069 0.022 0.003 15 T 0.167 0.282 0.238 0.183 0.095 0.031 0.004 16 H 0.085 0.159 0.191 0.251 0.183 0.119 0.012 17 P 0.232 0.250 0.231 0.173 0.080 0.029 0.004 18 G 0.229 0.345 0.219 0.132 0.055 0.019 0.002 19 V 0.071 0.129 0.157 0.216 0.236 0.166 0.025 20 A 0.029 0.065 0.139 0.272 0.281 0.183 0.030 21 G 0.102 0.270 0.301 0.196 0.084 0.039 0.007 22 V 0.023 0.063 0.163 0.304 0.280 0.148 0.018 23 L 0.016 0.021 0.034 0.086 0.272 0.454 0.118 24 R 0.052 0.159 0.222 0.288 0.185 0.079 0.015 25 S 0.171 0.336 0.236 0.155 0.065 0.028 0.008 26 Y 0.040 0.098 0.144 0.282 0.245 0.164 0.027 27 N 0.149 0.237 0.218 0.186 0.103 0.077 0.030 28 L 0.054 0.084 0.099 0.193 0.271 0.235 0.064 29 G 0.126 0.174 0.176 0.212 0.160 0.108 0.043 30 C 0.073 0.081 0.085 0.130 0.183 0.267 0.181 31 I 0.114 0.089 0.082 0.128 0.164 0.220 0.204 32 G 0.132 0.146 0.126 0.168 0.149 0.150 0.130 33 C 0.120 0.099 0.102 0.139 0.168 0.207 0.166 34 M 0.121 0.103 0.092 0.127 0.173 0.213 0.170 35 G 0.104 0.104 0.090 0.139 0.162 0.222 0.178 36 A 0.104 0.088 0.123 0.140 0.184 0.241 0.119 37 Q 0.089 0.119 0.134 0.189 0.176 0.185 0.107 38 N 0.072 0.087 0.127 0.169 0.206 0.233 0.106 39 E 0.056 0.089 0.123 0.172 0.237 0.250 0.073 40 S 0.035 0.121 0.252 0.300 0.169 0.092 0.031 41 L 0.010 0.016 0.026 0.079 0.226 0.483 0.160 42 E 0.029 0.114 0.209 0.303 0.213 0.108 0.024 43 Q 0.046 0.181 0.240 0.276 0.147 0.084 0.026 44 G 0.017 0.037 0.067 0.155 0.260 0.356 0.108 45 A 0.020 0.032 0.050 0.131 0.240 0.372 0.156 46 N 0.079 0.201 0.218 0.249 0.149 0.079 0.023 47 A 0.098 0.162 0.204 0.216 0.175 0.112 0.034 48 H 0.042 0.079 0.101 0.186 0.239 0.298 0.055 49 G 0.111 0.257 0.272 0.190 0.104 0.055 0.009 50 L 0.056 0.096 0.174 0.287 0.236 0.138 0.012 51 N 0.096 0.236 0.242 0.206 0.140 0.070 0.011 52 V 0.037 0.080 0.153 0.282 0.280 0.154 0.014 53 E 0.300 0.419 0.200 0.063 0.014 0.003 0.001 54 D 0.086 0.360 0.302 0.185 0.054 0.012 0.001 55 I 0.005 0.010 0.036 0.157 0.566 0.217 0.008 56 L 0.012 0.062 0.219 0.394 0.241 0.069 0.003 57 R 0.392 0.403 0.177 0.023 0.004 0.001 0.001 58 D 0.102 0.391 0.304 0.154 0.044 0.005 0.001 59 L 0.025 0.038 0.074 0.251 0.433 0.174 0.005 60 N 0.239 0.346 0.259 0.118 0.032 0.005 0.001 61 A 0.605 0.285 0.077 0.027 0.005 0.001 0.001 62 L 0.482 0.281 0.136 0.068 0.028 0.005 0.001 63 A 0.445 0.238 0.168 0.102 0.036 0.010 0.001