# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.027 0.028 0.078 0.044 0.170 0.006 0.066 0.037 0.004 0.001 0.008 0.006 0.015 0.012 0.085 0.051 0.087 0.078 0.090 0.105 0.003 2 S 0.016 0.017 0.154 0.124 0.061 0.006 0.027 0.064 0.002 0.001 0.003 0.003 0.009 0.007 0.087 0.023 0.102 0.025 0.083 0.185 0.003 3 L 0.012 0.016 0.016 0.019 0.284 0.009 0.067 0.112 0.003 0.001 0.005 0.005 0.012 0.013 0.024 0.068 0.171 0.055 0.058 0.049 0.002 4 L 0.009 0.009 0.081 0.051 0.019 0.016 0.096 0.233 0.007 0.002 0.004 0.002 0.007 0.011 0.184 0.006 0.095 0.036 0.069 0.062 0.001 5 E 0.003 0.004 0.017 0.021 0.105 0.009 0.167 0.170 0.007 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.013 0.028 0.224 0.045 0.060 0.112 0.001 6 S 0.002 0.002 0.017 0.018 0.020 0.006 0.176 0.169 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.010 0.286 0.069 0.072 0.108 0.001 7 K 0.001 0.001 0.005 0.007 0.009 0.005 0.094 0.316 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.448 0.023 0.018 0.062 0.001 8 G 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.008 0.071 0.719 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.053 0.066 0.025 0.034 0.001 9 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.008 0.743 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.207 0.008 0.014 0.006 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 0.004 0.001 0.001 14 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.871 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.004 0.003 0.003 0.001 15 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 0.037 0.861 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.009 0.006 0.003 0.001 16 I 0.003 0.005 0.003 0.005 0.005 0.010 0.049 0.681 0.041 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.080 0.026 0.055 0.008 0.001 17 A 0.004 0.004 0.041 0.039 0.025 0.011 0.113 0.095 0.321 0.051 0.003 0.002 0.006 0.011 0.017 0.009 0.167 0.014 0.023 0.040 0.001 18 S 0.002 0.005 0.005 0.008 0.020 0.004 0.681 0.015 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.062 0.036 0.027 0.090 0.002 19 G 0.011 0.018 0.026 0.028 0.069 0.005 0.162 0.022 0.004 0.002 0.003 0.003 0.007 0.006 0.019 0.036 0.100 0.293 0.069 0.112 0.005 20 T 0.022 0.041 0.125 0.104 0.112 0.004 0.025 0.029 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.007 0.040 0.080 0.051 0.045 0.122 0.165 0.009 21 V 0.030 0.041 0.076 0.057 0.333 0.004 0.024 0.031 0.004 0.002 0.009 0.010 0.019 0.026 0.063 0.089 0.043 0.023 0.057 0.044 0.012 22 Q 0.042 0.065 0.182 0.186 0.135 0.009 0.039 0.033 0.002 0.001 0.011 0.011 0.030 0.017 0.126 0.016 0.023 0.015 0.022 0.021 0.013 23 R 0.070 0.076 0.060 0.110 0.218 0.004 0.043 0.035 0.006 0.003 0.011 0.012 0.028 0.020 0.035 0.034 0.035 0.065 0.068 0.054 0.012 24 A 0.055 0.032 0.176 0.164 0.184 0.002 0.025 0.005 0.003 0.003 0.005 0.004 0.008 0.008 0.093 0.017 0.077 0.016 0.042 0.081 0.001 25 D 0.006 0.011 0.046 0.099 0.076 0.002 0.261 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 0.023 0.140 0.042 0.050 0.199 0.001 26 G 0.006 