# TARGET TR469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.6664 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.467 0.173 0.132 0.087 0.054 0.038 0.026 0.009 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 K 0.254 0.188 0.176 0.139 0.100 0.073 0.033 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 F 0.101 0.060 0.057 0.111 0.152 0.152 0.130 0.120 0.052 0.031 0.017 0.009 0.005 0.001 4 T 0.181 0.157 0.178 0.165 0.119 0.080 0.050 0.034 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 5 K 0.184 0.091 0.099 0.132 0.134 0.127 0.095 0.057 0.042 0.022 0.012 0.004 0.001 0.001 6 D 0.092 0.113 0.154 0.181 0.169 0.129 0.078 0.042 0.025 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 7 M 0.189 0.118 0.101 0.126 0.141 0.107 0.083 0.062 0.032 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 8 T 0.078 0.114 0.109 0.162 0.169 0.141 0.096 0.077 0.033 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 9 F 0.015 0.014 0.021 0.050 0.094 0.145 0.209 0.207 0.127 0.049 0.048 0.011 0.008 0.003 10 A 0.059 0.127 0.148 0.222 0.193 0.125 0.062 0.031 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.363 0.257 0.215 0.081 0.035 0.032 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.028 0.039 0.055 0.147 0.198 0.206 0.157 0.105 0.040 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 13 L 0.029 0.040 0.051 0.117 0.189 0.202 0.182 0.118 0.047 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 14 Q 0.362 0.262 0.180 0.094 0.047 0.034 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.352 0.176 0.173 0.125 0.077 0.058 0.021 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 H 0.104 0.090 0.129 0.191 0.193 0.161 0.078 0.028 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 17 P 0.239 0.154 0.179 0.155 0.124 0.075 0.042 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.415 0.206 0.142 0.100 0.066 0.034 0.019 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 V 0.088 0.068 0.073 0.131 0.168 0.162 0.128 0.089 0.050 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 20 A 0.058 0.059 0.082 0.127 0.165 0.163 0.142 0.103 0.051 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 21 G 0.313 0.166 0.143 0.128 0.096 0.064 0.038 0.025 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 22 V 0.072 0.061 0.073 0.133 0.173 0.149 0.121 0.102 0.054 0.031 0.015 0.010 0.005 0.002 23 L 0.040 0.030 0.036 0.068 0.120 0.148 0.181 0.163 0.097 0.043 0.046 0.014 0.010 0.004 24 R 0.152 0.143 0.143 0.169 0.153 0.109 0.057 0.036 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 25 S 0.365 0.201 0.133 0.093 0.068 0.063 0.037 0.014 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 26 Y 0.057 0.055 0.075 0.154 0.209 0.199 0.112 0.070 0.037 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 27 N 0.207 0.161 0.162 0.134 0.111 0.105 0.054 0.026 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 28 L 0.120 0.074 0.069 0.110 0.144 0.143 0.122 0.089 0.057 0.032 0.020 0.012 0.006 0.002 29 G 0.153 0.108 0.111 0.120 0.135 0.111 0.097 0.064 0.049 0.026 0.017 0.006 0.002 0.001 30 C 0.067 0.038 0.057 0.073 0.109 0.113 0.123 0.121 0.094 0.080 0.061 0.035 0.021 0.009 31 I 0.062 0.043 0.043 0.067 0.091 0.116 0.112 0.120 0.113 0.086 0.070 0.045 0.021 0.009 32 G 0.098 0.073 0.081 0.112 0.130 0.112 0.108 0.095 0.067 0.059 0.029 0.021 0.008 0.006 33 C 0.046 0.031 0.033 0.048 0.078 0.101 0.126 0.127 0.129 0.103 0.094 0.048 0.024 0.011 34 M 0.061 0.043 0.061 0.073 0.116 0.125 0.128 0.117 0.097 0.077 0.054 0.026 0.014 0.007 35 G 0.077 0.056 0.060 0.089 0.123 0.116 0.125 0.113 0.089 0.068 0.041 0.025 0.011 0.007 36 A 0.088 0.061 0.063 0.079 0.106 0.117 0.114 0.110 0.099 0.075 0.043 0.026 0.013 0.005 37 Q 0.116 0.086 0.099 0.126 0.150 0.134 0.112 0.075 0.050 0.030 0.014 0.006 0.002 0.002 38 N 0.077 0.063 0.081 0.113 0.152 0.145 0.123 0.099 0.068 0.042 0.021 0.010 0.004 0.002 39 E 0.203 0.121 0.097 0.118 0.137 0.106 0.085 0.057 0.034 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 40 S 0.148 0.135 0.135 0.154 0.139 0.111 0.074 0.051 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 41 L 0.045 0.030 0.035 0.069 0.123 0.157 0.174 0.156 0.100 0.051 0.037 0.012 0.008 0.003 42 E 0.105 0.132 0.156 0.185 0.156 0.116 0.068 0.038 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 43 Q 0.407 0.187 0.141 0.093 0.061 0.053 0.025 0.013 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 44 G 0.060 0.061 0.068 0.135 0.183 0.183 0.127 0.085 0.049 0.025 0.011 0.008 0.004 0.001 45 A 0.064 0.043 0.057 0.082 0.134 0.149 0.166 0.143 0.068 0.036 0.035 0.012 0.007 0.003 46 N 0.218 0.161 0.136 0.149 0.128 0.085 0.051 0.034 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 47 A 0.172 0.117 0.112 0.133 0.135 0.111 0.082 0.057 0.040 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 48 H 0.064 0.047 0.064 0.109 0.188 0.183 0.152 0.090 0.053 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 49 G 0.190 0.166 0.184 0.146 0.117 0.093 0.046 0.025 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 50 L 0.377 0.150 0.085 0.111 0.112 0.066 0.041 0.035 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 51 N 0.148 0.153 0.171 0.177 0.143 0.097 0.054 0.026 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 52 V 0.021 0.029 0.059 0.137 0.217 0.208 0.158 0.091 0.060 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 53 E 0.509 0.261 0.149 0.042 0.019 0.012 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.373 0.351 0.191 0.049 0.017 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.010 0.018 0.024 0.103 0.181 0.236 0.218 0.141 0.053 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 56 L 0.010 0.047 0.083 0.237 0.295 0.174 0.087 0.040 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 R 0.724 0.197 0.057 0.012 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.195 0.206 0.260 0.169 0.088 0.062 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.020 0.023 0.043 0.109 0.200 0.226 0.206 0.118 0.039 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 60 N 0.221 0.224 0.197 0.163 0.108 0.053 0.023 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.715 0.147 0.077 0.028 0.014 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.117 0.085 0.088 0.173 0.213 0.163 0.093 0.039 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 63 A 0.146 0.095 0.134 0.155 0.181 0.129 0.083 0.040 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001