0.009 0.030 0.011 0.133 0.003 0.379 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.020 0.024 0.134 0.139 0.023 0.069 0.001 27 S 0.008 0.010 0.226 0.114 0.061 0.002 0.034 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.040 0.019 0.034 0.112 0.123 0.195 0.002 28 I 0.012 0.010 0.022 0.011 0.702 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.019 0.029 0.033 0.019 0.049 0.060 0.001 29 Q 0.010 0.011 0.203 0.273 0.030 0.004 0.038 0.011 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.004 0.229 0.005 0.055 0.012 0.036 0.062 0.001 30 N 0.016 0.018 0.021 0.036 0.376 0.004 0.198 0.014 0.002 0.001 0.009 0.007 0.015 0.004 0.012 0.045 0.072 0.060 0.045 0.044 0.002 31 Q 0.015 0.011 0.232 0.174 0.039 0.003 0.023 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.094 0.015 0.039 0.044 0.097 0.186 0.002 32 S 0.007 0.007 0.013 0.027 0.393 0.003 0.017 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.068 0.049 0.061 0.110 0.202 0.001 33 L 0.010 0.012 0.078 0.106 0.047 0.005 0.026 0.059 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.006 0.120 0.025 0.249 0.033 0.092 0.118 0.001 34 H 0.015 0.018 0.048 0.052 0.120 0.012 0.237 0.127 0.003 0.002 0.004 0.003 0.008 0.005 0.038 0.018 0.122 0.025 0.050 0.092 0.002 35 E 0.037 0.043 0.057 0.075 0.080 0.012 0.258 0.108 0.004 0.002 0.006 0.005 0.009 0.010 0.037 0.012 0.137 0.034 0.035 0.038 0.002 36 A 0.029 0.032 0.041 0.043 0.128 0.015 0.213 0.199 0.004 0.003 0.006 0.006 0.015 0.014 0.036 0.029 0.073 0.049 0.029 0.031 0.005 37 L 0.064 0.094 0.125 0.123 0.094 0.009 0.072 0.091 0.005 0.003 0.011 0.008 0.019 0.019 0.055 0.032 0.041 0.043 0.055 0.031 0.006 38 I 0.069 0.098 0.069 0.052 0.327 0.005 0.034 0.042 0.009 0.002 0.013 0.010 0.038 0.014 0.034 0.042 0.033 0.022 0.036 0.034 0.016 39 T 0.065 0.073 0.091 0.168 0.096 0.005 0.036 0.046 0.012 0.001 0.010 0.011 0.026 0.020 0.052 0.019 0.066 0.026 0.072 0.096 0.009 40 R 0.023 0.023 0.048 0.089 0.230 0.005 0.039 0.025 0.006 0.002 0.005 0.007 0.015 0.015 0.033 0.042 0.232 0.037 0.039 0.083 0.003 41 D 0.018 0.025 0.039 0.055 0.097 0.005 0.144 0.032 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.050 0.021 0.060 0.055 0.135 0.248 0.001 42 R 0.007 0.008 0.041 0.053 0.077 0.003 0.054 0.030 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.031 0.026 0.387 0.113 0.073 0.083 0.001 43 K 0.014 0.015 0.054 0.030 0.084 0.011 0.452 0.057 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.027 0.009 0.155 0.020 0.017 0.040 0.001 44 Q 0.036 0.041 0.109 0.111 0.081 0.014 0.280 0.039 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.033 0.008 0.039 0.104 0.047 0.038 0.003 45 V 0.041 0.048 0.040 0.047 0.430 0.003 0.035 0.021 0.003 0.001 0.008 0.005 0.015 0.011 0.020 0.077 0.050 0.051 0.053 0.036 0.005 46 F 0.039 0.039 0.370 0.099 0.042 0.003 0.017 0.015 0.003 0.001 0.006 0.006 0.018 0.009 0.191 0.007 0.037 0.016 0.028 0.051 0.006 47 R 0.038 0.042 0.029 0.030 0.502 0.005 0.024 0.027 0.002 0.001 0.009 0.008 0.022 0.012 0.012 0.077 0.040 0.019 0.046 0.047 0.008 48 I 0.032 0.032 0.077 0.095 0.076 0.004 0.025 0.024 0.004 0.003 0.005 0.005 0.012 0.022 0.300 0.010 0.107 0.049 0.074 0.040 0.003 49 E 0.012 0.010 0.084 0.081 0.105 0.004 0.096 0.008 0.005 0.003 0.006 0.005 0.009 0.013 0.053 0.043 0.192 0.028 0.097 0.145 0.001 50 D 0.004 0.005 0.027 0.028 0.049 0.004 0.329 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.043 0.024 0.139 0.072 0.060 0.201 0.001 51 S 0.003 0.008 0.024 0.012 0.094 0.003 0.316 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.006 0.029 0.046 0.160 0.153 0.040 0.083 0.002 52 I 0.017 0.019 0.203 0.042 0.072 0.002 0.035 0.008 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.011 0.121 0.077 0.048 0.038 0.103 0.176 0.008 53 P 0.028 0.030 0.041 0.032 0.351 0.005 0.017 0.013 0.002 0.001 0.012 0.014 0.029 0.045 0.096 0.086 0.037 0.024 0.075 0.048 0.014 54 V 0.031 0.032 0.106 0.121 0.066 0.009 0.034 0.012 0.003 0.001 0.032 0.021 0.055 0.095 0.197 0.052 0.026 0.023 0.053 0.021 0.010 55 L 0.024 0.036 0.057 0.044 0.133 0.004 0.059 0.007 0.006 0.001 0.041 0.039 0.081 0.111 0.098 0.070 0.021 0.038 0.063 0.055 0.011 56 L 0.007 0.006 0.038 0.051 0.045 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.005 0.006 0.012 0.035 0.115 0.018 0.013 0.136 0.498 0.004 57 P 0.001 0.001 0.005 0.020 0.040 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.083 0.440 0.013 0.063 0.296 0.001 58 E 0.003 0.004 0.013 0.014 0.025 0.010 0.242 0.131 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.042 0.023 0.373 0.032 0.024 0.048 0.001 59 E 0.005 0.004 0.016 0.010 0.016 0.038 0.364 0.348 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.004 0.056 0.053 0.037 0.026 0.001 60 A 0.004 0.005 0.015 0.019 0.039 0.013 0.167 0.391 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.009 0.009 0.204 0.046 0.037 0.030 0.001 61 I 0.017 0.014 0.039 0.041 0.035 0.011 0.088 0.430 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 0.007 0.155 0.028 0.052 0.052 0.001 62 A 0.016 0.020 0.014 0.036 0.050 0.012 0.068 0.469 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.006 0.162 0.019 0.045 0.061 0.001 63 T 0.009 0.013 0.011 0.024 0.032 0.013 0.096 0.432 0.011 0.002 0.003 0.002 0.006 0.004 0.010 0.010 0.239 0.030 0.025 0.025 0.001 64 I 0.010 0.011 0.019 0.016 0.022 0.015 0.107 0.579 0.006 0.002 0.002 0.001 0.004 0.007 0.016 0.008 0.082 0.023 0.041 0.028 0.001 65 Q 0.016 0.019 0.019 0.022 0.051 0.018 0.077 0.533 0.012 0.004 0.003 0.002 0.006 0.009 0.015 0.013 0.069 0.044 0.039 0.025 0.002 66 I 0.016 0.018 0.035 0.044 0.065 0.016 0.091 0.255 0.051 0.012 0.007 0.004 0.014 0.017 0.032 0.025 0.176 0.035 0.051 0.031 0.002 67 A 0.011 0.017 0.060 0.050 0.040 0.016 0.279 0.117 0.019 0.007 0.004 0.004 0.009 0.011 0.053 0.011 0.154 0.027 0.038 0.071 0.002 68 N 0.013 0.016 0.022 0.029 0.122 0.012 0.222 0.061 0.007 0.003 0.003 0.003 0.006 0.007 0.016 0.040 0.085 0.135 0.084 0.108 0.003 69 F 0.009 0.010 0.047 0.049 0.062 0.005 0.042 0.041 0.005 0.003 0.002 0.002 0.004 0.006 0.048 0.033 0.172 0.097 0.158 0.205 0.002